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- EMDB-62269: Structure of hTRPC3 in complex with Nb3-37 at 3.01 angstrom -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-62269
タイトルStructure of hTRPC3 in complex with Nb3-37 at 3.01 angstrom
マップデータ
試料
  • 複合体: TRPC3 tetramer combined with Nb3-37
    • タンパク質・ペプチド: Short transient receptor potential channel 3
    • タンパク質・ペプチド: Nb3-37
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: CALCIUM ION
  • リガンド: [(2~{S})-2-[(~{E})-octadec-9-enoyl]oxy-3-oxidanyl-propyl] octadec-9-enoate
キーワードTRPC3 / DAG / Nb3-37 / nanobody / METAL TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of cardiac muscle hypertrophy in response to stress / Role of second messengers in netrin-1 signaling / store-operated calcium channel activity / Effects of PIP2 hydrolysis / Elevation of cytosolic Ca2+ levels / inositol 1,4,5 trisphosphate binding / calcium-activated cation channel activity / cation channel complex / TRP channels / response to ATP ...positive regulation of cardiac muscle hypertrophy in response to stress / Role of second messengers in netrin-1 signaling / store-operated calcium channel activity / Effects of PIP2 hydrolysis / Elevation of cytosolic Ca2+ levels / inositol 1,4,5 trisphosphate binding / calcium-activated cation channel activity / cation channel complex / TRP channels / response to ATP / positive regulation of calcium ion transport into cytosol / phototransduction / regulation of cytosolic calcium ion concentration / single fertilization / MECP2 regulates neuronal receptors and channels / response to calcium ion / calcium ion transmembrane transport / calcium channel activity / calcium ion transport / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Transient receptor potential channel, canonical 3 / Transient receptor ion channel domain / Transient receptor ion channel II / Transient receptor ion channel II / Transient receptor potential channel, canonical / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily ...Transient receptor potential channel, canonical 3 / Transient receptor ion channel domain / Transient receptor ion channel II / Transient receptor ion channel II / Transient receptor potential channel, canonical / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Ion transport domain / Ion transport protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Short transient receptor potential channel 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Camelus (哺乳類)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.01 Å
データ登録者Chen L / Guo W / Chen Y / Zang J
資金援助 中国, 2件
OrganizationGrant number国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2022YFA1303000 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32225027 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of hTRPC3 in complex with Nb3-37 at 3.01 angstrom
著者: Chen L / Guo W / Chen Y / Zang J / Wei M
履歴
登録2024年11月3日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年10月8日-
マップ公開2025年10月8日-
更新2025年10月8日-
現状2025年10月8日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_62269.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_62269.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.07 Å/pix.
x 256 pix.
= 273.152 Å		1.07 Å/pix.
x 256 pix.
= 273.152 Å		1.07 Å/pix.
x 256 pix.
= 273.152 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.067 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.51
最小 - 最大-2.3905296 - 4.032609
平均 (標準偏差)0.0074534602 (±0.15385038)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 273.152 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_62269_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: #1

ファイルemd_62269_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_62269_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_62269_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : TRPC3 tetramer combined with Nb3-37

全体名称: TRPC3 tetramer combined with Nb3-37
要素
  • 複合体: TRPC3 tetramer combined with Nb3-37
    • タンパク質・ペプチド: Short transient receptor potential channel 3
    • タンパク質・ペプチド: Nb3-37
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: CALCIUM ION
  • リガンド: [(2~{S})-2-[(~{E})-octadec-9-enoyl]oxy-3-oxidanyl-propyl] octadec-9-enoate

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超分子 #1: TRPC3 tetramer combined with Nb3-37

超分子名称: TRPC3 tetramer combined with Nb3-37 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Short transient receptor potential channel 3

分子名称: Short transient receptor potential channel 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 105.662812 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MSTKVRKCKE QARVTFPAPE EEEDEGEDEG AEPQRRRRGW RGVNGGLEPR SAPSQREPHG YCPPPFSHGP DLSMEGSPSL RRMTVMREK GRRQAVRGPA FMFNDRGTSL TAEEERFLDA AEYGNIPVVR KMLEESKTLN VNCVDYMGQN ALQLAVGNEH L EVTELLLK ...文字列:
MSTKVRKCKE QARVTFPAPE EEEDEGEDEG AEPQRRRRGW RGVNGGLEPR SAPSQREPHG YCPPPFSHGP DLSMEGSPSL RRMTVMREK GRRQAVRGPA FMFNDRGTSL TAEEERFLDA AEYGNIPVVR KMLEESKTLN VNCVDYMGQN ALQLAVGNEH L EVTELLLK KENLARIGDA LLLAISKGYV RIVEAILNHP GFAASKRLTL SPCEQELQDD DFYAYDEDGT RFSPDITPII LA AHCQKYE VVHMLLMKGA RIERPHDYFC KCGDCMEKQR HDSFSHSRSR INAYKGLASP AYLSLSSEDP VLTALELSNE LAK LANIEK EFKNDYRKLS MQCKDFVVGV LDLCRDSEEV EAILNGDLES AEPLEVHRHK ASLSRVKLAI KYEVKKFVAH PNCQ QQLLT IWYENLSGLR EQTIAIKCLV VLVVALGLPF LAIGYWIAPC SRLGKILRSP FMKFVAHAAS FIIFLGLLVF NASDR FEGI TTLPNITVTD YPKQIFRVKT TQFTWTEMLI MVWVLGMMWS ECKELWLEGP REYILQLWNV LDFGMLSIFI AAFTAR FLA FLQATKAQQY VDSYVQESDL SEVTLPPEIQ YFTYARDKWL PSDPQIISEG LYAIAVVLSF SRIAYILPAN ESFGPLQ IS LGRTVKDIFK FMVLFIMVFF AFMIGMFILY SYYLGAKVNA AFTTVEESFK TLFWSIFGLS EVTSVVLKYD HKFIENIG Y VLYGIYNVTM VVVLLNMLIA MINSSYQEIE DDSDVEWKFA RSKLWLSYFD DGKTLPPPFS LVPSPKSFVY FIMRIVNFP KCRRRRLQKD IEMGMGNSKS RLNLFTQSNS RVFESHSFNS ILNQPTRYQQ IMKRLIKRYV LKAQVDKEND EVNEGELKEI KQDISSLRY ELLEDKSQAT EELAILIHKL SEKLNPSMLR CE

UniProtKB: Short transient receptor potential channel 3

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分子 #2: Nb3-37

分子名称: Nb3-37 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Camelus (哺乳類)
分子量理論値: 18.148906 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
GPEFQVQLQE SGGGSVQSGG SLRLSCAASG YTYSRSCLGW FRQAPGKERE RVATIDSDGS TSYADSVKGR FTISQDNAKN TLYLQMNSL KSEDTAMYYC ASKYGSRCQN SLGYMYRGQG TQVTVSSLEI EEQKLISEED LGSGPSRLEE ELRRRLTEHH H HHH

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分子 #3: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 2 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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分子 #4: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 12 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

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分子 #5: [(2~{S})-2-[(~{E})-octadec-9-enoyl]oxy-3-oxidanyl-propyl] octadec...

分子名称: [(2~{S})-2-[(~{E})-octadec-9-enoyl]oxy-3-oxidanyl-propyl] octadec-9-enoate
タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 4 / 式: A1L5I
分子量理論値: 620.986 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 70.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.01 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 116623
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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