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万見
- EMDB-62427: Cryo-EM structure of the heterotrimeric interleukin-2 receptor in... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-62427
タイトルCryo-EM structure of the heterotrimeric interleukin-2 receptor in complex with interleukin-2 and anti-CD25 Fab S417
マップデータ
試料
  • 複合体: Heterotrimeric interleukin-2 receptor in complex with interleukin-2 and Fab S417
    • 複合体: Interleukin-2 receptor subunit alpha
      • タンパク質・ペプチド: Interleukin-2 receptor subunit alpha
    • 複合体: Interleukin-2 receptor subunit beta
      • タンパク質・ペプチド: Interleukin-2 receptor subunit beta
    • 複合体: Cytokine receptor common subunit gamma
      • タンパク質・ペプチド: Cytokine receptor common subunit gamma
    • 複合体: Interleukin-2
      • タンパク質・ペプチド: Interleukin-2
    • 複合体: Fab S417
      • タンパク質・ペプチド: Fab S417 heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: Fab S417 light chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードCYTOKINE / IMMUNE SYSTEM
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of T cell tolerance induction / interleukin-2 receptor complex / interleukin-2 receptor activity / mature B cell differentiation / interleukin-15 receptor activity / interleukin-2 binding / CD4-positive, CD25-positive, alpha-beta regulatory T cell differentiation / kappa-type opioid receptor binding / response to tacrolimus / regulation of T cell homeostatic proliferation ...regulation of T cell tolerance induction / interleukin-2 receptor complex / interleukin-2 receptor activity / mature B cell differentiation / interleukin-15 receptor activity / interleukin-2 binding / CD4-positive, CD25-positive, alpha-beta regulatory T cell differentiation / kappa-type opioid receptor binding / response to tacrolimus / regulation of T cell homeostatic proliferation / regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / interleukin-2 receptor binding / glycosphingolipid binding / positive regulation of plasma cell differentiation / negative regulation of lymphocyte proliferation / positive regulation of tissue remodeling / activation-induced cell death of T cells / negative regulation of T-helper 17 cell differentiation / positive regulation of T cell differentiation in thymus / lymphocyte differentiation / RUNX1 and FOXP3 control the development of regulatory T lymphocytes (Tregs) / Interleukin-9 signaling / Interleukin-21 signaling / interleukin-7-mediated signaling pathway / leukocyte activation involved in immune response / interleukin-9-mediated signaling pathway / interleukin-4-mediated signaling pathway / positive regulation of isotype switching to IgG isotypes / positive regulation of CD4-positive, CD25-positive, alpha-beta regulatory T cell differentiation / interleukin-2-mediated signaling pathway / interleukin-15-mediated signaling pathway / activated T cell proliferation / inflammatory response to antigenic stimulus / cellular homeostasis / STAT3 nuclear events downstream of ALK signaling / Interleukin-15 signaling / cytokine receptor activity / cell surface receptor signaling pathway via STAT / Interleukin-2 signaling / kinase activator activity / natural killer cell activation / positive regulation of regulatory T cell differentiation / negative regulation of B cell apoptotic process / positive regulation of B cell differentiation / positive regulation of immunoglobulin production / positive regulation of T cell differentiation / cytokine binding / positive regulation of dendritic spine development / positive regulation of interleukin-17 production / positive regulation of activated T cell proliferation / immunoglobulin mediated immune response / T cell differentiation / Interleukin receptor SHC signaling / coreceptor activity / negative regulation of T cell proliferation / Notch signaling pathway / positive regulation of B cell proliferation / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / Interleukin-7 signaling / positive regulation of phagocytosis / cytokine activity / growth factor activity / negative regulation of inflammatory response / positive regulation of type II interferon production / cytokine-mediated signaling pathway / positive regulation of inflammatory response / cell-cell signaling / T cell differentiation in thymus / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / carbohydrate binding / RAF/MAP kinase cascade / positive regulation of cell growth / protein-containing complex assembly / response to ethanol / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / gene expression / adaptive immune response / transcription by RNA polymerase II / cell surface receptor signaling pathway / receptor complex / cell adhesion / endosome / immune response / inflammatory response / external side of plasma membrane / positive regulation of cell population proliferation / apoptotic process / negative regulation of apoptotic process / cell surface / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular region / nucleoplasm / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Interleukin-2 receptor subunit beta, N-terminal / Interleukin-2 receptor subunit beta N-terminal domain 1 / Interleukin-2 receptor alpha / : / : / Cytokine receptor-like factor 2-like, D2 domain / Cytokine receptor-like factor 2, domain 1 / Interleukin-2 / Interleukin-2, conserved site / Interleukin 2 ...Interleukin-2 receptor subunit beta, N-terminal / Interleukin-2 receptor subunit beta N-terminal domain 1 / Interleukin-2 receptor alpha / : / : / Cytokine receptor-like factor 2-like, D2 domain / Cytokine receptor-like factor 2, domain 1 / Interleukin-2 / Interleukin-2, conserved site / Interleukin 2 / Interleukin-2 signature. / Interleukin-2 family / Short hematopoietin receptor family 1 signature. / Short hematopoietin receptor, family 1, conserved site / Sushi repeat (SCR repeat) / Domain abundant in complement control proteins; SUSHI repeat; short complement-like repeat (SCR) / Four-helical cytokine-like, core / Sushi/SCR/CCP domain / Sushi/CCP/SCR domain profile. / Sushi/SCR/CCP superfamily / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Interleukin-2 receptor subunit alpha / Interleukin-2 receptor subunit beta / Cytokine receptor common subunit gamma / Interleukin-2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / sythetic construct (人工物) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.97 Å
データ登録者Katsura K / Matsumoto T / Shirouzu M
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: CXCR4 induces memory formation over exhaustion in CAR-T cells to achieve durable leukemia targeting
著者: Itoh-Nakadai A / Liang M / Ishikawa F
履歴
登録2024年11月15日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年11月19日-
マップ公開2025年11月19日-
更新2025年11月19日-
現状2025年11月19日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_62427.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_62427.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 209.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸X (Sec.)Y (Row.)Z (Col.)
0.83 Å/pix.
x 380 pix.
= 314.83 Å		0.83 Å/pix.
x 380 pix.
= 314.83 Å		0.83 Å/pix.
x 380 pix.
= 314.83 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.8285 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.4
最小 - 最大-3.6250217 - 4.878181
平均 (標準偏差)0.000000000000098 (±0.05864429)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin000
サイズ380380380
Spacing380380380
セルA=B=C: 314.83 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_62427_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_62427_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_62427_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Heterotrimeric interleukin-2 receptor in complex with interleukin...

全体名称: Heterotrimeric interleukin-2 receptor in complex with interleukin-2 and Fab S417
要素
  • 複合体: Heterotrimeric interleukin-2 receptor in complex with interleukin-2 and Fab S417
    • 複合体: Interleukin-2 receptor subunit alpha
      • タンパク質・ペプチド: Interleukin-2 receptor subunit alpha
    • 複合体: Interleukin-2 receptor subunit beta
      • タンパク質・ペプチド: Interleukin-2 receptor subunit beta
    • 複合体: Cytokine receptor common subunit gamma
      • タンパク質・ペプチド: Cytokine receptor common subunit gamma
    • 複合体: Interleukin-2
      • タンパク質・ペプチド: Interleukin-2
    • 複合体: Fab S417
      • タンパク質・ペプチド: Fab S417 heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: Fab S417 light chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: Heterotrimeric interleukin-2 receptor in complex with interleukin...

超分子名称: Heterotrimeric interleukin-2 receptor in complex with interleukin-2 and Fab S417
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#6

+
超分子 #2: Interleukin-2 receptor subunit alpha

超分子名称: Interleukin-2 receptor subunit alpha / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
超分子 #3: Interleukin-2 receptor subunit beta

超分子名称: Interleukin-2 receptor subunit beta / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
超分子 #4: Cytokine receptor common subunit gamma

超分子名称: Cytokine receptor common subunit gamma / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
超分子 #5: Interleukin-2

超分子名称: Interleukin-2 / タイプ: complex / ID: 5 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #4
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
超分子 #6: Fab S417

超分子名称: Fab S417 / タイプ: complex / ID: 6 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #5-#6
由来(天然)生物種: sythetic construct (人工物)

+
分子 #1: Interleukin-2 receptor subunit alpha

分子名称: Interleukin-2 receptor subunit alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 26.625502 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: ELCDDDPPEI PHATFKAMAY KEGTMLNCEC KRGFRRIKSG SLYMLCTGNS SHSSWDNQCQ CTSSATRNTT KQVTPQPEEQ KERKTTEMQ SPMQPVDQAS LPGHCREPPP WENEATERIY HFVVGQMVYY QCVQGYRALH RGPAESVCKM THGKTRWTQP Q LICTGEME ...文字列:
ELCDDDPPEI PHATFKAMAY KEGTMLNCEC KRGFRRIKSG SLYMLCTGNS SHSSWDNQCQ CTSSATRNTT KQVTPQPEEQ KERKTTEMQ SPMQPVDQAS LPGHCREPPP WENEATERIY HFVVGQMVYY QCVQGYRALH RGPAESVCKM THGKTRWTQP Q LICTGEME TSQFPGEEKP QASPEGRPES ETSCLVTTTD FQIQTEMAAT METSIFTTEY QGGGGSGGGG SGGGGSHHHH HH

UniProtKB: Interleukin-2 receptor subunit alpha

+
分子 #2: Interleukin-2 receptor subunit beta

分子名称: Interleukin-2 receptor subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 25.824219 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: AVNGTSQFTC FYNSRANISC VWSQDGALQD TSCQVHAWPD RRRWNQTCEL LPVSQASWAC NLILGAPDSQ KLTTVDIVTL RVLCREGVR WRVMAIQDFK PFENLRLMAP ISLQVVHVET HRCNISWEIS QASHYFERHL EFEARTLSPG HTWEEAPLLT L KQKQEWIC ...文字列:
AVNGTSQFTC FYNSRANISC VWSQDGALQD TSCQVHAWPD RRRWNQTCEL LPVSQASWAC NLILGAPDSQ KLTTVDIVTL RVLCREGVR WRVMAIQDFK PFENLRLMAP ISLQVVHVET HRCNISWEIS QASHYFERHL EFEARTLSPG HTWEEAPLLT L KQKQEWIC LETLTPDTQY EFQVRVKPLQ GEFTTWSPWS QPLAFRTKPA ALGKDTHHHH HHHH

UniProtKB: Interleukin-2 receptor subunit beta

+
分子 #3: Cytokine receptor common subunit gamma

分子名称: Cytokine receptor common subunit gamma / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 28.628816 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: LNTTILTPNG NEDTTADFFL TTMPTDSLSV STLPLPEVQC FVFNVEYMNC TWQSSSEPQP TNLTLHYWYK NSDNDKVQKC SHYLFSEEI TSGCQLQKKE IHLYQTFVVQ LQDPREPRRQ ATQMLKLQNL VIPWAPENLT LHKLSESQLE LNWNNRFLNH C LEHLVQYR ...文字列:
LNTTILTPNG NEDTTADFFL TTMPTDSLSV STLPLPEVQC FVFNVEYMNC TWQSSSEPQP TNLTLHYWYK NSDNDKVQKC SHYLFSEEI TSGCQLQKKE IHLYQTFVVQ LQDPREPRRQ ATQMLKLQNL VIPWAPENLT LHKLSESQLE LNWNNRFLNH C LEHLVQYR TDWDHSWTEQ SVDYRHKFSL PSVDGQKRYT FRVRSRFNPL CGSAQHWSEW SHPIHWGSNT SKENPHHHHH HH H

UniProtKB: Cytokine receptor common subunit gamma

+
分子 #4: Interleukin-2

分子名称: Interleukin-2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 15.435979 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
APTSSSTKKT QLQLEHLLLD LQMILNGINN YKNPKLTRML TFKFYMPKKA TELKHLQCLE EELKPLEEVL NLAQSKNFHL RPRDLISNI NVIVLELKGS ETTFMCEYAD ETATIVEFLN RWITFCQSII STLT

UniProtKB: Interleukin-2

+
分子 #5: Fab S417 heavy chain

分子名称: Fab S417 heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 24.459379 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: QVQLHQSGDD LVKPGASVKL SCRASGYTFT SYWINWVKQR PGQGLEWIGR ILPGTNSIYY SEIFKGKASL TVDTSSNTAY IQLSSLSSE DSAVYFCARL LWNKGAMDYW GQGTSVTVSS ASTKGPSVFP LAPSSKSTSG GTAALGCLVK DYFPEPVTVS W NSGALTSG ...文字列:
QVQLHQSGDD LVKPGASVKL SCRASGYTFT SYWINWVKQR PGQGLEWIGR ILPGTNSIYY SEIFKGKASL TVDTSSNTAY IQLSSLSSE DSAVYFCARL LWNKGAMDYW GQGTSVTVSS ASTKGPSVFP LAPSSKSTSG GTAALGCLVK DYFPEPVTVS W NSGALTSG VHTFPAVLQS SGLYSLSSVV TVPSSSLGTQ TYICNVNHKP SNTKVDKKAE PKSCENLYFQ

+
分子 #6: Fab S417 light chain

分子名称: Fab S417 light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 23.004434 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: QIVLSQSPVI LSASPGEKVT MTCRASSGVS SIHWYQQQPG SSPKPWIYDT SSLASGVPAR FSGSGSGTSY SLTISRVEAE DAATYYCQQ WSSNPPTFGA GTKLELKRTV AAPSVFIFPP SDEQLKSGTA SVVCLLNNFY PREAKVQWKV DNALQSGNSQ E SVTEQDSK ...文字列:
QIVLSQSPVI LSASPGEKVT MTCRASSGVS SIHWYQQQPG SSPKPWIYDT SSLASGVPAR FSGSGSGTSY SLTISRVEAE DAATYYCQQ WSSNPPTFGA GTKLELKRTV AAPSVFIFPP SDEQLKSGTA SVVCLLNNFY PREAKVQWKV DNALQSGNSQ E SVTEQDSK DSTYSLSSTL TLSKADYEKH KVYACEVTHQ GLSSPVTKSF NRGEC

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分子 #10: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 1 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.4 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.97 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 353002
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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