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- EMDB-62060: Cryo-EM structure of the human TRPC1/C5 heteromer -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-62060
タイトルCryo-EM structure of the human TRPC1/C5 heteromer
マップデータ
試料
  • 複合体: Cryo-EM structure of the human TRPC1/C5 heteromer
    • タンパク質・ペプチド: Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Short transient receptor potential channel 5
    • タンパク質・ペプチド: Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Short transient receptor potential channel 1,Extended tegument protein pp150
  • リガンド: CALCIUM ION
  • リガンド: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE
  • リガンド: (2S)-2-(hexadecanoyloxy)-3-hydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate
キーワードShort transient receptor potential channel 1 / Short transient receptor potential channel 5 / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of membrane hyperpolarization / phosphatidylserine exposure on apoptotic cell surface / negative regulation of dendrite morphogenesis / Role of second messengers in netrin-1 signaling / store-operated calcium channel activity / viral tegument / melanin biosynthetic process / TRP channels / inositol 1,4,5 trisphosphate binding / cation channel complex ...regulation of membrane hyperpolarization / phosphatidylserine exposure on apoptotic cell surface / negative regulation of dendrite morphogenesis / Role of second messengers in netrin-1 signaling / store-operated calcium channel activity / viral tegument / melanin biosynthetic process / TRP channels / inositol 1,4,5 trisphosphate binding / cation channel complex / actinin binding / TRP channels / clathrin binding / detection of maltose stimulus / maltose transport complex / carbohydrate transport / carbohydrate transmembrane transporter activity / maltose binding / regulation of cardiac conduction / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / regulation of cytosolic calcium ion concentration / positive regulation of axon extension / monoatomic cation channel activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / Ion homeostasis / calcium channel complex / positive regulation of neuron differentiation / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / positive regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / bioluminescence / cell chemotaxis / generation of precursor metabolites and energy / response to calcium ion / calcium ion transmembrane transport / calcium channel activity / neuron differentiation / calcium ion transport / presynapse / outer membrane-bounded periplasmic space / actin binding / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / growth cone / ATPase binding / neuron apoptotic process / transmembrane transporter binding / periplasmic space / receptor complex / signaling receptor binding / neuronal cell body / positive regulation of cell population proliferation / dendrite / DNA damage response / structural molecule activity / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Transient receptor potential channel, canonical 1 / Herpesvirus UL11/UL32 / Herpesvirus large structural phosphoprotein UL32 / Transient receptor potential channel, canonical 5 / Transient receptor ion channel domain / Transient receptor ion channel II / Transient receptor ion channel II / Transient receptor potential channel, canonical / Maltose/Cyclodextrin ABC transporter, substrate-binding protein / Solute-binding family 1, conserved site ...Transient receptor potential channel, canonical 1 / Herpesvirus UL11/UL32 / Herpesvirus large structural phosphoprotein UL32 / Transient receptor potential channel, canonical 5 / Transient receptor ion channel domain / Transient receptor ion channel II / Transient receptor ion channel II / Transient receptor potential channel, canonical / Maltose/Cyclodextrin ABC transporter, substrate-binding protein / Solute-binding family 1, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 1 signature. / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / Green fluorescent protein, GFP / Ankyrin repeat / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / Ankyrin repeats (3 copies) / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Ion transport domain / Ion transport protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Extended tegument protein pp150 / Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein / Short transient receptor potential channel 1 / Short transient receptor potential channel 5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Mus musculus (ハツカネズミ) / Human betaherpesvirus 5 (ヘルペスウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.84 Å
データ登録者Chen YX / Cheng XY / Zhang J
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM structure of the human TRPC1/C5 heteromer
著者: Chen YX / Cheng XY
履歴
登録2024年10月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年10月22日-
マップ公開2025年10月22日-
更新2025年10月22日-
現状2025年10月22日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_62060.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_62060.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 400 pix.
= 332. Å		0.83 Å/pix.
x 400 pix.
= 332. Å		0.83 Å/pix.
x 400 pix.
= 332. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.83 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.08
最小 - 最大-0.25724438 - 0.51554954
平均 (標準偏差)0.00023097346 (±0.012855191)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 332.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_62060_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_62060_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Cryo-EM structure of the human TRPC1/C5 heteromer

全体名称: Cryo-EM structure of the human TRPC1/C5 heteromer
要素
  • 複合体: Cryo-EM structure of the human TRPC1/C5 heteromer
    • タンパク質・ペプチド: Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Short transient receptor potential channel 5
    • タンパク質・ペプチド: Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Short transient receptor potential channel 1,Extended tegument protein pp150
  • リガンド: CALCIUM ION
  • リガンド: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE
  • リガンド: (2S)-2-(hexadecanoyloxy)-3-hydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate

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超分子 #1: Cryo-EM structure of the human TRPC1/C5 heteromer

超分子名称: Cryo-EM structure of the human TRPC1/C5 heteromer / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Short transient ...

分子名称: Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Short transient receptor potential channel 5
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: Flag-Flag-Flag-MBP-mTRPC5 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 136.984219 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MGSAGDYKDH DGDYKDHDID YKDDDDKGSA AAMGSSHHHH HHGSSMKIEE GKLVIWINGD KGYNGLAEVG KKFEKDTGIK VTVEHPDKL EEKFPQVAAT GDGPDIIFWA HDRFGGYAQS GLLAEITPDK AFQDKLYPFT WDAVRYNGKL IAYPIAVEAL S LIYNKDLL ...文字列:
MGSAGDYKDH DGDYKDHDID YKDDDDKGSA AAMGSSHHHH HHGSSMKIEE GKLVIWINGD KGYNGLAEVG KKFEKDTGIK VTVEHPDKL EEKFPQVAAT GDGPDIIFWA HDRFGGYAQS GLLAEITPDK AFQDKLYPFT WDAVRYNGKL IAYPIAVEAL S LIYNKDLL PNPPKTWEEI PALDKELKAK GKSALMFNLQ EPYFTWPLIA ADGGYAFKYE NGKYDIKDVG VDNAGAKAGL TF LVDLIKN KHMNADTDYS IAEAAFNKGE TAMTINGPWA WSNIDTSKVN YGVTVLPTFK GQPSKPFVGV LSAGINAASP NKE LAKEFL ENYLLTDEGL EAVNKDKPLG AVALKSYEEE LAKDPRIAAT MENAQKGEIM PNIPQMSAFW YAVRTAVINA ASGR QTVDE ALKDAQTNSS SNNNNNNNNN NLGIELEVLF QGPMAQLYYK KVNYSPYRDR IPLQIVRAET ELSAEEKAFL SAVEK GDYA TVKQALQEAE IYYNVNINCM DPLGRSALLI AIENENLEIM ELLLNHSVYV GDALLYAIRK EVVGAVELLL SYRKPS GEK QVPTLMMDTQ FSEFTPDITP IMLAAHTNNY EIIKLLVQKR VTIPRPHQIR CNCVECVSSS EVDSLRHSRS RLNIYKA LA SPSLIALSSE DPILTAFRLG WELKELSKVE NEFKAEYEEL SQQCKLFAKD LLDQARSSRE LEIILNHRDD HSEELDPQ K YHDLAKLKVA IKYHQKEFVA QPNCQQLLAT LWYDGFPGWR RKHWVVKLLT CMTIGFLFPM LSIAYLISPR SNLGLFIKK PFIKFICHTA SYLTFLFMLL LASQHIVRTD LHVQGPPPTV VEWMILPWVL GFIWGEIKEM WDGGFTEYIH DWWNLMDFAM NSLYLATIS LKIVAYVKYN GSRPREEWEM WHPTLIAEAL FAISNILSSL RLISLFTANS HLGPLQISLG RMLLDILKFL F IYCLVLLA FANGLNQLYF YYETRAIDEP NNCKGIRCEK QNNAFSTLFE TLQSLFWSVF GLLNLYVTNV KARHEFTEFV GA TMFGTYN VISLVVLLNM LIAMMNNSYQ LIADHADIEW KFARTKLWMS YFDEGGTLPP PFNIIPSPKS FLYLGNWFNN TFC PKRDPD GRRRRHNLRS FTERHADSLI QNQHYQEVIR NLVKRYVAAM IRNSKTNEGL TEENFKELKQ DISSFRYEVL DLLG NRK

UniProtKB: Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein, Short transient receptor potential channel 5

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分子 #2: Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Short transient ...

分子名称: Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Short transient receptor potential channel 1,Extended tegument protein pp150
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 詳細: MBP-hTRPC1-GFP-Strep-Strep / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human betaherpesvirus 5 (ヘルペスウイルス)
分子量理論値: 168.800609 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: ATMGMGSSHH HHHHGSSMKI EEGKLVIWIN GDKGYNGLAE VGKKFEKDTG IKVTVEHPDK LEEKFPQVAA TGDGPDIIFW AHDRFGGYA QSGLLAEITP DKAFQDKLYP FTWDAVRYNG KLIAYPIAVE ALSLIYNKDL LPNPPKTWEE IPALDKELKA K GKSALMFN ...文字列:
ATMGMGSSHH HHHHGSSMKI EEGKLVIWIN GDKGYNGLAE VGKKFEKDTG IKVTVEHPDK LEEKFPQVAA TGDGPDIIFW AHDRFGGYA QSGLLAEITP DKAFQDKLYP FTWDAVRYNG KLIAYPIAVE ALSLIYNKDL LPNPPKTWEE IPALDKELKA K GKSALMFN LQEPYFTWPL IAADGGYAFK YENGKYDIKD VGVDNAGAKA GLTFLVDLIK NKHMNADTDY SIAEAAFNKG ET AMTINGP WAWSNIDTSK VNYGVTVLPT FKGQPSKPFV GVLSAGINAA SPNKELAKEF LENYLLTDEG LEAVNKDKPL GAV ALKSYE EELAKDPRIA ATMENAQKGE IMPNIPQMSA FWYAVRTAVI NAASGRQTVD EALKDAQTNS SSNNNNNNNN NNLG IELEV LFQGPMMAAL YPSTDLSGAS SSSLPSSPSS SSPNEVMALK DVREVKEENT LNEKLFLLAC DKGDYYMVKK ILEEN SSGD LNINCVDVLG RNAVTITIEN ENLDILQLLL DYGCQSADAL LVAIDSEVVG AVDILLNHRP KRSSRPTIVK LMERIQ NPE YSTTMDVAPV ILAAHRNNYE ILTMLLKQDV SLPKPHAVGC ECTLCSAKNK KDSLRHSRFR LDIYRCLASP ALIMLTE ED PILRAFELSA DLKELSLVEV EFRNDYEELA RQCKMFAKDL LAQARNSREL EVILNHTSSD EPLDKRGLLE ERMNLSRL K LAIKYNQKEF VSQSNCQQFL NTVWFGQMSG YRRKPTCKKI MTVLTVGIFW PVLSLCYLIA PKSQFGRIIH TPFMKFIIH GASYFTFLLL LNLYSLVYNE DKKNTMGPAL ERIDYLLILW IIGMIWSDIK RLWYEGLEDF LEESRNQLSF VMNSLYLATF ALKVVAHNK FHDFADRKDW DAFHPTLVAE GLFAFANVLS YLRLFFMYTT SSILGPLQIS MGQMLQDFGK FLGMFLLVLF S FTIGLTQL YDKGYTSKEQ KDCVGIFCEQ QSNDTFHSFI GTCFALFWYI FSLAHVAIFV TRFSYGEELQ SFVGAVIVGT YN VVVVIVL TKLLVAMLHK SFQLIANHED KEWKFARAKL WLSYFDDKCT LPPPFNIIPS PKTICYMISS LSKWICSHTS KGK VKRQNS LKEWRNLKQK RDENYQKVMC CLVHRYLTSM RQKMQSTDQA TVENLNELRQ DLSKFRNEIR DLLGFRTSKY AMFY PRNGG GSGGGSGGGS ENLYFQGGSA GSAMVSKGEE LFTGVVPILV ELDGDVNGHK FSVSGEGEGD ATYGKLTLKF ICTTG KLPV PWPTLVTTLT YGVQCFSRYP DHMKQHDFFK SAMPEGYVQE RTIFFKDDGN YKTRAEVKFE GDTLVNRIEL KGIDFK EDG NILGHKLEYN YNSHNVYIMA DKQKNGIKVN FKIRHNIEDG SVQLADHYQQ NTPIGDGPVL LPDNHYLSTQ SALSKDP NE KRDHMVLLEF VTAAGITLGM DELYKGSAGS AGSAWSHPQF EKGGGSGGGS GGGSWSHPQF EK

UniProtKB: Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein, Short transient receptor potential channel 1, Extended tegument protein pp150

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分子 #3: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 3 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

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分子 #4: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE

分子名称: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 3 / 式: Y01
分子量理論値: 486.726 Da
Chemical component information

ChemComp-Y01:
CHOLESTEROL HEMISUCCINATE

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分子 #5: (2S)-2-(hexadecanoyloxy)-3-hydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate

分子名称: (2S)-2-(hexadecanoyloxy)-3-hydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate
タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 4 / 式: YZY
分子量理論値: 594.949 Da
Chemical component information

ChemComp-YZY:
(2S)-2-(hexadecanoyloxy)-3-hydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F30
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 54.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: 4D-STEM / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.84 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 143788
初期 角度割当タイプ: OTHER
最終 角度割当タイプ: OTHER

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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