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万見
- EMDB-62318: Cryo-EM structure of linear intron of thymidylate synthase (td) g... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-62318
タイトルCryo-EM structure of linear intron of thymidylate synthase (td) gene of bacteriophage T4
マップデータCryo-EM structure of linear intron of thymidylate synthase (td) gene of bacteriophage T4 (unsharpen map)
試料
  • 複合体: Cryo-EM structure of linear intron of thymidylate synthase (td) gene of bacteriophage T4
    • RNA: RNA (267-MER)
  • リガンド: MAGNESIUM ION
キーワードT4 TD / Group I intron / cryo-EM / circular RNA / RNA
生物種Escherichia phage T4 (ファージ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.12 Å
データ登録者An L / Li S / Zhang K
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Other government
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Mechanistic Insights into Cyclization of the T4 td Group I Intron
著者: An L / Li S / Zhang K
履歴
登録2024年11月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年11月12日-
マップ公開2025年11月12日-
更新2025年11月12日-
現状2025年11月12日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_62318.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_62318.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 144.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryo-EM structure of linear intron of thymidylate synthase (td) gene of bacteriophage T4 (unsharpen map)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.82 Å/pix.
x 336 pix.
= 275.52 Å		0.82 Å/pix.
x 336 pix.
= 275.52 Å		0.82 Å/pix.
x 336 pix.
= 275.52 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.82 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.05
最小 - 最大-0.05798836 - 0.23702297
平均 (標準偏差)0.0002767359 (±0.005256192)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ336336336
Spacing336336336
セルA=B=C: 275.52 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: Cryo-EM structure of linear intron of thymidylate synthase...

ファイルemd_62318_additional_1.map
注釈Cryo-EM structure of linear intron of thymidylate synthase (td) gene of bacteriophage T4 (sharpen map)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Cryo-EM structure of linear intron of thymidylate synthase...

ファイルemd_62318_half_map_1.map
注釈Cryo-EM structure of linear intron of thymidylate synthase (td) gene of bacteriophage T4 (half map 2)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Cryo-EM structure of linear intron of thymidylate synthase...

ファイルemd_62318_half_map_2.map
注釈Cryo-EM structure of linear intron of thymidylate synthase (td) gene of bacteriophage T4 (half map 1)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Cryo-EM structure of linear intron of thymidylate synthase (td) g...

全体名称: Cryo-EM structure of linear intron of thymidylate synthase (td) gene of bacteriophage T4
要素
  • 複合体: Cryo-EM structure of linear intron of thymidylate synthase (td) gene of bacteriophage T4
    • RNA: RNA (267-MER)
  • リガンド: MAGNESIUM ION

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超分子 #1: Cryo-EM structure of linear intron of thymidylate synthase (td) g...

超分子名称: Cryo-EM structure of linear intron of thymidylate synthase (td) gene of bacteriophage T4
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Escherichia phage T4 (ファージ)
分子量理論値: 90 KDa

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分子 #1: RNA (267-MER)

分子名称: RNA (267-MER) / タイプ: rna / ID: 1 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Escherichia phage T4 (ファージ)
分子量理論値: 85.946688 KDa
配列文字列: GGUAAUUGAG GCCUGAGUAU AAGGUGACUU AUACUUGUAA UCUAUCUAAA CGGGGAACCU CUCUAGUAGA CAAUCCCGUG CUAAAUUGU AGGACUGCCC GGGUUCUACA UAAAUGCCUA ACGACUAUCC CUUUGGGGAG UAGGGUCAAG UGACUCGAAA C GAUAGACA ...文字列:
GGUAAUUGAG GCCUGAGUAU AAGGUGACUU AUACUUGUAA UCUAUCUAAA CGGGGAACCU CUCUAGUAGA CAAUCCCGUG CUAAAUUGU AGGACUGCCC GGGUUCUACA UAAAUGCCUA ACGACUAUCC CUUUGGGGAG UAGGGUCAAG UGACUCGAAA C GAUAGACA ACUUGCUUUA ACAAGUUGGA GAUAUAGUCU GCUCUGCAUG GUGACAUGCA GCUGGAUAUA AUUCCGGGGU AA GAUUAAC GACCUUAUCU GAACAUAAUG

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分子 #2: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 3 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 65.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.7 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.3 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 3514795
CTF補正タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.12 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.5.1) / 使用した粒子像数: 425460
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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