EMDB-62021: The STA map of PJNS001 attached on Salmonella outer membrane

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: EMDB / ID: EMD-62021

タイトル

The STA map of PJNS001 attached on Salmonella outer membrane

マップデータ

試料

ウイルス: Microviridae (ウイルス)

キーワード

PJNS001 / in situ / VIRUS

生物種

Microviridae (ウイルス)

手法

サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 32.3 Å

データ登録者

Hu WL / Chen YB / Wei YM / Gao Y

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural and Functional Insights into Microviridae PJNS001 and PJNS002 target Salmonella
著者: Hu WL / Gao Y

履歴

登録	2024年10月19日	-
ヘッダ(付随情報) 公開	2025年8月13日	-
マップ公開	2025年8月13日	-
更新	2025年8月13日	-
現状	2025年8月13日	処理サイト: PDBc / 状態: 公開

添付画像	emd_62021.png

-
EMDBアーカイブ

マップデータ	emd_62021.map.gz	4.9 MB		EMDBマップデータ形式
ヘッダ (付随情報)	emd-62021-v30.xml emd-62021.xml	19 KB 19 KB	表示表示	EMDBヘッダ
画像	emd_62021.png	22.1 KB
Filedesc metadata	emd-62021.cif.gz	5.2 KB
その他	emd_62021_half_map_1.map.gz emd_62021_half_map_2.map.gz	4.9 MB 4.9 MB
アーカイブディレクトリ	http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-62021 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-62021	HTTPS FTP

-
検証レポート

文書・要旨	emd_62021_validation.pdf.gz	832.8 KB	表示	EMDB検証レポート
文書・詳細版	emd_62021_full_validation.pdf.gz	832.4 KB	表示
XML形式データ	emd_62021_validation.xml.gz	8.6 KB	表示
CIF形式データ	emd_62021_validation.cif.gz	10.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-62021 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-62021	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	62019C 62020C 62022C 62023C 9k3mC 9k3nC C: 同じ文献を引用 (文献)

-
リンク

EMDBのページ	EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource

ファイル

ダウンロード / ファイル: emd_62021.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 6.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)

投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他	反転上下逆

軸	Z (Sec.)	Y (Row.)	X (Col.)
	6.72 Å/pix. x 120 pix. = 806.4 Å	6.72 Å/pix. x 120 pix. = 806.4 Å	6.72 Å/pix. x 120 pix. = 806.4 Å
表面
投影像
断面 (1/3)
断面 (1/2)
断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズ

X=Y=Z: 6.72 Å

密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

表面レベル	登録者による: 0.022
最小 - 最大	-0.030662822 - 0.0615785
平均 (標準偏差)	-0.00038999767 (±0.005923125)

対称性

空間群: 1

詳細

-
ハーフマップ: #1

ファイル

emd_62021_half_map_1.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイル

emd_62021_half_map_2.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
全体 : Microviridae

全体	名称: Microviridae (ウイルス)
要素	ウイルス: Microviridae (ウイルス)

-
超分子 #1: Microviridae

超分子	名称: Microviridae / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4 / 詳細: T=1 icosahedral virus applied with C5 symmetry / NCBI-ID: 10841 / 生物種: Microviridae / Sci species strain: PJNS001 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: Yes
宿主	生物種: Salmonella (サルモネラ菌)
分子量	理論値: 4.31 MDa
ウイルス殻	Shell ID: 1 / 直径: 290.0 Å / T番号(三角分割数): 1

-
構造解析

手法	クライオ電子顕微鏡法
解析	サブトモグラム平均法
試料の集合状態	particle

-
試料調製

緩衝液

pH: 7.5
構成要素:

濃度	式	名称
137.0 mmol/L	NaCl	sodium chloride
2.65 mmol/L	KCl	potassium chloride
10.0 mmol/L	Na₂HPO₄	dibasic sodium phosphate
1.75 mmol/L	KH₂PO₄	potassium dihydrogen phosphate

詳細: PBS buffer

グリッド

モデル: Quantifoil R2/1 / 材質: GOLD / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 時間: 10 sec. / 前処理 - 雰囲気: OTHER

凍結

凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: before plunge freezing, incubated with Salmonella under 36 degree celsius for 10 minutes.

-
電子顕微鏡法

顕微鏡	FEI TITAN KRIOS
撮影	フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / デジタル化 - サイズ - 横: 5760 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4092 pixel / 平均露光時間: 0.45 sec. / 平均電子線量: 2.4 e/Å²
電子線	加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系	C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 最大デフォーカス（補正後）: 6.0 µm / 最小デフォーカス（補正後）: 2.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大デフォーカス（公称値）: 4.0 µm / 最小デフォーカス（公称値）: 4.0 µm / 倍率（公称値）: 14000
試料ステージ	試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

最終再構成	使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C₅ (5回回転対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 32.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0.0) / 使用したサブトモグラム数: 106
抽出	トモグラム数: 13 / 使用した粒子像数: 172 / 手法: manual ソフトウェア: (名称: Dynamo (ver. 1.1.532), RELION (ver. 4.0.0))
CTF補正	ソフトウェア - 名称: IMOD (ver. 4.11.24) / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
最終 3次元分類	クラス数: 3 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0.0)
最終角度割当	タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0.0)

-
原子モデル構築 1

初期モデル	Chain - Source name: Other / Chain - Initial model type: experimental model / 詳細: PJNS001 in vivo
精密化	空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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