EMDB-62341: The average map of eighteen beads composed of the NP from SEV1.

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: EMDB / ID: EMD-62341

タイトル

The average map of eighteen beads composed of the NP from SEV1.

マップデータ

試料

ウイルス: Sulfolobus ellipsoid virus 1 (ウイルス)

キーワード

nucleocapsid protein / VIRUS

生物種

Sulfolobus ellipsoid virus 1 (ウイルス)

手法

サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 21.1 Å

データ登録者

Zhang H / Wang H / Zhu P

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Insights into the spool-like architecture and infection strategy of the archaeal virus SEV1
著者: Zhang H / Wang H / Zhu P

履歴

登録	2024年11月10日	-
ヘッダ(付随情報) 公開	2025年4月23日	-
マップ公開	2025年4月23日	-
更新	2025年4月23日	-
現状	2025年4月23日	処理サイト: PDBc / 状態: 公開

添付画像	emd_62341.png

-
EMDBアーカイブ

マップデータ	emd_62341.map.gz	881.5 KB		EMDBマップデータ形式
ヘッダ (付随情報)	emd-62341-v30.xml emd-62341.xml	12.5 KB 12.5 KB	表示表示	EMDBヘッダ
画像	emd_62341.png	92 KB
マスクデータ	emd_62341_msk_1.map	1.3 MB		マスクマップ
Filedesc metadata	emd-62341.cif.gz	3.9 KB
その他	emd_62341_half_map_1.map.gz emd_62341_half_map_2.map.gz	958.8 KB 958.5 KB
アーカイブディレクトリ	http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-62341 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-62341	HTTPS FTP

-
検証レポート

文書・要旨	emd_62341_validation.pdf.gz	865 KB	表示	EMDB検証レポート
文書・詳細版	emd_62341_full_validation.pdf.gz	864.5 KB	表示
XML形式データ	emd_62341_validation.xml.gz	7.3 KB	表示
CIF形式データ	emd_62341_validation.cif.gz	8.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-62341 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-62341	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	62342C 62348C 62349C C: 同じ文献を引用 (文献)

-
リンク

EMDBのページ	EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource

ファイル

ダウンロード / ファイル: emd_62341.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)

投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他	反転上下逆

軸	Z (Sec.)	Y (Row.)	X (Col.)
	2.72 Å/pix. x 70 pix. = 190.4 Å	2.72 Å/pix. x 70 pix. = 190.4 Å	2.72 Å/pix. x 70 pix. = 190.4 Å
表面
投影像
断面 (1/3)
断面 (1/2)
断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズ

X=Y=Z: 2.72 Å

密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

表面レベル	登録者による: 0.335
最小 - 最大	-0.7724114 - 0.6930208
平均 (標準偏差)	-0.01289462 (±0.20961271)

対称性

空間群: 1

詳細

-
マスク #1

ファイル

emd_62341_msk_1.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイル

emd_62341_half_map_1.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイル

emd_62341_half_map_2.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
全体 : Sulfolobus ellipsoid virus 1

全体	名称: Sulfolobus ellipsoid virus 1 (ウイルス)
要素	ウイルス: Sulfolobus ellipsoid virus 1 (ウイルス)

-
超分子 #1: Sulfolobus ellipsoid virus 1

超分子	名称: Sulfolobus ellipsoid virus 1 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / NCBI-ID: 2056194 / 生物種: Sulfolobus ellipsoid virus 1 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No

-
構造解析

手法	クライオ電子顕微鏡法
解析	サブトモグラム平均法
試料の集合状態	particle

-
試料調製

緩衝液	pH: 3.2
凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡	TFS KRIOS
撮影	フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 3.0 e/Å²
電子線	加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系	照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 5.0 µm / 最小デフォーカス（公称値）: 3.0 µm
実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

最終再構成	想定した対称性 - 点群: C₁ (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 21.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用したサブトモグラム数: 341
抽出	トモグラム数: 68 / 使用した粒子像数: 750
最終角度割当	タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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超分子 #1: Sulfolobus ellipsoid virus 1

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-全体 : Sulfolobus ellipsoid virus 1

-超分子 #1: Sulfolobus ellipsoid virus 1

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