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- EMDB-6220: Electron cryo-tomography of lemon-shaped virus His1 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-6220
タイトルElectron cryo-tomography of lemon-shaped virus His1
マップデータAll-vs-all subtomogram average of lemon-shaped virus His1
試料
  • 試料: Lemon-shaped archaeal virus His1
  • ウイルス: Lemon-shaped archaeal virus His1
キーワードLemon-shaped Virus / Tail Organization / Electron Cryo-Tomography / Subtomogram averaging / Dissociation
生物種Lemon-shaped archaeal virus His1
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Hong C / Pietila MK / Fu C / Schmid MF / Bamford DH / Chiu W
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2015
タイトル: Lemon-shaped halo archaeal virus His1 with uniform tail but variable capsid structure.
著者: Chuan Hong / Maija K Pietilä / Caroline J Fu / Michael F Schmid / Dennis H Bamford / Wah Chiu /
要旨: Lemon-shaped viruses are common in nature but so far have been observed to infect only archaea. Due to their unusual shape, the structures of these viruses are challenging to study and therefore ...Lemon-shaped viruses are common in nature but so far have been observed to infect only archaea. Due to their unusual shape, the structures of these viruses are challenging to study and therefore poorly characterized. Here, we have studied haloarchaeal virus His1 using cryo-electron tomography as well as biochemical dissociation. The virions have different sizes, but prove to be extremely stable under various biochemical treatments. Subtomogram averaging of the computationally extracted virions resolved a tail-like structure with a central tail hub density and six tail spikes. Inside the tail there are two cavities and a plug density that separates the tail hub from the interior genome. His1 most likely uses the tail spikes to anchor to host cells and the tail hub to eject the genome, analogous to classic tailed bacteriophages. Upon biochemical treatment that releases the genome, the lemon-shaped virion transforms into an empty tube. Such a dramatic transformation demonstrates that the capsid proteins are capable of undergoing substantial quaternary structural changes, which may occur at different stages of the virus life cycle.
履歴
登録2014年12月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2015年2月11日-
マップ公開2015年2月11日-
更新2015年8月26日-
現状2015年8月26日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1.47
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 1.47
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

400_6220.gif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_6220.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 122.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈All-vs-all subtomogram average of lemon-shaped virus His1
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
4.52 Å/pix.
x 320 pix.
= 1446.4 Å		4.52 Å/pix.
x 320 pix.
= 1446.4 Å		4.52 Å/pix.
x 320 pix.
= 1446.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 4.52 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1.47 / ムービー #1: 1.47
最小 - 最大-5.90298653 - 9.094188689999999
平均 (標準偏差)0.00141114 (±0.66922188)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-160-160-160
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 1446.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z4.524.524.52
M x/y/z320320320
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z1446.4001446.4001446.400
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-160-160-160
NC/NR/NS320320320
D min/max/mean-5.9039.0940.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Lemon-shaped archaeal virus His1

全体名称: Lemon-shaped archaeal virus His1
要素
  • 試料: Lemon-shaped archaeal virus His1
  • ウイルス: Lemon-shaped archaeal virus His1

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超分子 #1000: Lemon-shaped archaeal virus His1

超分子名称: Lemon-shaped archaeal virus His1 / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 1

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超分子 #1: Lemon-shaped archaeal virus His1

超分子名称: Lemon-shaped archaeal virus His1 / タイプ: virus / ID: 1 / 生物種: Lemon-shaped archaeal virus His1 / データベース: NCBI / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Haloarcula hispanica (好塩性) / 別称: ARCHAEA
ウイルス殻Shell ID: 1 / 直径: 400 Å

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.2
詳細: 50 mM NaCl, 3.5 mM MgCl2, 1 mM KCl, 0.1 mM CaCl2, 50 mM Tris-HCl, pH 7.2
グリッド詳細: 200 mesh Quantifoil grids, glow discharged for 15 seconds
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 93 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III / 手法: Blot for 2 seconds

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 2200FS
温度最低: 80 K / 最高: 93 K / 平均: 90 K
アライメント法Legacy - 非点収差: Corrected at 100,000x magnification
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: Omega JEOL
エネルギーフィルター - エネルギー下限: 0.0 eV
エネルギーフィルター - エネルギー上限: 20.0 eV
日付2012年6月1日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
デジタル化 - サンプリング間隔: 15 µm / 実像数: 100 / 平均電子線量: 100 e/Å2 / カメラ長: 150
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 33186 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 5.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 倍率（公称値）: 25000
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN / Tilt series - Axis1 - Min angle: -65 ° / Tilt series - Axis1 - Max angle: 65 °

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画像解析

詳細All-vs-all classification
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / ソフトウェア - 名称: IMOD, EMAN, EMAN2, tomohunter / 使用したサブトモグラム数: 30

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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