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- EMDB-62194: Cryo-EM structure of MjHKU4r-CoV-1 receptor-binding domain comple... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-62194
タイトルCryo-EM structure of MjHKU4r-CoV-1 receptor-binding domain complexed with human CD26
マップデータ
試料
  • 複合体: Cryo-EM structure of MjHKU4r-CoV-1 receptor-binding domain complexed with human CD26
    • タンパク質・ペプチド: Dipeptidyl peptidase 4 soluble form
    • タンパク質・ペプチド: Spike protein S1
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードComplex / VIRAL PROTEIN/HYDROLASE / VIRAL PROTEIN-HYDROLASE complex
機能・相同性
機能・相同性情報


glucagon processing / negative regulation of neutrophil chemotaxis / regulation of cell-cell adhesion mediated by integrin / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucose-dependent Insulinotropic Polypeptide (GIP) / negative regulation of extracellular matrix disassembly / dipeptidyl-peptidase IV / chemorepellent activity / psychomotor behavior / intercellular canaliculus / dipeptidyl-peptidase activity ...glucagon processing / negative regulation of neutrophil chemotaxis / regulation of cell-cell adhesion mediated by integrin / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucose-dependent Insulinotropic Polypeptide (GIP) / negative regulation of extracellular matrix disassembly / dipeptidyl-peptidase IV / chemorepellent activity / psychomotor behavior / intercellular canaliculus / dipeptidyl-peptidase activity / peptide hormone processing / locomotory exploration behavior / lamellipodium membrane / endocytic vesicle / aminopeptidase activity / endothelial cell migration / behavioral fear response / T cell costimulation / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / serine-type peptidase activity / T cell activation / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / lamellipodium / virus receptor activity / protease binding / membrane fusion / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / response to hypoxia / receptor-mediated virion attachment to host cell / cell adhesion / apical plasma membrane / membrane raft / endocytosis involved in viral entry into host cell / signaling receptor binding / lysosomal membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / serine-type endopeptidase activity / focal adhesion / fusion of virus membrane with host endosome membrane / positive regulation of cell population proliferation / viral envelope / symbiont entry into host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / cell surface / protein homodimerization activity / proteolysis / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, MERS-CoV-like / Prolyl endopeptidase family serine active site. / : / Peptidase S9, serine active site / Dipeptidylpeptidase IV, N-terminal domain / Dipeptidyl peptidase IV (DPP IV) N-terminal region / Peptidase S9, prolyl oligopeptidase, catalytic domain / Prolyl oligopeptidase family / Spike glycoprotein S2, coronavirus, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S2, intravirion ...Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, MERS-CoV-like / Prolyl endopeptidase family serine active site. / : / Peptidase S9, serine active site / Dipeptidylpeptidase IV, N-terminal domain / Dipeptidyl peptidase IV (DPP IV) N-terminal region / Peptidase S9, prolyl oligopeptidase, catalytic domain / Prolyl oligopeptidase family / Spike glycoprotein S2, coronavirus, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S2, intravirion / Alpha/Beta hydrolase fold / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2
類似検索 - ドメイン・相同性
Spike glycoprotein / Dipeptidyl peptidase 4
類似検索 - 構成要素
生物種Mammalia (両生類) / Homo sapiens (ヒト) / Tylonycteris bat coronavirus HKU4 (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.61 Å
データ登録者Sun JQ / Han P
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
Chinese Academy of SciencesXDB29010202 中国
引用ジャーナル: Hlife / 年: 2025
タイトル: Rational design of human CD26 receptor for a strong neutralizing ability against MjHKU4r-CoV-1 and MERS-CoV
著者: Zhang Y / Tian M / Han Y / Sun J / Li W / Bai C / Su C / Han P
履歴
登録2024年10月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年9月3日-
マップ公開2025年9月3日-
更新2025年9月3日-
現状2025年9月3日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_62194.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_62194.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 325 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.69 Å/pix.
x 440 pix.
= 303.6 Å		0.69 Å/pix.
x 440 pix.
= 303.6 Å		0.69 Å/pix.
x 440 pix.
= 303.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.69 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.101
最小 - 最大-0.27722237 - 0.8024277
平均 (標準偏差)-0.0016097032 (±0.023236003)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ440440440
Spacing440440440
セルA=B=C: 303.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_62194_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_62194_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Cryo-EM structure of MjHKU4r-CoV-1 receptor-binding domain comple...

全体名称: Cryo-EM structure of MjHKU4r-CoV-1 receptor-binding domain complexed with human CD26
要素
  • 複合体: Cryo-EM structure of MjHKU4r-CoV-1 receptor-binding domain complexed with human CD26
    • タンパク質・ペプチド: Dipeptidyl peptidase 4 soluble form
    • タンパク質・ペプチド: Spike protein S1
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: Cryo-EM structure of MjHKU4r-CoV-1 receptor-binding domain comple...

超分子名称: Cryo-EM structure of MjHKU4r-CoV-1 receptor-binding domain complexed with human CD26
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Mammalia (両生類)

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分子 #1: Dipeptidyl peptidase 4 soluble form

分子名称: Dipeptidyl peptidase 4 soluble form / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 88.445375 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MGILPSPGMP ALLSLVSLLS VLLMGCVAET GTSRKTYTLT DYLKNTYRLK LYSLRWISDH EYLYKQENNI LVFNAEYGNS SVFLENSTF DEFGHSINDY SISPDGQFIL LEYNYVKQWR HSYTASYDIY DLNKRQLITE ERIPNNTQWV TWSPVGHKLA Y VWNNDIYV ...文字列:
MGILPSPGMP ALLSLVSLLS VLLMGCVAET GTSRKTYTLT DYLKNTYRLK LYSLRWISDH EYLYKQENNI LVFNAEYGNS SVFLENSTF DEFGHSINDY SISPDGQFIL LEYNYVKQWR HSYTASYDIY DLNKRQLITE ERIPNNTQWV TWSPVGHKLA Y VWNNDIYV KIEPNLPSYR ITWTGKEDII YNGITDWVYE EEVFSAYSAL WWSPNGTFLA YAQFNDTEVP LIEYSFYSDE SL QYPKTVR VPYPKAGAVN PTVKFFVVNT DSLSSVTNAT SIQITAPASM LIGDHYLCDV TWATQERISL QWLRRIQNYS VMD ICDYDE SSGRWNCLVA RQHIEMSTTG WVGRFRPSEP HFTLDGNSFY KIISNEEGYR HICYFQIDKK DCTFITKGTW EVIG IEALT SDYLYYISNE YKGMPGGRNL YKIQLSDYTK VTCLSCELNP ERCQYYSVSF SKEAKYYQLR CSGPGLPLYT LHSSV NDKG LRVLEDNSAL DKMLQNVQMP SKKLDFIILN ETKFWYQMIL PPHFDKSKKY PLLLDVYAGP CSQKADTVFR LNWATY LAS TENIIVASFD GRGSGYQGDK IMHAINRRLG TFEVEDQIEA ARQFSKMGFV DNKRIAIWGW SYGGYVTSMV LGSGSGV FK CGIAVAPVSR WEYYDSVYTE RYMGLPTPED NLDHYRNSTV MSRAENFKQV EYLLIHGTAD DNVHFQQSAQ ISKALVDV G VDFQAMWYTD EDHGIASSTA HQHIYTHMSH FIKQCFSLPH HHHHH

UniProtKB: Dipeptidyl peptidase 4

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分子 #2: Spike protein S1

分子名称: Spike protein S1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2
詳細: Sequence reference for strain 'Tylonycteris bat coronavirus HKU4' is not available in UniProt at the time of biocuration. Current sequence reference is from UniProt id A0AAE8ZFM2.
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Tylonycteris bat coronavirus HKU4 (ウイルス)
分子量理論値: 25.60725 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MHSSALLCCL VLLTGVRAKE CDFTPMLVGV PPQVYNFKRL VFTNCNYNLT KLLSLFMVNE FSCNGISPDA IARGCYSSLT VDYFAYPLS MRSYIQPGSA GDISLYNYKQ SFANPTCRVL ATAPANLTLT KPSAYGYFQK CSRVSGEHNS VETPLYINPG E YSICRSFS ...文字列:
MHSSALLCCL VLLTGVRAKE CDFTPMLVGV PPQVYNFKRL VFTNCNYNLT KLLSLFMVNE FSCNGISPDA IARGCYSSLT VDYFAYPLS MRSYIQPGSA GDISLYNYKQ SFANPTCRVL ATAPANLTLT KPSAYGYFQK CSRVSGEHNS VETPLYINPG E YSICRSFS PYGFSEDGEV FRRQLTQYEG GGILVGVGAK LAMTDKLEMG FIISVQYGTD TNSVCPMHHH HHH

UniProtKB: Spike glycoprotein

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分子 #6: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 10 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.61 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 237919
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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