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万見
- EMDB-62349: The averaged map of pronounced stacking discs with a conspicuous ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-62349
タイトルThe averaged map of pronounced stacking discs with a conspicuous channel
マップデータ
試料
  • ウイルス: Sulfolobus ellipsoid virus 1 (ウイルス)
キーワードnucleocapsid protein / VIRUS
生物種Sulfolobus ellipsoid virus 1 (ウイルス)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 40.8 Å
データ登録者Zhang H / Wang H / Zhu P
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)E2VK311RA1 中国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2025
タイトル: Insights into the spool-like architecture and infection strategy of an enveloped archaeal virus.
著者: Haonan Zhang / Haina Wang / Yan Li / Yunxuan Fan / Zhenfeng Zhang / Hongyu Chen / Kai Song / Li Huang / Ping Zhu /
要旨: Archaeal viruses are well known for their diverse morphologies and extreme stability. Here, we used cryo-electron tomography to analyze the structure of ellipsoid virus 1 (SEV1), an archaeal virus ...Archaeal viruses are well known for their diverse morphologies and extreme stability. Here, we used cryo-electron tomography to analyze the structure of ellipsoid virus 1 (SEV1), an archaeal virus with an ellipsoidal shape and a lipid envelope, and its infection strategy. We show that the SEV1 nucleocapsid adopts a "coil-stacking" architecture with substantial flexibility. The major capsid protein VP4, whose homologs are widespread in the thermoacidic environments around the Pacific Rim, binds genomic DNA in the formation of a nucleoprotein filament with a "beads-on-a-string" appearance. The virion is notably stable at high temperature and acidic pH, and the envelope of SEV1 is crucial to the thermostability of the virion. The infected cell undergoes cytoplasmic condensation to form patches associated with the assembly intermediates of the progeny virions. The nascent virions are released through virus-associated pyramids (VAPs), which are constructed of an SEV1 protein distinctly different at the amino acid sequence level from other known VAP proteins.
履歴
登録2024年11月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年4月23日-
マップ公開2025年4月23日-
更新2025年7月30日-
現状2025年7月30日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_62349.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_62349.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 6.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
5.44 Å/pix.
x 120 pix.
= 652.8 Å		5.44 Å/pix.
x 120 pix.
= 652.8 Å		5.44 Å/pix.
x 120 pix.
= 652.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 5.44 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.5
最小 - 最大-0.3296935 - 1.5456556
平均 (標準偏差)0.10159368 (±0.23650151)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ120120120
Spacing120120120
セルA=B=C: 652.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_62349_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_62349_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_62349_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Sulfolobus ellipsoid virus 1

全体名称: Sulfolobus ellipsoid virus 1 (ウイルス)
要素
  • ウイルス: Sulfolobus ellipsoid virus 1 (ウイルス)

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超分子 #1: Sulfolobus ellipsoid virus 1

超分子名称: Sulfolobus ellipsoid virus 1 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / NCBI-ID: 2056194 / 生物種: Sulfolobus ellipsoid virus 1 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 3.2
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 3.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 5.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 40.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用したサブトモグラム数: 178
抽出トモグラム数: 68 / 使用した粒子像数: 276
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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