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- EMDB-62399: CryoEM structure of Pleurocybella porrigens lectin (PPL) in compl... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-62399
タイトルCryoEM structure of Pleurocybella porrigens lectin (PPL) in complex with GalNAc
マップデータSharpened map
試料
  • 複合体: Pleurocybella porrigens lectin in complex with GalNac
    • タンパク質・ペプチド: Lectin
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose
キーワードtrefoil / lectin / SUGAR BINDING PROTEIN
機能・相同性Ricin-type beta-trefoil lectin domain-like / Lectin domain of ricin B chain profile. / Ricin B, lectin domain / Ricin B-like lectins / Lectin
機能・相同性情報
生物種Pleurocybella porrigens (スギヒラタケ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.24 Å
データ登録者Ishimoto N / Adachi D / Kawabata H / Park SY / Tame JRH / Kamata K
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Other privateY-2023-2-046
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal and Cryo-EM structure of PPL, a novel hexameric R-type lectin from Pleurocybella porrigens.
著者: Adachi D / Ishimoto N / Mizutani K / Takahashi K / Kawabata H / Park S-Y / Vandebroek L / Voet ARD / Ishiwata R / Hayashi R / Yamada M / Ozeki Y / Fujii Y / Tame JRH / Kamata K
履歴
登録2024年11月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年11月19日-
マップ公開2025年11月19日-
更新2025年11月19日-
現状2025年11月19日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_62399.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_62399.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Sharpened map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1 Å/pix.
x 256 pix.
= 256.768 Å		1 Å/pix.
x 256 pix.
= 256.768 Å		1 Å/pix.
x 256 pix.
= 256.768 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.003 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.11
最小 - 最大-1.234686 - 1.7191039
平均 (標準偏差)0.000025806103 (±0.033981286)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 256.768 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_62399_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Unsharpened map

ファイルemd_62399_additional_1.map
注釈Unsharpened map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map 1

ファイルemd_62399_half_map_1.map
注釈Half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map 2

ファイルemd_62399_half_map_2.map
注釈Half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Pleurocybella porrigens lectin in complex with GalNac

全体名称: Pleurocybella porrigens lectin in complex with GalNac
要素
  • 複合体: Pleurocybella porrigens lectin in complex with GalNac
    • タンパク質・ペプチド: Lectin
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose

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超分子 #1: Pleurocybella porrigens lectin in complex with GalNac

超分子名称: Pleurocybella porrigens lectin in complex with GalNac
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Pleurocybella porrigens (スギヒラタケ)
分子量理論値: 85.6 KDa

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分子 #1: Lectin

分子名称: Lectin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pleurocybella porrigens (スギヒラタケ)
分子量理論値: 14.625118 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
GSHMSIPAGT YLIRNVESNL YLDLRGSNPA PGTDAIVWGR TGNNNQRWIV TTHSDGTRTL ETVGINSSAF IATIQPGGRV TGHPNNETR LTITNVNPGE YSISAGGLLW LANTPVGGTG EAVTLQAAGG AAQSLWVFEA V

UniProtKB: Lectin

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分子 #2: 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 1 / 式: A2G
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-A2G:
2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 278 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
実像数: 1542 / 平均露光時間: 4.8 sec. / 平均電子線量: 47.41 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 150096
CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成使用したクラス数: 1
想定した対称性 - 点群: D3 (2回x3回 2面回転対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.24 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 74285
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 3次元分類クラス数: 3 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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