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万見
- EMDB-62028: Cryo-EM structure of TMPRSS2 in complex with Fab fragments of 752... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-62028
タイトルCryo-EM structure of TMPRSS2 in complex with Fab fragments of 752 mAb and 2228 mAb
マップデータ
試料
  • 複合体: TMPRSS2 ECD and Fab fragments complex
    • 複合体: TMPRSS2
      • タンパク質・ペプチド: Transmembrane protease serine 2
    • 複合体: Fab 752
      • タンパク質・ペプチド: Fab 752 light chain
      • タンパク質・ペプチド: Fab 752 heavy chain
    • 複合体: Fab 2228
      • タンパク質・ペプチド: Fab 2228 light chain
      • タンパク質・ペプチド: Fab 2228 heavy chain
キーワードHYDROLASE / IMMUNE SYSTEM / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


transmembrane protease serine 2 / protein autoprocessing / Attachment and Entry / serine-type peptidase activity / viral translation / Induction of Cell-Cell Fusion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / Attachment and Entry / positive regulation of viral entry into host cell / serine-type endopeptidase activity ...transmembrane protease serine 2 / protein autoprocessing / Attachment and Entry / serine-type peptidase activity / viral translation / Induction of Cell-Cell Fusion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / Attachment and Entry / positive regulation of viral entry into host cell / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Scavenger receptor cysteine-rich domain / SRCR domain profile. / SRCR-like domain superfamily / Scavenger receptor Cys-rich / SRCR domain / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A, conserved site / LDL-receptor class A (LDLRA) domain signature. / LDL-receptor class A (LDLRA) domain profile. / Low-density lipoprotein receptor domain class A / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A repeat ...Scavenger receptor cysteine-rich domain / SRCR domain profile. / SRCR-like domain superfamily / Scavenger receptor Cys-rich / SRCR domain / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A, conserved site / LDL-receptor class A (LDLRA) domain signature. / LDL-receptor class A (LDLRA) domain profile. / Low-density lipoprotein receptor domain class A / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A repeat / LDL receptor-like superfamily / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan
類似検索 - ドメイン・相同性
Transmembrane protease serine 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.15 Å
データ登録者Katsura K / Hisano T / Matsumoto T / Shirouzu M
資金援助 日本, 1件
OrganizationGrant number国
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED) 日本
引用ジャーナル: Iscience / 年: 2025
タイトル: Monoclonal antibodies against human TMPRSS2 prevent infection by any SARS-CoV-2 variant
著者: Harada M / Matsumoto T / Yamamoto M / Goda J / Idei A / Ohtaki K / Kojima N / Yoneda N / Miyauchi K / Katsura K / Ikeda M / Hanada K / Ishizuka-Katsura Y / Hosaka T / Hisano T / Kaizuka T / ...著者: Harada M / Matsumoto T / Yamamoto M / Goda J / Idei A / Ohtaki K / Kojima N / Yoneda N / Miyauchi K / Katsura K / Ikeda M / Hanada K / Ishizuka-Katsura Y / Hosaka T / Hisano T / Kaizuka T / Yamamoto T / Matsuda M / Nakayama M / Sugimoto-Ishige A / Sakuma M / Hashimoto R / Takayama K / Nakayama M / Nguyen CT / Ishigaki H / Itoh Y / Hashizume Y / Yoshida M / Kawaguchi Y / Takeda M / Koseki H / Shirouzu M / Inoue JI / Saito T
履歴
登録2024年10月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年10月15日-
マップ公開2025年10月15日-
更新2025年10月15日-
現状2025年10月15日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_62028.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_62028.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸X (Sec.)Y (Row.)Z (Col.)
0.83 Å/pix.
x 300 pix.
= 248.55 Å		0.83 Å/pix.
x 300 pix.
= 248.55 Å		0.83 Å/pix.
x 300 pix.
= 248.55 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.8285 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 8.0
最小 - 最大-66.0411 - 76.829880000000003
平均 (標準偏差)-0.00000000001033 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 248.54999 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_62028_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_62028_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_62028_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : TMPRSS2 ECD and Fab fragments complex

全体名称: TMPRSS2 ECD and Fab fragments complex
要素
  • 複合体: TMPRSS2 ECD and Fab fragments complex
    • 複合体: TMPRSS2
      • タンパク質・ペプチド: Transmembrane protease serine 2
    • 複合体: Fab 752
      • タンパク質・ペプチド: Fab 752 light chain
      • タンパク質・ペプチド: Fab 752 heavy chain
    • 複合体: Fab 2228
      • タンパク質・ペプチド: Fab 2228 light chain
      • タンパク質・ペプチド: Fab 2228 heavy chain

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超分子 #1: TMPRSS2 ECD and Fab fragments complex

超分子名称: TMPRSS2 ECD and Fab fragments complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all

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超分子 #2: TMPRSS2

超分子名称: TMPRSS2 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #3: Fab 752

超分子名称: Fab 752 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#3
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)

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超分子 #4: Fab 2228

超分子名称: Fab 2228 / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #4-#5
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)

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分子 #1: Transmembrane protease serine 2

分子名称: Transmembrane protease serine 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1
詳細: The sequence responsible for TMPRSS2 autoactivation (250SSRQSR255) was substituted with the 6 residues containing an enterokinase cleavage site.
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: transmembrane protease serine 2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 43.250609 KDa
組換発現生物種: Baculovirus transfer vector pFASTBAC1 (ウイルス)
配列文字列: GMGSKCSNSG IECDSSGTCI NPSNWCDGVS HCPGGEDENR CVRLYGPNFI LQVYSSQRKS WHPVCQDDWN ENYGRAACRD MGYKNNFYS SQGIVDDSGS TSFMKLNTSA GNVDIYKKLY HSDACSSKAV VSLRCIACGV NLNDDDDDKI VGGESALPGA W PWQVSLHV ...文字列:
GMGSKCSNSG IECDSSGTCI NPSNWCDGVS HCPGGEDENR CVRLYGPNFI LQVYSSQRKS WHPVCQDDWN ENYGRAACRD MGYKNNFYS SQGIVDDSGS TSFMKLNTSA GNVDIYKKLY HSDACSSKAV VSLRCIACGV NLNDDDDDKI VGGESALPGA W PWQVSLHV QNVHVCGGSI ITPEWIVTAA HCVEKPLNNP WHWTAFAGIL RQSFMFYGAG YQVEKVISHP NYDSKTKNND IA LMKLQKP LTFNDLVKPV CLPNPGMMLQ PEQLCWISGW GATEEKGKTS EVLNAAKVLL IETQRCNSRY VYDNLITPAM ICA GFLQGN VDSCQGDSGG PLVTSKNNIW WLIGDTSWGS GCAKAYRPGV YGNVMVFTDW IYRQMRADGE NLYFQ

UniProtKB: Transmembrane protease serine 2

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分子 #2: Fab 752 light chain

分子名称: Fab 752 light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 23.749342 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: DIQMTQSPSS LSASLGGKVT ITCKASQDIN KYIAWYQHKP GKGPRLLIHY TSTLQPGIPS RFSGSGSGRD YSFSIYNLEP EDIATYYCL QYYNLWTFGG GTKLEIKRAD AAPTVSIFPP SSEQLTSGGA SVVCFLNNFY PKDINVKWKI DGSERQNGVL N SWTDQDSK ...文字列:
DIQMTQSPSS LSASLGGKVT ITCKASQDIN KYIAWYQHKP GKGPRLLIHY TSTLQPGIPS RFSGSGSGRD YSFSIYNLEP EDIATYYCL QYYNLWTFGG GTKLEIKRAD AAPTVSIFPP SSEQLTSGGA SVVCFLNNFY PKDINVKWKI DGSERQNGVL N SWTDQDSK DSTYSMSSTL TLTKDEYERH NSYTCEATHK TSTSPIVKSF NRNEC

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分子 #3: Fab 752 heavy chain

分子名称: Fab 752 heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 24.654529 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: DQVQLQQSGA ELARPGASVK LSCKASGYTF TSCGISWVKQ RTGQGLEWIG EIYPRGGNTY YNEKFKGKAT LTADKSSSTA YMELRSLTS EDSAVYFCAR ENGNYDPLFA YWGQGTLVTV SAAKTTPPSV YPLAPGSAAQ TNSMVTLGCL VKGYFPEPVT V TWNSGSLS ...文字列:
DQVQLQQSGA ELARPGASVK LSCKASGYTF TSCGISWVKQ RTGQGLEWIG EIYPRGGNTY YNEKFKGKAT LTADKSSSTA YMELRSLTS EDSAVYFCAR ENGNYDPLFA YWGQGTLVTV SAAKTTPPSV YPLAPGSAAQ TNSMVTLGCL VKGYFPEPVT V TWNSGSLS SGVHTFPAVL QSDLYTLSSS VTVPSSTWPS QTVTCNVAHP ASSTKVDKKI VPRDCENLYF Q

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分子 #4: Fab 2228 light chain

分子名称: Fab 2228 light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 23.919504 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: DVVVTQSPAS LAVSLGQRAT ISCRASKSVS TSGYSFMHWY QQKPGQPPKL LIYLASNLES GVPARFSGSG SGTDFILNIH PVEEEDAAT YYCQHSRELP LTFGAGTKLE LKRADAAPTV SIFPPSSEQL TSGGASVVCF LNNFYPKDIN VKWKIDGSER Q NGVLNSWT ...文字列:
DVVVTQSPAS LAVSLGQRAT ISCRASKSVS TSGYSFMHWY QQKPGQPPKL LIYLASNLES GVPARFSGSG SGTDFILNIH PVEEEDAAT YYCQHSRELP LTFGAGTKLE LKRADAAPTV SIFPPSSEQL TSGGASVVCF LNNFYPKDIN VKWKIDGSER Q NGVLNSWT DQDSKDSTYS MSSTLTLTKD EYERHNSYTC EATHKTSTSP IVKSFNRNEC

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分子 #5: Fab 2228 heavy chain

分子名称: Fab 2228 heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 24.584455 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: DQVQLQQSGP ELVKPGTSVK ISCKASGYTF TDYYINWVKQ RPGQGLEWIG WIFPGSGSSY YNAIFKGKAT LTVDTSSNTA HMSLSSLTS DDSAVYFCAR GDFGNFGGFF TYWGQGTLVT VSAAKTTAPS VYPLAPVCGG TTGSSVTLGC LVKGYFPEPV T LTWNSGSL ...文字列:
DQVQLQQSGP ELVKPGTSVK ISCKASGYTF TDYYINWVKQ RPGQGLEWIG WIFPGSGSSY YNAIFKGKAT LTVDTSSNTA HMSLSSLTS DDSAVYFCAR GDFGNFGGFF TYWGQGTLVT VSAAKTTAPS VYPLAPVCGG TTGSSVTLGC LVKGYFPEPV T LTWNSGSL SSGVHTFPAL LQSGLYTLSS SVTVTSNTWP SQTITCNVAH PASSTKVDKK IEPRVPENLY FQ

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOCONTINUUM (6k x 4k)
平均電子線量: 50.1 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 20.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 8.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正詳細: CTFFind4 and CTFRefine were used within the RELION3.1.3
タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE / 詳細: Initial model generation in cryoSPARC.
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.15 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 80052
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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