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- EMDB-62461: Polymerase complex-inhibitor IERDRP-0519-bound measles virus L-P ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-62461
タイトルPolymerase complex-inhibitor IERDRP-0519-bound measles virus L-P complex
マップデータ
試料
  • 複合体: Polymerase complex
    • タンパク質・ペプチド: RNA-directed RNA polymerase L
    • タンパク質・ペプチド: Phosphoprotein
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: 2-methyl-~{N}-[4-[(2~{S})-2-(2-morpholin-4-ylethyl)piperidin-1-yl]sulfonylphenyl]-5-(trifluoromethyl)pyrazole-3-carboxamide
キーワードComplex / Transcription
機能・相同性
機能・相同性情報


NNS virus cap methyltransferase / GDP polyribonucleotidyltransferase / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / viral genome replication / virion component / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / host cell cytoplasm / RNA-directed RNA polymerase / RNA-directed RNA polymerase activity / GTPase activity ...NNS virus cap methyltransferase / GDP polyribonucleotidyltransferase / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / viral genome replication / virion component / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / host cell cytoplasm / RNA-directed RNA polymerase / RNA-directed RNA polymerase activity / GTPase activity / DNA-templated transcription / RNA binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
RNA polymerase, phosphoprotein P, C-terminal XD, paramyxovirinae / Paramyxovirus structural protein P/V, N-terminal domain / Paramyxovirus structural protein V/P N-terminus / RNA-directed RNA polymerase, paramyxovirus / P/V phosphoprotein, paramyxoviral / Paramyxovirus P/V phosphoprotein C-terminal / Mononegavirales RNA-directed RNA polymerase catalytic domain / Mononegavirus L protein 2-O-ribose methyltransferase / Mononegavirales mRNA-capping domain V / RNA-directed RNA polymerase L, C-terminal ...RNA polymerase, phosphoprotein P, C-terminal XD, paramyxovirinae / Paramyxovirus structural protein P/V, N-terminal domain / Paramyxovirus structural protein V/P N-terminus / RNA-directed RNA polymerase, paramyxovirus / P/V phosphoprotein, paramyxoviral / Paramyxovirus P/V phosphoprotein C-terminal / Mononegavirales RNA-directed RNA polymerase catalytic domain / Mononegavirus L protein 2-O-ribose methyltransferase / Mononegavirales mRNA-capping domain V / RNA-directed RNA polymerase L, C-terminal / Mononegavirales RNA dependent RNA polymerase / Mononegavirales mRNA-capping region V / RdRp of negative ssRNA viruses with non-segmented genomes catalytic domain profile. / Mononegavirus L protein 2'-O-ribose methyltransferase domain profile. / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA-directed RNA polymerase L / Phosphoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Measles virus strain Ichinose-B95a (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Wang YR / Zhang HQ
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: Cell / 年: 2025
タイトル: Structures of the measles virus polymerase complex with non-nucleoside inhibitors and mechanism of inhibition.
著者: Yiru Wang / Lixia Zhao / Yi Zhang / Xiuxia Gao / Yannan Wang / Wenping Shi / Roger D Kornberg / Heqiao Zhang /
要旨: The measles virus (MeV), a highly contagious non-segmented negative-sense RNA virus in the Paramyxoviridae family, causes millions of infections annually, with no approved antivirals available. The ...The measles virus (MeV), a highly contagious non-segmented negative-sense RNA virus in the Paramyxoviridae family, causes millions of infections annually, with no approved antivirals available. The viral polymerase complex, comprising the large (L) protein and the tetrameric phosphoprotein (P), is a key antiviral target. We determined the cryo-electron microscopy structures of the MeV polymerase complex alone and bound to two non-nucleoside inhibitors, ERDRP-0519 and AS-136A. Inhibitor binding induces a conformational change in the catalytic loop, allosterically locking the polymerase in an inactive "GDN-out" state. These findings led to the proposal that ERDRP-0519 would also be effective against Nipah virus (NiV), a highly pathogenic virus with no available antivirals. This proposal was confirmed by structure determination of the NiV polymerase complex and by inhibition of transcription.
履歴
登録2024年11月19日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年7月16日-
マップ公開2025年7月16日-
更新2025年7月16日-
現状2025年7月16日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_62461.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_62461.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 83.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

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その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.96 Å/pix.
x 280 pix.
= 270.004 Å		0.96 Å/pix.
x 280 pix.
= 270.004 Å		0.96 Å/pix.
x 280 pix.
= 270.004 Å

表面

投影像

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断面 (1/2)

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ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.9643 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0459
最小 - 最大-0.29999065 - 0.53206146
平均 (標準偏差)0.0004440362 (±0.014438917)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ280280280
Spacing280280280
セルA=B=C: 270.004 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_62461_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_62461_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Polymerase complex

全体名称: Polymerase complex
要素
  • 複合体: Polymerase complex
    • タンパク質・ペプチド: RNA-directed RNA polymerase L
    • タンパク質・ペプチド: Phosphoprotein
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: 2-methyl-~{N}-[4-[(2~{S})-2-(2-morpholin-4-ylethyl)piperidin-1-yl]sulfonylphenyl]-5-(trifluoromethyl)pyrazole-3-carboxamide

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超分子 #1: Polymerase complex

超分子名称: Polymerase complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Measles virus strain Ichinose-B95a (ウイルス)

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分子 #1: RNA-directed RNA polymerase L

分子名称: RNA-directed RNA polymerase L / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: RNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Measles virus strain Ichinose-B95a (ウイルス)
分子量理論値: 248.056953 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MDSLSVNQIL YPEVHLDSPI VTNKIVAILE YARVPHAYSL EDPTLCQNIK HRLKNGFSNQ MIINNVEVGN VIKSKLRSYP AHSHIPYPN CNQDLFNIED KESTRKIREL LKKGNSLYSK VSDKVFQCLR DTNSRLGLGS ELREDIKEKI INLGVYMHSS Q WFEPFLFW ...文字列:
MDSLSVNQIL YPEVHLDSPI VTNKIVAILE YARVPHAYSL EDPTLCQNIK HRLKNGFSNQ MIINNVEVGN VIKSKLRSYP AHSHIPYPN CNQDLFNIED KESTRKIREL LKKGNSLYSK VSDKVFQCLR DTNSRLGLGS ELREDIKEKI INLGVYMHSS Q WFEPFLFW FTVKTEMRSV IKSQTHTCHR RRHTPVFFTG SSVELLISRD LVAIISKESQ HVYYLTFELV LMYCDVIEGR LM TETAMTI DARYAELLGR VRYMWKLIDG FFPALGNPTY QIVAMLEPLS LAYLQLRDIT VELRGAFLNH CFTEIHDVLD QNG FSDEGT YHELIEALDY IFITDDIHLT GEIFSFFRSF GHPRLEAVTA AENVRKYMNQ PKVIVYETLM KGHAIFCGII INGY RDRHG GSWPPLTLPL HAADTIRNAQ ASGEGLTHEQ CVDNWKSFAG VRFGCFMPLS LDSDLTMYLK DKALAALQRE WDSVY PKEF LRYDPPKGTG SRRLVDVFLN DSSFDPYDMI MYVVSGAYLH DPEFNLSYSL KEKEIKETGR LFAKMTYKMR ACQVIA ENL ISNGIGKYFK DNGMAKDEHD LTKALHTLAV SGVPKDLKES HRGGPVLKTY SRSPVHTSTR NVKAEKGFVG FPHVIRQ NQ DTDHPENIET YETVSAFITT DLKKYCLNWR YETISLFAQR LNEIYGLPSF FQWLHKRLET SVLYVSDPHC PPDLDAHV P LCKVPNDQIF IKYPMGGIEG YCQKLWTIST IPYLYLAAYE SGVRIASLVQ GDNQTIAVTK RVPSTWPYNL KKREAARVT RDYFVILRQR LHDIGHHLKA NETIVSSHFF VYSKGIYYDG LLVSQSLKSI ARCVFWSETI VDETRAACSN IATTMAKSIE RGYDRYLAY SLNVLKVIQQ ILISLGFTIN STMTRDVVIP LLTNNDLLIR MALLPAPIGG MNYLNMSRLF VRNIGDPVTS S IADLKRMI LASLMPEETL HQVMTQQPGD SSFLDWASDP YSANLVCVQS ITRLLKNITA RFVLIHSPNP MLKGLFHDDS KE EDERLAA FLMDRHIIVP RAAHEILDHS VTGARESIAG MLDTTKGLIR ASMRKGGLTS RVITRLSNYD YEQFRAGMVL LTG RKRNVL IDKESCSVQL ARALRSHMWA RLARGRPIYG LEVPDVLESM RGHLIRRHET CVICECGSVN YGWFFVPSGC QLDD IDKET SSLRVPYIGS TTDERTDMKL AFVRAPSRSL RSAVRIATVY SWAYGDDDSS WNEAWLLARQ RANVSLEELR VITPI STST NLAHRLRDRS TQVKYSGTSL VRVARYTTIS NDNLSFVISD KKVDTNFIYQ QGMLLGLGVL ETLFRLEKDT GSSNTV LHL HVETDCCVIP MIDHPRIPSS RKLELRAELC TNPLIYDNAP LIDRDATRLY TQSHRRHLVE FVTWSTPQLY HILAKST AL SMIDLVTKFE KDHMNEISAL IGDDDINSFI TEFLLIEPRL FTIYLGQCAA INWAFDVHYH RPSGKYQMGE LLSSFLSR M SKGVFKVLVN ALSHPKIYKK FWHCGIIEPI HGPSLDAQNL HTTVCNMVYT CYMTYLDLLL NEELEEFTFL LCESDEDVV PDRFDNIQAK HLCVLADLYC QPGTCPPIRG LRPVEKCAVL TDHIKAEARL SPAGSSWNIN PIIVDHYSCS LTYLRRGSIK QIRLRVDPG FIFDALAEVN VSQPKVGSNN ISNMSIKDFR PPHDDVAKLL KDINTSKHNL PISGGSLANY EIHAFRRIGL N SSACYKAV EISTLIRRCL EPGEDGLFLG EGSGSMLITY KEILKLNKCF YNSGVSANSR SGQRELAPYP SEVGLVEHRM GV GNIVKVL FNGRPEVTWV GSIDCFNFIV SNIPTSSVGF IHSDIETLPN KDTIEKLEEL AAILSMALLL GKIGSILVIK LMP FSGDFV QGFISYVGSH YREVNLVYPR YSNFISTESY LVMTDLKANR LMNPEKIKQQ IIESSVRTSP GLIGHILSIK QLSC IQAIV GGAVSRGDIN PILKKLTPIE QVLISCGLAI NGPKLCKELI HHDVASGQDG LLNSILILYR ELARFKDNQR SQQGM FHAY PVLVSSRQRE LVSRITRKFW GHILLYSGNR KLINRFIQNL KSGYLVLDLH QNIFVKNLSK SEKQIIMTGG LKREWV FKV TVKETKEWYK LVGYSALIKD

UniProtKB: RNA-directed RNA polymerase L

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分子 #2: Phosphoprotein

分子名称: Phosphoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Measles virus strain Ichinose-B95a (ウイルス)
分子量理論値: 53.961113 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MAEEQARHVK NGLECIRALK AEPIGSLAVE EAMAAWSEIS DNPGQDRATC KEEEAGSSGL SKPCLSAIGS TEGGAPRIRG QGSGESDDD AETLGIPSRN LQASSTGLQC YHVYDHSGEA VKGIQDADSI MVQSGLDGDS TLSGGDDESE NSDVDIGEPD T EGYAITDR ...文字列:
MAEEQARHVK NGLECIRALK AEPIGSLAVE EAMAAWSEIS DNPGQDRATC KEEEAGSSGL SKPCLSAIGS TEGGAPRIRG QGSGESDDD AETLGIPSRN LQASSTGLQC YHVYDHSGEA VKGIQDADSI MVQSGLDGDS TLSGGDDESE NSDVDIGEPD T EGYAITDR GSAPISMGFR ASDVETAEGG EIHELLKLQS RGNNFPKLGK TLNVPPPPNP SRASTSETPI KKGTDARLAS FG TEIASLL TGGATQCARK SPSEPSGPGA PAGNVPECVS NAALIQEWTP ESGTTISPRS QNNEEGGDYY DDELFSDVQD IKT ALAKIH EDNQKIISKL ESLLLLKGEV ESIKKQINRQ NISISTLEGH LSSIMIAIPG LGKDPNDPTA DVELNPDLKP IIGR DSGRA LAEVLKKPVA SRQLQGMTNG RTSSRGQLLK EFQLKPIGKK VSSAVGFVPD TGPASRSVIR SIIKSSRLEE DRKRY LMTL LDDIKGANDL AKFHQMLMKI IMK

UniProtKB: Phosphoprotein

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分子 #3: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 2 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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分子 #4: 2-methyl-~{N}-[4-[(2~{S})-2-(2-morpholin-4-ylethyl)piperidin-1-yl...

分子名称: 2-methyl-~{N}-[4-[(2~{S})-2-(2-morpholin-4-ylethyl)piperidin-1-yl]sulfonylphenyl]-5-(trifluoromethyl)pyrazole-3-carboxamide
タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: A1EF9
分子量理論値: 529.576 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 111194
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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