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- EMDB-62185: Cryo-EM structure of human signal peptide peptidase like 2A (SPPL2a) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-62185
タイトルCryo-EM structure of human signal peptide peptidase like 2A (SPPL2a)
マップデータ
試料
  • 細胞器官・細胞要素: human signal peptide peptidase like 2A (SPPL2a)
    • タンパク質・ペプチド: Signal peptide peptidase-like 2A
  • リガンド: 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE
キーワードIntramembrane protease / signal peptide peptidase / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


aspartic endopeptidase activity, intramembrane cleaving / membrane protein proteolysis / membrane protein intracellular domain proteolysis / Golgi-associated vesicle membrane / regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アスパラギン酸プロテアーゼ / cytoplasmic side of endoplasmic reticulum membrane / membrane protein ectodomain proteolysis / regulation of immune response / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane ...aspartic endopeptidase activity, intramembrane cleaving / membrane protein proteolysis / membrane protein intracellular domain proteolysis / Golgi-associated vesicle membrane / regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アスパラギン酸プロテアーゼ / cytoplasmic side of endoplasmic reticulum membrane / membrane protein ectodomain proteolysis / regulation of immune response / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / Regulation of TNFR1 signaling / late endosome membrane / late endosome / lysosomal membrane / intracellular membrane-bounded organelle / protein homodimerization activity / extracellular exosome / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Peptidase A22B, signal peptide peptidase / Signal peptide peptidase / Presenilin/signal peptide peptidase / Presenilin, signal peptide peptidase, family / PA domain superfamily / PA domain / PA domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Signal peptide peptidase-like 2A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Zhou R / Huang G / Guo X / Wang J / Ge X / Shi Y
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Basic Research Program of China (973 Program)2020YFA0509300 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural insights into human signal peptide peptidase
著者: Zhou R / Huang G / Guo X / Wang J / Ge X / Shi Y
履歴
登録2024年10月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年10月29日-
マップ公開2025年10月29日-
更新2025年10月29日-
現状2025年10月29日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_62185.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_62185.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 27 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.08 Å/pix.
x 192 pix.
= 207.84 Å		1.08 Å/pix.
x 192 pix.
= 207.84 Å		1.08 Å/pix.
x 192 pix.
= 207.84 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.0825 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.651
最小 - 最大-6.7538085 - 8.835293999999999
平均 (標準偏差)-0.00044833083 (±0.13583878)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ192192192
Spacing192192192
セルA=B=C: 207.84 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_62185_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_62185_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : human signal peptide peptidase like 2A (SPPL2a)

全体名称: human signal peptide peptidase like 2A (SPPL2a)
要素
  • 細胞器官・細胞要素: human signal peptide peptidase like 2A (SPPL2a)
    • タンパク質・ペプチド: Signal peptide peptidase-like 2A
  • リガンド: 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE

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超分子 #1: human signal peptide peptidase like 2A (SPPL2a)

超分子名称: human signal peptide peptidase like 2A (SPPL2a) / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Signal peptide peptidase-like 2A

分子名称: Signal peptide peptidase-like 2A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アスパラギン酸プロテアーゼ
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 58.189816 KDa
組換発現生物種: Insect expression vector pBlueBachsGCA1 (その他)
配列文字列: MGPQRRLSPA GAALLWGFLL QLTAAQEAIL HASGNGTTKD YCMLYNPYWT ALPSTLENAT SISLMNLTST PLCNLSDIPP VGIKSKAVV VPWGSCHFLE KARIAQKGGA EAMLVVNNSV LFPPSGNRSE FPDVKILIAF ISYKDFRDMN QTLGDNITVK M YSPSWPNF ...文字列:
MGPQRRLSPA GAALLWGFLL QLTAAQEAIL HASGNGTTKD YCMLYNPYWT ALPSTLENAT SISLMNLTST PLCNLSDIPP VGIKSKAVV VPWGSCHFLE KARIAQKGGA EAMLVVNNSV LFPPSGNRSE FPDVKILIAF ISYKDFRDMN QTLGDNITVK M YSPSWPNF DYTMVVIFVI AVFTVALGGY WSGLVELENL KAVTTEDREM RKKKEEYLTF SPLTVVIFVV ICCVMMVLLY FF YKWLVYV MIAIFCIASA MSLYNCLAAL IHKIPYGQCT IACRGKNMEV RLIFLSGLCI AVAVVWAVFR NEDRWAWILQ DIL GIAFCL NLIKTLKLPN FKSCVILLGL LLLYDVFFVF ITPFITKNGE SIMVELAAGP FGNNEKLPVV IRVPKLIYFS VMSV CLMPV SILGFGDIIV PGLLIAYCRR FDVQTGSSYI YYVSSTVAYA IGMILTFVVL VLMKKGQPAL LYLVPCTLIT ASVVA WRRK EMKKFWKGNS YQMMDHLDCA TNEENPVISG EQIVQQ

UniProtKB: Signal peptide peptidase-like 2A

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分子 #2: 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE

分子名称: 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 1 / 式: PC1
分子量理論値: 790.145 Da
Chemical component information

ChemComp-PC1:
1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / リン脂質*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度10 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 345338
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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