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- EMDB-62247: Cryo-EM structure of docked mouse bestrophin-1 in a closed state -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-62247
タイトルCryo-EM structure of docked mouse bestrophin-1 in a closed state
マップデータ
試料
  • 複合体: Docked Pentameric structure of mouse bestrophin-1 in a closed state
    • タンパク質・ペプチド: Bestrophin-1,Soluble cytochrome b562
  • リガンド: CALCIUM ION
  • リガンド: CHLORIDE ION
キーワードDocked / closed / Calcium-bound / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


membrane microdomain / bicarbonate channel activity / transepithelial chloride transport / gamma-aminobutyric acid secretion, neurotransmission / ligand-gated channel activity / intracellularly calcium-gated chloride channel activity / detection of light stimulus involved in visual perception / Stimuli-sensing channels / glutamate secretion / chloride transport ...membrane microdomain / bicarbonate channel activity / transepithelial chloride transport / gamma-aminobutyric acid secretion, neurotransmission / ligand-gated channel activity / intracellularly calcium-gated chloride channel activity / detection of light stimulus involved in visual perception / Stimuli-sensing channels / glutamate secretion / chloride transport / chloride channel activity / protein complex oligomerization / regulation of calcium ion transport / chloride channel complex / electron transport chain / regulation of synaptic plasticity / presynapse / basolateral plasma membrane / periplasmic space / electron transfer activity / iron ion binding / heme binding / metal ion binding / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Bestrophin / Bestrophin/UPF0187 / Bestrophin, RFP-TM, chloride channel / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562
類似検索 - ドメイン・相同性
Bestrophin-1 / Soluble cytochrome b562
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ) / Escherichia coli (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.18 Å
データ登録者Lim HH / Kim KW / Ko A
資金援助 韓国, 2件
OrganizationGrant number国
National Research Foundation (NRF, Korea)2021R1A2C1004884 韓国
National Research Foundation (NRF, Korea)2020 M3E5D907 韓国
引用ジャーナル: Mol Cells / 年: 2025
タイトル: Cryo-EM structures of mouse bestrophin 1 channel in closed and partially open conformations.
著者: Kwon-Woo Kim / Euna Lee / Ara Ko / Junmo Hwang / Kunwoong Park / Byoung-Cheol Lee / Ki Woo Kim / Won-Jong Oh / Kyuhyung Kim / Hyun-Ho Lim /
要旨: Bestrophin 1 (BEST1) channels are calcium-activated Cl channels involved in diverse physiological processes, including gliotransmitter release in astrocytes. Although human and chicken BEST1 ...Bestrophin 1 (BEST1) channels are calcium-activated Cl channels involved in diverse physiological processes, including gliotransmitter release in astrocytes. Although human and chicken BEST1 orthologs have been extensively studied, the structural and functional properties of mouse BEST1 (mBEST1) remain poorly understood. In this study, we characterized the structure-function of mBEST1-BF, a C-terminally tagged variant, using whole-cell patch-clamp recordings, surface biotinylation assays, and single-particle cryo-electron microscopy. Cryo-electron microscopy structural analysis of mBEST1-BF revealed closed and partially open conformations. Comparative analysis with human and chicken BEST1 orthologs highlighted conserved calcium-binding and gating mechanisms, with distinct features in mBEST1, including a wider aperture sufficient to accommodate dehydrated Cl ions and potential anion-binding sites near Val205 and Gln208 residues. The disordered C-terminal region of mBEST1 remains unresolved, suggesting it may require stabilizing factors for structural determination. Additionally, the autoinhibitory domain, which includes Ser354, likely plays a key role in regulating gating, with Ser354 potentially serving as a phosphorylation site that modulates channel activity. Our findings provide structural and functional insights into mBEST1 and suggest mechanisms underlying its unique gating and ion permeation properties.
履歴
登録2024年11月1日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年3月19日-
マップ公開2025年3月19日-
更新2025年4月2日-
現状2025年4月2日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_62247.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_62247.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.87 Å/pix.
x 300 pix.
= 261. Å		0.87 Å/pix.
x 300 pix.
= 261. Å		0.87 Å/pix.
x 300 pix.
= 261. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.87 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.5
最小 - 最大-4.2373786 - 7.4385324
平均 (標準偏差)-0.00027612015 (±0.23992765)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 261.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_62247_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_62247_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Docked Pentameric structure of mouse bestrophin-1 in a closed state

全体名称: Docked Pentameric structure of mouse bestrophin-1 in a closed state
要素
  • 複合体: Docked Pentameric structure of mouse bestrophin-1 in a closed state
    • タンパク質・ペプチド: Bestrophin-1,Soluble cytochrome b562
  • リガンド: CALCIUM ION
  • リガンド: CHLORIDE ION

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超分子 #1: Docked Pentameric structure of mouse bestrophin-1 in a closed state

超分子名称: Docked Pentameric structure of mouse bestrophin-1 in a closed state
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)

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分子 #1: Bestrophin-1,Soluble cytochrome b562

分子名称: Bestrophin-1,Soluble cytochrome b562 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 79.285266 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MTITYTNKVA NARLGSFSSL LLCWRGSIYK LLYGEFLVFI FLYYSIRGLY RMVLSSDQQL LFEKLALYCD SYIQLIPISF VLGFYVTLV VSRWWSQYEN LPWPDRLMIQ VSSFVEGKDE EGRLLRRTLI RYAILGQVLI LRSISTSVYK RFPTLHHLVL A GFMTHGEH ...文字列:
MTITYTNKVA NARLGSFSSL LLCWRGSIYK LLYGEFLVFI FLYYSIRGLY RMVLSSDQQL LFEKLALYCD SYIQLIPISF VLGFYVTLV VSRWWSQYEN LPWPDRLMIQ VSSFVEGKDE EGRLLRRTLI RYAILGQVLI LRSISTSVYK RFPTLHHLVL A GFMTHGEH KQLQKLGLPH NTFWVPWVWF ANLSMKAYLG GRIRDTVLLQ SLMNEVCTLR TQCGQLYAYD WISIPLVYTQ VV TVAVYSF FLACLIGRQF LNPNKDYPGH EMDLVVPVFT ILQFLFYMGW LKVAEQLINP FGEDDDDFET NWIIDRNLQV SLL SVDGMH QNLPPMERDM YWNEAAPQPP YTAASARSRR HSFMGSTFNI SLKKEDLELW SKEEADTDKK ESGYSSTIGC FLGL QPKNY HLPLKDLKTK LLCSKNPLLE GQCKDANQKN QKDVWKFKGL DFLKCVPRFK RRGSHCGPQA PSSHPTEQSA PSSSD TGDG PSTDYQEICH MKKKTVEFNL NIPESPTEHL QQRRLDQMST NIQALMKEHA ESYPYRDEAG TKPVLYETGL EVLFQG PAD LEDNWETLND NLKVIEKADN AAQVKDALTK MRAAALDAQK ATPPKLEDKS PDSPEMKDFR HGFDILVGQI DDALKLA NE GKVKEAQAAA EQLKTTRNAY IQKYLDYKDH DGDYKDHDID YKDDDDK

UniProtKB: Bestrophin-1, Soluble cytochrome b562

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分子 #2: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 5 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

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分子 #3: CHLORIDE ION

分子名称: CHLORIDE ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 10 / 式: CL
分子量理論値: 35.453 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS GLACIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.75 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.18 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 39144
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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