EMDB-62334: Cryo-EM structure of lipase/ligand complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: EMDB / ID: EMD-62334

タイトル

Cryo-EM structure of lipase/ligand complex

マップデータ

試料

複合体: complex of lipase and ligand
- タンパク質・ペプチド: CBASS cGAMP-activated phospholipase
リガンド: 2-amino-9-[(2R,3R,3aS,5R,7aR,9R,10R,10aS,12R,14aR)-9-(6-amino-9H-purin-9-yl)-3,5,10,12-tetrahydroxy-5,12-dioxidooctahydro-2H,7H-difuro[3,2-d:3',2'-j][1,3,7,9,2,8]tetraoxadiphosphacyclododecin-2-yl]-1,9-dihydro-6H-purin-6-one

キーワード

lipase / HYDROLASE

機能・相同性

:

機能・相同性情報

生物種

Acinetobacter baumannii (バクテリア)

手法

単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.0 Å

データ登録者

Lu DF / Zhu DY / Liu S

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: cryo-EM structure of lipase/ligand complex
著者: Lu DF / Zhu DY

履歴

登録	2024年11月9日	-
ヘッダ(付随情報) 公開	2025年11月12日	-
マップ公開	2025年11月12日	-
更新	2025年11月12日	-
現状	2025年11月12日	処理サイト: PDBc / 状態: 公開

添付画像	emd_62334.png

-
EMDBアーカイブ

マップデータ	emd_62334.map.gz	59.7 MB		EMDBマップデータ形式
ヘッダ (付随情報)	emd-62334-v30.xml emd-62334.xml	14.7 KB 14.7 KB	表示表示	EMDBヘッダ
画像	emd_62334.png	39 KB
Filedesc metadata	emd-62334.cif.gz	5.5 KB
その他	emd_62334_half_map_1.map.gz emd_62334_half_map_2.map.gz	58.6 MB 58.6 MB
アーカイブディレクトリ	http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-62334 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-62334	HTTPS FTP

-
検証レポート

文書・要旨	emd_62334_validation.pdf.gz	815.1 KB	表示	EMDB検証レポート
文書・詳細版	emd_62334_full_validation.pdf.gz	814.5 KB	表示
XML形式データ	emd_62334_validation.xml.gz	12.2 KB	表示
CIF形式データ	emd_62334_validation.cif.gz	14.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-62334 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-62334	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9kh7MC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

EMDBのページ	EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource

ファイル

ダウンロード / ファイル: emd_62334.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)

投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他	反転上下逆

軸	Z (Sec.)	Y (Row.)	X (Col.)
	0.83 Å/pix. x 256 pix. = 212.48 Å	0.83 Å/pix. x 256 pix. = 212.48 Å	0.83 Å/pix. x 256 pix. = 212.48 Å
表面
投影像
断面 (1/3)
断面 (1/2)
断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズ

X=Y=Z: 0.83 Å

密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

表面レベル	登録者による: 0.4
最小 - 最大	-1.5327373 - 2.3659291
平均 (標準偏差)	0.004360059 (±0.08589738)

対称性

空間群: 1

詳細

-
ハーフマップ: #1

ファイル

emd_62334_half_map_1.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイル

emd_62334_half_map_2.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
全体 : complex of lipase and ligand

全体	名称: complex of lipase and ligand
要素	複合体: complex of lipase and ligand タンパク質・ペプチド: CBASS cGAMP-activated phospholipase リガンド: 2-amino-9-[(2R,3R,3aS,5R,7aR,9R,10R,10aS,12R,14aR)-9-(6-amino-9H-purin-9-yl)-3,5,10,12-tetrahydroxy-5,12-dioxidooctahydro-2H,7H-difuro[3,2-d:3',2'-j][1,3,7,9,2,8]tetraoxadiphosphacyclododecin-2-yl]-1,9-dihydro-6H-purin-6-one

-
超分子 #1: complex of lipase and ligand

超分子	名称: complex of lipase and ligand / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)	生物種: Acinetobacter baumannii (バクテリア)

-
分子 #1: CBASS cGAMP-activated phospholipase

分子	名称: CBASS cGAMP-activated phospholipase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 詳細: Sequence reference for strain 'Acinetobacter baumannii' is not available in UniProt at the time of biocuration. Current sequence reference is from UniProt id A0A9E9MHI8. コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)	生物種: Acinetobacter baumannii (バクテリア)
分子量	理論値: 36.897059 KDa
組換発現	生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列	文字列: MEKFQILALS GGGYRGLFTA TVLKELEQEA KENGHDSIAD CFDLITGTSV GGIVALAIAY GIKVEAIVDL FKSHGDKIFQ PKPFLKFTG SKYSNESLKT VLEEWFGDSI LGDLKCPVVI PTIDFTRGSP VTLKTPHNPN LKRDWKLKIV DVALATSAAP T YFPRHPIG ...文字列: MEKFQILALS GGGYRGLFTA TVLKELEQEA KENGHDSIAD CFDLITGTSV GGIVALAIAY GIKVEAIVDL FKSHGDKIFQ PKPFLKFTG SKYSNESLKT VLEEWFGDSI LGDLKCPVVI PTIDFTRGSP VTLKTPHNPN LKRDWKLKIV DVALATSAAP T YFPRHPIG PNEYVAGGLF ANDPSLIGLH EADYMFKKNI QDVHILSIGT LSSKKQLNPS TKKDGGYLDW GEGSILKAAP NI IDLVLSS QQQFMEQMVK HRMEPFPNQF YKIDEQIVQA SAQFIGLDET SDAAKQVLEG NGIQSAKVAL GKDFIRNYFN QPS RKREWF DGPQKNV UniProtKB: UNIPROTKB: A0A9E9MHI8

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分子 #2: 2-amino-9-[(2R,3R,3aS,5R,7aR,9R,10R,10aS,12R,14aR)-9-(6-amino-9H-...

分子	名称: 2-amino-9-[(2R,3R,3aS,5R,7aR,9R,10R,10aS,12R,14aR)-9-(6-amino-9H-purin-9-yl)-3,5,10,12-tetrahydroxy-5,12-dioxidooctahydro-2H,7H-difuro[3,2-d:3',2'-j][1,3,7,9,2,8]tetraoxadiphosphacyclododecin- ...名称: 2-amino-9-[(2R,3R,3aS,5R,7aR,9R,10R,10aS,12R,14aR)-9-(6-amino-9H-purin-9-yl)-3,5,10,12-tetrahydroxy-5,12-dioxidooctahydro-2H,7H-difuro[3,2-d:3',2'-j][1,3,7,9,2,8]tetraoxadiphosphacyclododecin-2-yl]-1,9-dihydro-6H-purin-6-one タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 6 / 式: 4BW
分子量	理論値: 674.411 Da
Chemical component information	ChemComp-4BW: 2-amino-9-[(2R,3R,3aS,5R,7aR,9R,10R,10aS,12R,14aR)-9-(6-amino-9H-purin-9-yl)-3,5,10,12-tetrahydroxy-5,12-dioxidooctahydro-2H,7H-difuro[3,2-d:3',2'-j][1,3,7,9,2,8]tetraoxadiphosphacyclododecin-2-yl]-1,9-dihydro-6H-purin-6-one

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構造解析

手法	クライオ電子顕微鏡法
解析	単粒子再構成法
試料の集合状態	particle

-
試料調製

緩衝液	pH: 8
凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡	TFS KRIOS
撮影	フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 1.39 e/Å²
電子線	加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系	照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 4.5 µm / 最小デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

CTF補正	タイプ: NONE
初期モデル	モデルのタイプ: NONE
最終再構成	解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 523579
初期角度割当	タイプ: OTHER
最終角度割当	タイプ: OTHER

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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分子 #1: CBASS cGAMP-activated phospholipase

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分子 #2: 2-amino-9-[(2R,3R,3aS,5R,7aR,9R,10R,10aS,12R,14aR)-9-(6-amino-9H-...

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