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万見
- EMDB-62409: Cryo-EM structure of the monomeric Rhodobacter sphaeroides G1C LH... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-62409
タイトルCryo-EM structure of the monomeric Rhodobacter sphaeroides G1C LH1-RC core complex
マップデータ
試料
  • 複合体: LH1-RC core complex
    • タンパク質・ペプチド: x 7種
  • リガンド: x 9種
キーワードLH1-RC / Rhodobacter sphaeroides G1C / neurosporene / photosynthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


organelle inner membrane / plasma membrane-derived chromatophore membrane / plasma membrane light-harvesting complex / bacteriochlorophyll binding / photosynthetic electron transport in photosystem II / : / photosynthesis, light reaction / metal ion binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Intrinsic membrane protein family, PufX / Intrinsic membrane protein PufX / Antenna complex, beta subunit, conserved site / Antenna complexes beta subunits signature. / Antenna complex, alpha subunit / Antenna complex, alpha subunit conserved site / Antenna complexes alpha subunits signature. / Antenna complex, alpha/beta subunit / Light-harvesting protein B beta chain / Antenna complex, beta domain superfamily ...Intrinsic membrane protein family, PufX / Intrinsic membrane protein PufX / Antenna complex, beta subunit, conserved site / Antenna complexes beta subunits signature. / Antenna complex, alpha subunit / Antenna complex, alpha subunit conserved site / Antenna complexes alpha subunits signature. / Antenna complex, alpha/beta subunit / Light-harvesting protein B beta chain / Antenna complex, beta domain superfamily / Antenna complex alpha/beta subunit / Light-harvesting complex / Photosynthetic reaction centre, H subunit / Bacterial photosynthetic reaction centre, H-chain, C-terminal / Photosynthetic reaction centre, M subunit / Photosynthetic reaction centre, H subunit, N-terminal / PRC-barrel domain / Photosynthetic reaction centre, H subunit, N-terminal domain superfamily / Photosynthetic reaction centre, H-chain N-terminal region / PRC-barrel domain / Photosynthetic reaction centre, L subunit / PRC-barrel-like superfamily / : / Photosynthetic reaction centre, L/M / Photosystem II protein D1/D2 superfamily / Photosynthetic reaction centre protein / Photosynthetic reaction center proteins signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Light-harvesting protein B-875 alpha chain / Reaction center protein H chain / Reaction center protein L chain / Reaction center protein M chain / Intrinsic membrane protein PufX / Antenna pigment protein beta chain
類似検索 - 構成要素
生物種Cereibacter sphaeroides (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Wu Y-L / Yu L-J
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2022YFC3401800 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: From Genome to structure: Elucidating Neurosporene Production in the Rhodobacter sphaeroides G1C Mutant
著者: Wu Y-L / Yu L-J
履歴
登録2024年11月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年11月19日-
マップ公開2025年11月19日-
更新2025年11月19日-
現状2025年11月19日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_62409.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_62409.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.81 Å/pix.
x 400 pix.
= 323.2 Å		0.81 Å/pix.
x 400 pix.
= 323.2 Å		0.81 Å/pix.
x 400 pix.
= 323.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.808 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.19
最小 - 最大-0.8276123 - 1.5199637
平均 (標準偏差)0.00029275846 (±0.036949787)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 323.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_62409_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_62409_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : LH1-RC core complex

全体名称: LH1-RC core complex
要素
  • 複合体: LH1-RC core complex
    • タンパク質・ペプチド: Reaction center protein L chain
    • タンパク質・ペプチド: Reaction center protein M chain
    • タンパク質・ペプチド: Reaction center protein H chain
    • タンパク質・ペプチド: Light-harvesting protein B-875 alpha chain
    • タンパク質・ペプチド: Antenna pigment protein beta chain
    • タンパク質・ペプチド: protein-U
    • タンパク質・ペプチド: Intrinsic membrane protein PufX
  • リガンド: BACTERIOCHLOROPHYLL A
  • リガンド: BACTERIOPHEOPHYTIN A
  • リガンド: UBIQUINONE-10
  • リガンド: (1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL (11E)-OCTADEC-11-ENOATE
  • リガンド: LAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE
  • リガンド: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE
  • リガンド: FE (III) ION
  • リガンド: CARDIOLIPIN
  • リガンド: (6~{E},8~{E},10~{E},12~{E},14~{E},16~{E},18~{E},20~{E},22~{E},26~{E})-2,6,10,14,19,23,27,31-octamethyldotriaconta-2,6,8,10,12,14,16,18,20,22,26,30-dodecaene

+
超分子 #1: LH1-RC core complex

超分子名称: LH1-RC core complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#7
由来(天然)生物種: Cereibacter sphaeroides (バクテリア)

+
分子 #1: Reaction center protein L chain

分子名称: Reaction center protein L chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Cereibacter sphaeroides (バクテリア)
分子量理論値: 31.476529 KDa
配列文字列: (FME)ALLSFEQKY RVPGGTLVGG NLFDFWVGPF YVGFFGVATF FFAALGIILI AWSAVLQGTW NPQLISVYPP ALEYGL GGA PLAKGGLWQI ITICATGAFV SWALREVEIC RKLGIGYHIP FAFAFAILAY LTLVLFRPVM MGAWGYAFPY GIWTHLD WV ...文字列:
(FME)ALLSFEQKY RVPGGTLVGG NLFDFWVGPF YVGFFGVATF FFAALGIILI AWSAVLQGTW NPQLISVYPP ALEYGL GGA PLAKGGLWQI ITICATGAFV SWALREVEIC RKLGIGYHIP FAFAFAILAY LTLVLFRPVM MGAWGYAFPY GIWTHLD WV SNTGYTYGNF HYNPAHMIAI SFFFTNALAL ALHGALVLSA ANPEKGKEMR TPDHEDTFFR DLVGYSIGTL GIHRLGLL L SLSAVFFSAL CMIITGTIWF DQWVDWWQWW VKLPWWANIP GGING

UniProtKB: Reaction center protein L chain

+
分子 #2: Reaction center protein M chain

分子名称: Reaction center protein M chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Cereibacter sphaeroides (バクテリア)
分子量理論値: 34.557746 KDa
配列文字列: (FME)AEYQNIFSQ VQVRGPADLG MTEDVNLANR SGVGPFSTLL GWFGNAQLGP IYLGSLGVLS LFSGLMWFFT IGIWFW YQA GWNPAVFLRD LFFFSLEPPA PEYGLSFAAP LKEGGLWLIA SFFMFVAVWS WWGRTYLRAQ ALGMGKHTAW AFLSAIW LW ...文字列:
(FME)AEYQNIFSQ VQVRGPADLG MTEDVNLANR SGVGPFSTLL GWFGNAQLGP IYLGSLGVLS LFSGLMWFFT IGIWFW YQA GWNPAVFLRD LFFFSLEPPA PEYGLSFAAP LKEGGLWLIA SFFMFVAVWS WWGRTYLRAQ ALGMGKHTAW AFLSAIW LW MVLGFIRPIL MGSWSEAVPY GIFSHLDWTN NFSLVHGNLF YNPFHGLSIA FLYGSALLFA MHGATILAVS RFGGEREL E QIADRGTAAE RAALFWRWTM GFNATMEGIH RWAIWMAVLV TLTGGIGILL SGTVVDNWYV WGQNHGMAPL N

UniProtKB: Reaction center protein M chain

+
分子 #3: Reaction center protein H chain

分子名称: Reaction center protein H chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Cereibacter sphaeroides (バクテリア)
分子量理論値: 28.066322 KDa
配列文字列: MVGVTAFGNF DLASLAIYSF WIFLAGLIYY LQTENMREGY PLENEDGTPA ANQGPFPLPK PKTFILPHGR GTLTVPGPES EDRPIALAR TAVSEGFPHA PTGDPMKDGV GPASWVARRD LPELDGHGHN KIKPMKAAAG FHVSAGKNPI GLPVRGCDLE I AGKVVDIW ...文字列:
MVGVTAFGNF DLASLAIYSF WIFLAGLIYY LQTENMREGY PLENEDGTPA ANQGPFPLPK PKTFILPHGR GTLTVPGPES EDRPIALAR TAVSEGFPHA PTGDPMKDGV GPASWVARRD LPELDGHGHN KIKPMKAAAG FHVSAGKNPI GLPVRGCDLE I AGKVVDIW VDIPEQMARF LEVELKDGST RLLPMQMVKV QSNRVHVNAL SSDLFAGIPT IKSPTEVTLL EEDKICGYVA GG LMYAAPK RKSVVAAMLA EYA

UniProtKB: Reaction center protein H chain

+
分子 #4: Light-harvesting protein B-875 alpha chain

分子名称: Light-harvesting protein B-875 alpha chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 14 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Cereibacter sphaeroides (バクテリア)
分子量理論値: 6.47378 KDa
配列文字列:
(FME)SKFYKIWMI FDPRRVFVAQ GVFLFLLAVM IHLILLSTPS YNWLEISAAK YNRV

UniProtKB: Light-harvesting protein B-875 alpha chain

+
分子 #5: Antenna pigment protein beta chain

分子名称: Antenna pigment protein beta chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 14 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Cereibacter sphaeroides (バクテリア)
分子量理論値: 5.620372 KDa
配列文字列:
(FME)ADKSDLGYT GLTDEQAQEL HSVYMSGLWL FSAVAIVAHL AVYIWRPWF

UniProtKB: Antenna pigment protein beta chain

+
分子 #6: protein-U

分子名称: protein-U / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Cereibacter sphaeroides (バクテリア)
分子量理論値: 5.583568 KDa
配列文字列:
(FME)PEVSEFAFR LMMAAVIFVG VGIMFAFAGG HWFVGLVVGG LVAAFFAATP NSN

UniProtKB: UNIPROTKB: A0AAN4RAQ9

+
分子 #7: Intrinsic membrane protein PufX

分子名称: Intrinsic membrane protein PufX / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Cereibacter sphaeroides (バクテリア)
分子量理論値: 9.089655 KDa
配列文字列:
(FME)ADKTIFNDH LNTNPKTNLR LWVAFQMMKG AGWAGGVFFG TLLLIGFFRV VGRMLPIQEN QAPAPNITGA LETGIE LIK HLV

UniProtKB: Intrinsic membrane protein PufX

+
分子 #8: BACTERIOCHLOROPHYLL A

分子名称: BACTERIOCHLOROPHYLL A / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 32 / 式: BCL
分子量理論値: 911.504 Da
Chemical component information

ChemComp-BCL:
BACTERIOCHLOROPHYLL A

+
分子 #9: BACTERIOPHEOPHYTIN A

分子名称: BACTERIOPHEOPHYTIN A / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 2 / 式: BPH
分子量理論値: 889.215 Da
Chemical component information

ChemComp-BPH:
BACTERIOPHEOPHYTIN A

+
分子 #10: UBIQUINONE-10

分子名称: UBIQUINONE-10 / タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 3 / 式: U10
分子量理論値: 863.343 Da
Chemical component information

ChemComp-U10:
UBIQUINONE-10

+
分子 #11: (1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-...

分子名称: (1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL (11E)-OCTADEC-11-ENOATE
タイプ: ligand / ID: 11 / コピー数: 13 / 式: PGV
分子量理論値: 749.007 Da
Chemical component information

ChemComp-PGV:
(1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL (11E)-OCTADEC-11-ENOATE / リン脂質*YM

+
分子 #12: LAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE

分子名称: LAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE / タイプ: ligand / ID: 12 / コピー数: 10 / 式: LDA
分子量理論値: 229.402 Da
Chemical component information

ChemComp-LDA:
LAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE / LDAO, 可溶化剤*YM

+
分子 #13: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE

分子名称: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / タイプ: ligand / ID: 13 / コピー数: 25 / 式: LMT
分子量理論値: 510.615 Da
Chemical component information

ChemComp-LMT:
DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / 可溶化剤*YM

+
分子 #14: FE (III) ION

分子名称: FE (III) ION / タイプ: ligand / ID: 14 / コピー数: 1 / 式: FE
分子量理論値: 55.845 Da

+
分子 #15: CARDIOLIPIN

分子名称: CARDIOLIPIN / タイプ: ligand / ID: 15 / コピー数: 4 / 式: CDL
分子量理論値: 1.464043 KDa
Chemical component information

ChemComp-CDL:
CARDIOLIPIN / リン脂質*YM

+
分子 #16: (6~{E},8~{E},10~{E},12~{E},14~{E},16~{E},18~{E},20~{E},22~{E},26~...

分子名称: (6~{E},8~{E},10~{E},12~{E},14~{E},16~{E},18~{E},20~{E},22~{E},26~{E})-2,6,10,14,19,23,27,31-octamethyldotriaconta-2,6,8,10,12,14,16,18,20,22,26,30-dodecaene
タイプ: ligand / ID: 16 / コピー数: 27 / 式: A1EF2
分子量理論値: 538.889 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 50.61 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.7 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.7000000000000001 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 118603
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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