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万見
- EMDB-62042: Cryo-EM structure of Arabidopsis thaliana H2A.Z-nucleosome with 1... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-62042
タイトルCryo-EM structure of Arabidopsis thaliana H2A.Z-nucleosome with 147bp Widom 601 DNA (C2 symmetry)
マップデータmap
試料
  • 複合体: Arabidopsis thaliana H2A.Z-nucleosome with 147bp Widom 601 DNA
    • タンパク質・ペプチド: Histone H3.1
    • タンパク質・ペプチド: Histone H4
    • タンパク質・ペプチド: Probable histone H2A variant 3
    • タンパク質・ペプチド: Histone H2B.1
    • DNA: Widom 601 DNA (147-MER)
    • DNA: Widom 601 DNA (147-MER)
キーワードnucleosome / histone / H2A.Z / Arabidopsis / NUCLEAR PROTEIN/DNA / NUCLEAR PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


chromocenter / thylakoid / response to water deprivation / plasmodesma / plant-type vacuole / plastid / response to temperature stimulus / chloroplast / structural constituent of chromatin / nucleosome ...chromocenter / thylakoid / response to water deprivation / plasmodesma / plant-type vacuole / plastid / response to temperature stimulus / chloroplast / structural constituent of chromatin / nucleosome / peroxisome / regulation of gene expression / protein heterodimerization activity / nucleolus / DNA binding / extracellular region / nucleus / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Histone H2B signature. / Histone H2B / Histone H2B / Histone H2A conserved site / Histone H2A signature. / Histone H2A, C-terminal domain / C-terminus of histone H2A / Histone H2A / Histone 2A ...: / Histone H2B signature. / Histone H2B / Histone H2B / Histone H2A conserved site / Histone H2A signature. / Histone H2A, C-terminal domain / C-terminus of histone H2A / Histone H2A / Histone 2A / Histone H4, conserved site / Histone H4 signature. / Histone H4 / Histone H4 / CENP-T/Histone H4, histone fold / Centromere kinetochore component CENP-T histone fold / Histone H3 signature 1. / Histone H3 signature 2. / Histone H3 / Histone H3/CENP-A / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / Histone-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Histone H3.1 / Histone H4 / Probable histone H2A variant 3 / Histone H2B.1
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.87 Å
データ登録者Wang Y / Dong A
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31930017 中国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2025
タイトル: Structural and functional interrelationships of histone H2A with its variants H2A.Z and H2A.W in Arabidopsis.
著者: Youchao Wang / Jiabing Wu / Shuoming Yang / Xiang Li / Jiachen Wang / Qinghe Lv / Xiaoyu Zhu / Guoliang Lu / Jinru Zhang / Wen-Hui Shen / Bing Liu / Jinzhong Lin / Aiwu Dong /
要旨: Multiple histone H2A variants are known in eukaryotes. However, the functional relationship between H2A and its variants in plants remains largely obscure. Using CRISPR-Cas9 editing, we generated a ...Multiple histone H2A variants are known in eukaryotes. However, the functional relationship between H2A and its variants in plants remains largely obscure. Using CRISPR-Cas9 editing, we generated a mutant lacking four H2A isoforms in Arabidopsis and analyzed the functional and structural relationships between H2A, H2A.Z, and H2A.W. RNA sequencing and phenotype analyses revealed mild changes in gene transcription and plant development in mutants lacking H2A, H2A.Z, or H2A.W compared with the wild-type plants. Chromatin immunoprecipitation sequencing analysis showed that H2A can substitute for both H2A.Z and H2A.W across the genome, including in euchromatin and heterochromatin regions. However, H2A.Z replaced both H2A and H2A.W primarily within the euchromatin regions. By using DNA and histones from Arabidopsis, we constructed nucleosomes containing H2A, H2A.Z, or H2A.W and resolved their cryogenic electron microscopy (cryo-EM) structures at near-atomic resolution. Collectively, the results reveal the structural similarity and functional redundancy of H2A and its variants in Arabidopsis.
履歴
登録2024年10月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年5月14日-
マップ公開2025年5月14日-
更新2025年5月28日-
現状2025年5月28日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_62042.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_62042.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.07 Å/pix.
x 256 pix.
= 274.432 Å		1.07 Å/pix.
x 256 pix.
= 274.432 Å		1.07 Å/pix.
x 256 pix.
= 274.432 Å

表面

投影像

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断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.072 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.2
最小 - 最大-0.39302844 - 1.3830518
平均 (標準偏差)0.0021154587 (±0.052416846)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 274.432 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_62042_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: map sharp

ファイルemd_62042_additional_1.map
注釈map_sharp
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: map half A

ファイルemd_62042_half_map_1.map
注釈map_half_A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: map half B

ファイルemd_62042_half_map_2.map
注釈map_half_B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Arabidopsis thaliana H2A.Z-nucleosome with 147bp Widom 601 DNA

全体名称: Arabidopsis thaliana H2A.Z-nucleosome with 147bp Widom 601 DNA
要素
  • 複合体: Arabidopsis thaliana H2A.Z-nucleosome with 147bp Widom 601 DNA
    • タンパク質・ペプチド: Histone H3.1
    • タンパク質・ペプチド: Histone H4
    • タンパク質・ペプチド: Probable histone H2A variant 3
    • タンパク質・ペプチド: Histone H2B.1
    • DNA: Widom 601 DNA (147-MER)
    • DNA: Widom 601 DNA (147-MER)

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超分子 #1: Arabidopsis thaliana H2A.Z-nucleosome with 147bp Widom 601 DNA

超分子名称: Arabidopsis thaliana H2A.Z-nucleosome with 147bp Widom 601 DNA
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

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分子 #1: Histone H3.1

分子名称: Histone H3.1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 15.300968 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MARTKQTARK STGGKAPRKQ LATKAARKSA PATGGVKKPH RFRPGTVALR EIRKYQKSTE LLIRKLPFQR LVREIAQDFK TDLRFQSSA VAALQEAAEA YLVGLFEDTN LCAIHAKRVT IMPKDIQLAR RIRGERA

UniProtKB: Histone H3.1

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分子 #2: Histone H4

分子名称: Histone H4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 11.436467 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MSGRGKGGKG LGKGGAKRHR KVLRDNIQGI TKPAIRRLAR RGGVKRISGL IYEETRGVLK IFLENVIRDA VTYTEHARRK TVTAMDVVY ALKRQGRTLY GFGG

UniProtKB: Histone H4

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分子 #3: Probable histone H2A variant 3

分子名称: Probable histone H2A variant 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 14.301707 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MSGKGAKGLI MGKPSGSDKD KDKKKPITRS SRAGLQFPVG RVHRLLKTRS TAHGRVGATA AVYTAAILEY LTAEVLELAG NASKDLKVK RISPRHLQLA IRGDEELDTL IKGTIAGGGV IPHIHKSLIN KSAKE

UniProtKB: Probable histone H2A variant 3

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分子 #4: Histone H2B.1

分子名称: Histone H2B.1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 16.439291 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MAPRAEKKPA EKKTAAERPV EENKAAEKAP AEKKPKAGKK LPPKEAGDKK KKRSKKNVET YKIYIFKVLK QVHPDIGISS KAMGIMNSF INDIFEKLAQ ESSKLARYNK KPTITSREIQ TAVRLVLPGE LAKHAVSEGT KAVTKFTSS

UniProtKB: Histone H2B.1

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分子 #5: Widom 601 DNA (147-MER)

分子名称: Widom 601 DNA (147-MER) / タイプ: dna / ID: 5 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 45.145754 KDa
配列文字列: (DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DC) (DC)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DG)(DA) (DG)(DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DC)(DA) (DA)(DT)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC)(DG)(DT)(DA) (DG) (DA)(DC)(DA)(DG)(DC) ...文字列:
(DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DC) (DC)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DG)(DA) (DG)(DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DC)(DA) (DA)(DT)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC)(DG)(DT)(DA) (DG) (DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DT)(DC)(DT) (DA)(DG)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DT) (DA)(DA) (DA)(DC)(DG)(DC)(DA)(DC)(DG) (DT)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT) (DC)(DC)(DC) (DC)(DC)(DG)(DC)(DG)(DT) (DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DC) (DA)(DA)(DG)(DG) (DG)(DG)(DA)(DT)(DT) (DA)(DC)(DT)(DC)(DC)(DC)(DT)(DA)(DG)(DT) (DC)(DT)(DC)(DC)(DA) (DG)(DG)(DC)(DA) (DC)(DG)(DT)(DG)(DT)(DC)(DA)(DG)(DA)(DT) (DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DC) (DA)(DT)(DC) (DC)(DT)(DG)(DT)

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分子 #6: Widom 601 DNA (147-MER)

分子名称: Widom 601 DNA (147-MER) / タイプ: dna / ID: 6 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 45.604047 KDa
配列文字列: (DA)(DC)(DA)(DG)(DG)(DA)(DT)(DG)(DT)(DA) (DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DT)(DG)(DA)(DC) (DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DT)(DG) (DG)(DA)(DG)(DA)(DC)(DT)(DA)(DG)(DG)(DG) (DA) (DG)(DT)(DA)(DA)(DT) ...文字列:
(DA)(DC)(DA)(DG)(DG)(DA)(DT)(DG)(DT)(DA) (DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DT)(DG)(DA)(DC) (DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DT)(DG) (DG)(DA)(DG)(DA)(DC)(DT)(DA)(DG)(DG)(DG) (DA) (DG)(DT)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC) (DC)(DT)(DT)(DG)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT)(DT) (DA)(DA) (DA)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DG) (DG)(DG)(DG)(DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DG)(DC) (DG)(DT)(DA) (DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DG) (DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT) (DG)(DC)(DT)(DA) (DG)(DA)(DG)(DC)(DT) (DG)(DT)(DC)(DT)(DA)(DC)(DG)(DA)(DC)(DC) (DA)(DA)(DT)(DT)(DG) (DA)(DG)(DC)(DG) (DG)(DC)(DC)(DT)(DC)(DG)(DG)(DC)(DA)(DC) (DC)(DG)(DG)(DG)(DA)(DT) (DT)(DC)(DT) (DC)(DC)(DA)(DG)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
ソフトウェア名称: EPU
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.9 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.87 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.3) / 使用した粒子像数: 114381
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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