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万見
- EMDB-62423: Cryo-EM structure of Xenopus tropicalis glycine transporter 2 in ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-62423
タイトルCryo-EM structure of Xenopus tropicalis glycine transporter 2 in complex with ALX1393
マップデータ
試料
  • 複合体: Cryo-EM structure of glycine transporter 2 in complex with ALX1393
    • タンパク質・ペプチド: Transporter
  • リガンド: (2~{S})-2-azanyl-3-[(~{R})-(3-fluorophenyl)-(2-phenylmethoxyphenyl)methoxy]propanoic acid
  • リガンド: CHOLESTEROL
キーワードGLYT2 / PROTEIN STRUCTURE / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


SLC-mediated transport of neurotransmitters / glycine:sodium symporter activity / synaptic transmission, glycinergic / glycine import across plasma membrane / sodium ion transmembrane transport / synapse / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Sodium:neurotransmitter symporter family signature 2. / Sodium:neurotransmitter symporter family signature 1. / Sodium:neurotransmitter symporter / Sodium:neurotransmitter symporter superfamily / Sodium:neurotransmitter symporter family / Sodium:neurotransmitter symporter family profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Xenopus tropicalis (ネッタイツメガエル)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Wang Y / Zhao Y
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
Chinese Academy of Sciences 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Transport mechanism and pharmacology of the Xenopus tropicalis GlyT2
著者: Zhao Y / Wang Y
履歴
登録2024年11月15日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年11月19日-
マップ公開2025年11月19日-
更新2025年11月19日-
現状2025年11月19日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_62423.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_62423.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.85 Å/pix.
x 256 pix.
= 217.6 Å		0.85 Å/pix.
x 256 pix.
= 217.6 Å		0.85 Å/pix.
x 256 pix.
= 217.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.85 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.175
最小 - 最大-0.918754 - 1.3208433
平均 (標準偏差)-0.0007059634 (±0.028698102)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 217.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_62423_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_62423_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Cryo-EM structure of glycine transporter 2 in complex with ALX1393

全体名称: Cryo-EM structure of glycine transporter 2 in complex with ALX1393
要素
  • 複合体: Cryo-EM structure of glycine transporter 2 in complex with ALX1393
    • タンパク質・ペプチド: Transporter
  • リガンド: (2~{S})-2-azanyl-3-[(~{R})-(3-fluorophenyl)-(2-phenylmethoxyphenyl)methoxy]propanoic acid
  • リガンド: CHOLESTEROL

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超分子 #1: Cryo-EM structure of glycine transporter 2 in complex with ALX1393

超分子名称: Cryo-EM structure of glycine transporter 2 in complex with ALX1393
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Xenopus tropicalis (ネッタイツメガエル)

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分子 #1: Transporter

分子名称: Transporter / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xenopus tropicalis (ネッタイツメガエル)
分子量理論値: 87.269273 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MDYVNVMDGT KKTMNSPEGA APGPIGAAGI TSHTPDNDLP LQASSKLARL SQSTSNDSKF AAAEEPKACD LERSRIGGSC KMTTPGHSN FVLKRDSVEG CPAKNTSMAD SNGQTNPLHC RIVPLQSAEG ETNQGFGKNS LEQNNAKGGW VPSQSTVVLG T DGNTSVFP ...文字列:
MDYVNVMDGT KKTMNSPEGA APGPIGAAGI TSHTPDNDLP LQASSKLARL SQSTSNDSKF AAAEEPKACD LERSRIGGSC KMTTPGHSN FVLKRDSVEG CPAKNTSMAD SNGQTNPLHC RIVPLQSAEG ETNQGFGKNS LEQNNAKGGW VPSQSTVVLG T DGNTSVFP GTLNGDEEGD ENKARGNWSS KLDFILSMVG YAVGLGNVWR FPYLAFKNGG GAFLIPYLTM LALAGLPIFY ME VALGQFA SQGPISVWKA IPALQGCGIA MLIISVLIAI YYNIIMCYTI FYLFASLVSV LPWASCTNPW NTPDCKDKDR LML DSCIIG SQPNIHIKNS TFCMTAYPNL TLVNFTSHAN KSFVSGSEEY FKYNMLKISA GIEYPGEIRW PLAICLFLAW TIVY ASLAK GIKSSGKVVY FTATFPYVVL VILLIRGVTL PGAGDGIWWF IMPKWEKLMD AMVWKDAATQ IFFSLSAAWG GLITL SSYN KFHNNVYRDT LIVTCTNSAT SIFAGFVIFS VIGFMAHILN VDIEKVADQG PGIAFVVYPE ALTRLPLSPF WAIIFF LML LTLGLDTMFA TIETIVTSVS DEFPKLLRPH KPLFTLICCV AFFIMGFPMI TQGGIYMLQL VDNYAASYSL VIIAIFE LV GISYVYGLQR FCEDIEMMIG FQPSRFWKVC WAFVTPTILT FILCFSFYQW EPMTYGSYHY PTWSMVMGWL MLACSVIW I PVMFVIKMYL APGTFIERLK LVCSPQPDWG PFLAKHRGER YKNMIDPLGT SSLGLKLPPK DFELGTQC

UniProtKB: Transporter

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分子 #2: (2~{S})-2-azanyl-3-[(~{R})-(3-fluorophenyl)-(2-phenylmethoxypheny...

分子名称: (2~{S})-2-azanyl-3-[(~{R})-(3-fluorophenyl)-(2-phenylmethoxyphenyl)methoxy]propanoic acid
タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 1 / 式: A1EZ0
分子量理論値: 395.423 Da

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分子 #3: CHOLESTEROL

分子名称: CHOLESTEROL / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1 / 式: CLR
分子量理論値: 386.654 Da
Chemical component information

ChemComp-CLR:
CHOLESTEROL

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 168213
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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