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- EMDB-62025: Cryo-EM structure of the Rhodospirillum rubrum RC-LH1 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-62025
タイトルCryo-EM structure of the Rhodospirillum rubrum RC-LH1 complex
マップデータ
試料
  • 複合体: reaction center_light harvesting complex 1 from Rhodospirillum rubrum
    • タンパク質・ペプチド: Light-harvesting protein B-870 beta chain
    • タンパク質・ペプチド: Light-harvesting protein B-870 alpha chain
    • タンパク質・ペプチド: Photoreaction center protein H
    • タンパク質・ペプチド: Reaction center protein L chain
    • タンパク質・ペプチド: Reaction center protein M chain
  • リガンド: Trans-Geranyl BACTERIOCHLOROPHYLL A
  • リガンド: SPIRILLOXANTHIN
  • リガンド: FE (III) ION
  • リガンド: BACTERIOPHEOPHYTIN A
  • リガンド: UBIQUINONE-10
キーワードreaction centre light-harvesting 1 / PHOTOSYNTHESIS
機能・相同性
機能・相同性情報


organelle inner membrane / plasma membrane-derived chromatophore membrane / plasma membrane light-harvesting complex / bacteriochlorophyll binding / photosynthetic electron transport in photosystem II / photosynthesis, light reaction / : / metal ion binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Antenna complex, beta subunit, conserved site / Antenna complexes beta subunits signature. / Antenna complex, alpha subunit / Antenna complex, alpha subunit conserved site / Antenna complexes alpha subunits signature. / Antenna complex, alpha/beta subunit / Light-harvesting protein B beta chain / Antenna complex, beta domain superfamily / Antenna complex alpha/beta subunit / Light-harvesting complex ...Antenna complex, beta subunit, conserved site / Antenna complexes beta subunits signature. / Antenna complex, alpha subunit / Antenna complex, alpha subunit conserved site / Antenna complexes alpha subunits signature. / Antenna complex, alpha/beta subunit / Light-harvesting protein B beta chain / Antenna complex, beta domain superfamily / Antenna complex alpha/beta subunit / Light-harvesting complex / Photosynthetic reaction centre, H subunit / Bacterial photosynthetic reaction centre, H-chain, C-terminal / Photosynthetic reaction centre, M subunit / Photosynthetic reaction centre, H subunit, N-terminal / Photosynthetic reaction centre, H subunit, N-terminal domain superfamily / Photosynthetic reaction centre, H-chain N-terminal region / PRC-barrel domain / PRC-barrel domain / Photosynthetic reaction centre, L subunit / PRC-barrel-like superfamily / : / Photosynthetic reaction centre, L/M / Photosystem II protein D1/D2 superfamily / Photosynthetic reaction centre protein / Photosynthetic reaction center proteins signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
Light-harvesting protein B-870 alpha chain / Light-harvesting protein B-870 beta chain / Reaction center protein L chain / Reaction center protein M chain / Photoreaction center protein H
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodospirillum rubrum (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.02 Å
データ登録者Liu ZK / Wang P / Liu LN
資金援助 英国, 1件
OrganizationGrant number国
Royal Society 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM structure of the Rhodospirillum rubrum RC-LH1 complex
著者: Liu ZK / Wang P / Liu LN
履歴
登録2024年10月19日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年12月4日-
マップ公開2024年12月4日-
更新2024年12月4日-
現状2024年12月4日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_62025.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_62025.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 59.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.06 Å/pix.
x 250 pix.
= 265. Å		1.06 Å/pix.
x 250 pix.
= 265. Å		1.06 Å/pix.
x 250 pix.
= 265. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.06 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.15
最小 - 最大-0.6665557 - 1.2670763
平均 (標準偏差)0.009040664 (±0.045457553)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ250250250
Spacing250250250
セルA=B=C: 265.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_62025_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_62025_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : reaction center_light harvesting complex 1 from Rhodospirillum rubrum

全体名称: reaction center_light harvesting complex 1 from Rhodospirillum rubrum
要素
  • 複合体: reaction center_light harvesting complex 1 from Rhodospirillum rubrum
    • タンパク質・ペプチド: Light-harvesting protein B-870 beta chain
    • タンパク質・ペプチド: Light-harvesting protein B-870 alpha chain
    • タンパク質・ペプチド: Photoreaction center protein H
    • タンパク質・ペプチド: Reaction center protein L chain
    • タンパク質・ペプチド: Reaction center protein M chain
  • リガンド: Trans-Geranyl BACTERIOCHLOROPHYLL A
  • リガンド: SPIRILLOXANTHIN
  • リガンド: FE (III) ION
  • リガンド: BACTERIOPHEOPHYTIN A
  • リガンド: UBIQUINONE-10

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超分子 #1: reaction center_light harvesting complex 1 from Rhodospirillum rubrum

超分子名称: reaction center_light harvesting complex 1 from Rhodospirillum rubrum
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5
由来(天然)生物種: Rhodospirillum rubrum (バクテリア)

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分子 #1: Light-harvesting protein B-870 beta chain

分子名称: Light-harvesting protein B-870 beta chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 16 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rhodospirillum rubrum (バクテリア)
分子量理論値: 5.037832 KDa
組換発現生物種: Rhodospirillum rubrum (バクテリア)
配列文字列:
ITEGEAKEFH KIFTSSILVF FGVAAFAHLL VWIWRPWVPG PNGY

UniProtKB: Light-harvesting protein B-870 beta chain

+
分子 #2: Light-harvesting protein B-870 alpha chain

分子名称: Light-harvesting protein B-870 alpha chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 16 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rhodospirillum rubrum (バクテリア)
分子量理論値: 5.308227 KDa
組換発現生物種: Rhodospirillum rubrum (バクテリア)
配列文字列:
WRIWQLFDPR QALVGLATFL FVLALLIHFI LLSTERFNWL EGAST

UniProtKB: Light-harvesting protein B-870 alpha chain

+
分子 #3: Photoreaction center protein H

分子名称: Photoreaction center protein H / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rhodospirillum rubrum (バクテリア)
分子量理論値: 27.745863 KDa
組換発現生物種: Rhodospirillum rubrum (バクテリア)
配列文字列: NKGDITGYMD VAQVVLYAFW IFFAGLIIYL RREDRREGYP LEDAISGKIN SLQGLGSVFS IARPKIFKLK TGATYAAPNF KRDAVAIKA TRTAPTAGAP FEPTGNPMTD AVGPAAYALR DELPDLTLGG QPAIVPLRVA PTFSVAAEDT DPRGLPVVDR K GAVAGKVT ...文字列:
NKGDITGYMD VAQVVLYAFW IFFAGLIIYL RREDRREGYP LEDAISGKIN SLQGLGSVFS IARPKIFKLK TGATYAAPNF KRDAVAIKA TRTAPTAGAP FEPTGNPMTD AVGPAAYALR DELPDLTLGG QPAIVPLRVA PTFSVAAEDT DPRGLPVVDR K GAVAGKVT DLWIDRASIA IRYLEVELAA TPGRKVLLPF AATRINAKTK SKTVTVQSIL ARHFANVPTI AKTDSITRRE ED KVMAYYS SGYLYSDR

UniProtKB: Photoreaction center protein H

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分子 #4: Reaction center protein L chain

分子名称: Reaction center protein L chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rhodospirillum rubrum (バクテリア)
分子量理論値: 30.472436 KDa
組換発現生物種: Rhodospirillum rubrum (バクテリア)
配列文字列: ALLSFERKYR VRGGTLIGGD LFDFWVGPFY VGFFGVTTLL FTVLGTALIV WGAALGPSWT FWQISINPPD VSYGLAMAPM AKGGLWQII TFSAIGAFVS WALREVEICR KLGIGYHIPF AFGFAILAYV SLVVIRPVMM GAWGYGFPYG FMTHLDWVSN T GYQYANFH ...文字列:
ALLSFERKYR VRGGTLIGGD LFDFWVGPFY VGFFGVTTLL FTVLGTALIV WGAALGPSWT FWQISINPPD VSYGLAMAPM AKGGLWQII TFSAIGAFVS WALREVEICR KLGIGYHIPF AFGFAILAYV SLVVIRPVMM GAWGYGFPYG FMTHLDWVSN T GYQYANFH YNPAHMLGIT LFFTTCLALA LHGSLILSAA NPGKGEVVKG PEHENTYFQD TIGYSVGTLG IHRVGLILAL SA VVWSIIC MILSGPIYTG SWPDWWLWWQ KLPFWNH

UniProtKB: Reaction center protein L chain

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分子 #5: Reaction center protein M chain

分子名称: Reaction center protein M chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rhodospirillum rubrum (バクテリア)
分子量理論値: 29.131648 KDa
組換発現生物種: Rhodospirillum rubrum (バクテリア)
配列文字列: GPIYLGTTGV LSLVFGFFAI EIIGFNLLAS VNWSPMEFGR QFFWLGLEPP AAEYGLGFAP LAEGGWWQIA GFFLTTSILL WWVRMYRRA RALKMGTHTA WAFASAIFLF LSLGFIRPLL MGNFSESVPF GIFPHLEWTN SFSLNYGNFF YNPFHMLSIA F LYGSALLF ...文字列:
GPIYLGTTGV LSLVFGFFAI EIIGFNLLAS VNWSPMEFGR QFFWLGLEPP AAEYGLGFAP LAEGGWWQIA GFFLTTSILL WWVRMYRRA RALKMGTHTA WAFASAIFLF LSLGFIRPLL MGNFSESVPF GIFPHLEWTN SFSLNYGNFF YNPFHMLSIA F LYGSALLF AMHGATILAV SRLGGDREVE QITDRGTAAE RAALFWRWTM GFNATMESIH RWAWWFAVLC TFTGAIGILL TG TVVDNWF EWGVKHGLAP AP

UniProtKB: Reaction center protein M chain

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分子 #6: Trans-Geranyl BACTERIOCHLOROPHYLL A

分子名称: Trans-Geranyl BACTERIOCHLOROPHYLL A / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 37 / 式: 07D
分子量理論値: 901.425 Da
Chemical component information

ChemComp-07D:
Trans-Geranyl BACTERIOCHLOROPHYLL A

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分子 #7: SPIRILLOXANTHIN

分子名称: SPIRILLOXANTHIN / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 17 / 式: CRT
分子量理論値: 596.925 Da
Chemical component information

ChemComp-CRT:
SPIRILLOXANTHIN

+
分子 #8: FE (III) ION

分子名称: FE (III) ION / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 1 / 式: FE
分子量理論値: 55.845 Da

+
分子 #9: BACTERIOPHEOPHYTIN A

分子名称: BACTERIOPHEOPHYTIN A / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 2 / 式: BPH
分子量理論値: 889.215 Da
Chemical component information

ChemComp-BPH:
BACTERIOPHEOPHYTIN A / バクテリオフェオフィチン

+
分子 #10: UBIQUINONE-10

分子名称: UBIQUINONE-10 / タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 3 / 式: U10
分子量理論値: 863.343 Da
Chemical component information

ChemComp-U10:
UBIQUINONE-10 / 2-(3,7,11,15,19,23,27,31,35,39-デカメチルテトラコンタ-2,6,10,14,18,22,(以下略)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

7oy8

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.02 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 97584
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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