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- EMDB-61939: The glycoprotein E of Varicella-Zoster Virus in complex with WLL-... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-61939
タイトルThe glycoprotein E of Varicella-Zoster Virus in complex with WLL-1/WLL-28 Fab
マップデータ
試料
  • 複合体: Ternary complex of VZV gE with neutralizing antibodies Fab WLL-1 and WLL-28
    • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein E
    • タンパク質・ペプチド: WLL-1 Fab heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: WLL-1 Fab light chain
    • タンパク質・ペプチド: WLL-28 Fab heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: WLL-28 Fab light chain
キーワードVZV / glycoprotein E / single B cell / monoclonal antibodies / VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell junction / host cell Golgi membrane / host cell endosome membrane / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / viral envelope / symbiont entry into host cell / virion membrane / enzyme binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Envelope glycoprotein E, Fc-binding domain / Envelope glycoprotein E, N-terminal / Alphaherpesvirus glycoprotein E / Alphaherpesvirus glycoprotein E N-terminal / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope glycoprotein E
類似検索 - 構成要素
生物種Varicella-zoster virus (strain Oka vaccine) (ヘルペスウイルス) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.48 Å
データ登録者Wang L / Zhang N / Guo Y
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Protein Cell / 年: 2025
タイトル: Discovery and structural investigation of Varicella-Zoster virus gE-neutralizing antibodies isolated from a convalescent patient.
著者: Lulu Wang / Zihan Jia / Xiaohan Ye / Chunxiao Chen / Baofa Sun / Xiangshuai Zhao / Ruiqi Zhang / Ying Li / Wenya Wang / Zixian Sun / Lushuai Zhou / Zhiyu Ni / Nan Zhang / Yu Guo /
履歴
登録2024年10月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年9月3日-
マップ公開2025年9月3日-
更新2025年9月3日-
現状2025年9月3日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_61939.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_61939.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 209.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.69 Å/pix.
x 380 pix.
= 262.2 Å		0.69 Å/pix.
x 380 pix.
= 262.2 Å		0.69 Å/pix.
x 380 pix.
= 262.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.69 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0135
最小 - 最大-0.11282379 - 0.21648073
平均 (標準偏差)0.00012290129 (±0.005228729)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ380380380
Spacing380380380
セルA=B=C: 262.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_61939_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_61939_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Ternary complex of VZV gE with neutralizing antibodies Fab WLL-1 ...

全体名称: Ternary complex of VZV gE with neutralizing antibodies Fab WLL-1 and WLL-28
要素
  • 複合体: Ternary complex of VZV gE with neutralizing antibodies Fab WLL-1 and WLL-28
    • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein E
    • タンパク質・ペプチド: WLL-1 Fab heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: WLL-1 Fab light chain
    • タンパク質・ペプチド: WLL-28 Fab heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: WLL-28 Fab light chain

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超分子 #1: Ternary complex of VZV gE with neutralizing antibodies Fab WLL-1 ...

超分子名称: Ternary complex of VZV gE with neutralizing antibodies Fab WLL-1 and WLL-28
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Varicella-zoster virus (strain Oka vaccine) (ヘルペスウイルス)
分子量理論値: 160 KDa

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分子 #1: Envelope glycoprotein E

分子名称: Envelope glycoprotein E / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Varicella-zoster virus (strain Oka vaccine) (ヘルペスウイルス)
分子量理論値: 63.17116 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MGTVNKPVVG VLMGFGIITG TLRITNPVRA SVLRYDDFHI DEDKLDTNSV YEPYYHSDHA ESSWVNRGES SRKAYDHNSP YIWPRNDYD GFLENAHEHH GVYNQGRGID SGERLMQPTQ MSAQEDLGDD TGIHVIPTLN GDDRHKIVNV DQRQYGDVFK G DLNPKPQG ...文字列:
MGTVNKPVVG VLMGFGIITG TLRITNPVRA SVLRYDDFHI DEDKLDTNSV YEPYYHSDHA ESSWVNRGES SRKAYDHNSP YIWPRNDYD GFLENAHEHH GVYNQGRGID SGERLMQPTQ MSAQEDLGDD TGIHVIPTLN GDDRHKIVNV DQRQYGDVFK G DLNPKPQG QRLIEVSVEE NHPFTLRAPI QRIYGVRYTE TWSFLPSLTC TGDAAPAIQH ICLKHTTCFQ DVVVDVDCAE NT KEDQLAE ISYRFQGKKE ADQPWIVVNT STLFDELELD PPEIEPGVLK VLRTEKQYLG VYIWNMRGSD GTSTYATFLV TWK GDEKTR NPTPAVTPQP RGAEFHMWNY HSHVFSVGDT FSLAMHLQYK IHEAPFDLLL EWLYVPIDPT CQPMRLYSTC LYHP NAPQC LSHMNSGCTF TSPHLAQRVA STVYQNCEHA DNYTAYCLGI SHMEPSFGLI LHDGGTTLKF VDTPESLSGL YVFVV YFNG HVEAVAYTVV STVDHFVNAI EERGFPPTAG QPPATTKPKE ITPVNPGTSP LLRGSGSDYK DDDDKAAAHH HHHHHH

UniProtKB: Envelope glycoprotein E

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分子 #2: WLL-1 Fab heavy chain

分子名称: WLL-1 Fab heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 24.313678 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: QITLKESGPT LVKPTQTLTL TCTFSGFSLT NTEMTVGWIR RPPGKALEWL ALIYWDDDKR YSPSLRSRLT ITKDTSKNQV VLKMTNMDP VDTATYYCAR LSLRLLTFDY WGQGTLVTVS SASTKGPSVF PLAPSSKSTS GGTAALGCLV KDYFPEPVTV S WNSGALTS ...文字列:
QITLKESGPT LVKPTQTLTL TCTFSGFSLT NTEMTVGWIR RPPGKALEWL ALIYWDDDKR YSPSLRSRLT ITKDTSKNQV VLKMTNMDP VDTATYYCAR LSLRLLTFDY WGQGTLVTVS SASTKGPSVF PLAPSSKSTS GGTAALGCLV KDYFPEPVTV S WNSGALTS GVHTFPAVLQ SSGLYSLSSV VTVPSSSLGT QTYICNVNHK PSNTKVDKKV EPKSCD

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分子 #3: WLL-1 Fab light chain

分子名称: WLL-1 Fab light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 22.816195 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: SYVVTQPPSV SVAPRQTARI TCGGSNIGSK SVHWHQQKPG QAPVLVVYDD SDRPSGIPER FSGSNSGNTA TLTITRVEAG DEADYYCQV WDSSGDHPLF GGGTKLTVLG QPKANPTVTL FPPSSEELQA NKATLVCLIS DFYPGAVTVA WKADGSPVKA G VETTKPSK ...文字列:
SYVVTQPPSV SVAPRQTARI TCGGSNIGSK SVHWHQQKPG QAPVLVVYDD SDRPSGIPER FSGSNSGNTA TLTITRVEAG DEADYYCQV WDSSGDHPLF GGGTKLTVLG QPKANPTVTL FPPSSEELQA NKATLVCLIS DFYPGAVTVA WKADGSPVKA G VETTKPSK QSNNKYAASS YLSLTPEQWK SHRSYSCQVT HEGSTVEKTV APTECS

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分子 #4: WLL-28 Fab heavy chain

分子名称: WLL-28 Fab heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.929906 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: EVQLVQSGAE VKKPGEPLKI SCKASGYNFA NFWVGWVRQM PGRGLEWMGV IFPADSDTRY SPSFQGQVII SADKSTNTAY LQWSSLKAS DSAMYYCARH VRGSLWGGGG YWGQGTLVTV SSASTKGPSV FPLAPSSKST SGGTAALGCL VKDYFPEPVT V SWNSGALT ...文字列:
EVQLVQSGAE VKKPGEPLKI SCKASGYNFA NFWVGWVRQM PGRGLEWMGV IFPADSDTRY SPSFQGQVII SADKSTNTAY LQWSSLKAS DSAMYYCARH VRGSLWGGGG YWGQGTLVTV SSASTKGPSV FPLAPSSKST SGGTAALGCL VKDYFPEPVT V SWNSGALT SGVHTFPAVL QSSGLYSLSS VVTVPSSSLG TQTYICNVNH KPSNTKVDKK VEPKSCD

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分子 #5: WLL-28 Fab light chain

分子名称: WLL-28 Fab light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.316805 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: EIVMTQSPST LSVSPGEGAT LSCRASQSVN NDLAWYQQKP GQAPRLLING ASTRATGIPA RFTGSGSGTE FTLTISSLQP EDFAVYFCQ QYNDWPRTFG QGTKVEIKRT VAAPSVFIFP PSDEQLKSGT ASVVCLLNNF YPREAKVQWK VDNALQSGNS Q ESVTEQDS ...文字列:
EIVMTQSPST LSVSPGEGAT LSCRASQSVN NDLAWYQQKP GQAPRLLING ASTRATGIPA RFTGSGSGTE FTLTISSLQP EDFAVYFCQ QYNDWPRTFG QGTKVEIKRT VAAPSVFIFP PSDEQLKSGT ASVVCLLNNF YPREAKVQWK VDNALQSGNS Q ESVTEQDS KDSTYSLSST LTLSKADYEK HKVYACEVTH QGLSSPVTKS FNRGEC

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F30
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.48 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 324054
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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