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万見
- EMDB-61913: Focused map of Human Lysophosphatidic Acid Receptor 1-Gi complex ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-61913
タイトルFocused map of Human Lysophosphatidic Acid Receptor 1-Gi complex bound to CpY
マップデータ
試料
  • 複合体: Human Lysophosphatidic Acid Receptor 1-Gi complex bound to ONO-0740556
    • 複合体: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
    • 複合体: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1
    • 複合体: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
    • 複合体: Lysophosphatidic Acid Receptor 1
    • 複合体: scFv16
キーワードGPCR / MEMBRANE PROTEIN
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ) / Homo sapiens (ヒト) / Bos taurus (ウシ) / Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.12 Å
データ登録者Akasaka H / Shihoya W / Nureki O
資金援助 日本, 1件
OrganizationGrant number国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)21H05037 日本
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2024
タイトル: Structural mechanisms of potent lysophosphatidic acid receptor 1 activation by nonlipid basic agonists.
著者: Hiroaki Akasaka / Fumiya K Sano / Wataru Shihoya / Osamu Nureki /
要旨: Lysophosphatidic acid receptor 1 (LPA) is one of the G protein-coupled receptors activated by the lipid mediator, lysophosphatidic acid (LPA). LPA is associated with a variety of diseases, and LPA ...Lysophosphatidic acid receptor 1 (LPA) is one of the G protein-coupled receptors activated by the lipid mediator, lysophosphatidic acid (LPA). LPA is associated with a variety of diseases, and LPA agonists have potential therapeutic value for treating obesity and depression. Although potent nonlipid LPA agonists have recently been identified, the mechanisms of nonlipid molecule-mediated LPA activation remain unclear. Here, we report a cryo-electron microscopy structure of the human LPA-G complex bound to a nonlipid basic agonist, CpY, which has 30-fold higher agonistic activity as compared with LPA. Structural comparisons of LPA with other lipid GPCRs revealed that the negative charge in the characteristic binding pocket of LPA allows the selective recognition of CpY, which lacks a polar head. In addition, our structure show that the ethyl group of CpY directly pushes W271 to fix the active conformation. Endogenous LPA lacks these chemical features, which thus represent the crucial elements of nonlipid agonists that potently activate LPA. This study provides detailed mechanistic insights into the ligand recognition and activation of LPA by nonlipid agonists, expanding the scope for drug development targeting the LPA receptors.
履歴
登録2024年10月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年11月27日-
マップ公開2024年11月27日-
更新2024年11月27日-
現状2024年11月27日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_61913.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_61913.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.16 Å/pix.
x 200 pix.
= 232.4 Å		1.16 Å/pix.
x 200 pix.
= 232.4 Å		1.16 Å/pix.
x 200 pix.
= 232.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.162 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.8
最小 - 最大-7.059213 - 7.8409452
平均 (標準偏差)-0.00016722058 (±0.099249594)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ200200200
Spacing200200200
セルA=B=C: 232.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_61913_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_61913_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_61913_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Human Lysophosphatidic Acid Receptor 1-Gi complex bound to ONO-0740556

全体名称: Human Lysophosphatidic Acid Receptor 1-Gi complex bound to ONO-0740556
要素
  • 複合体: Human Lysophosphatidic Acid Receptor 1-Gi complex bound to ONO-0740556
    • 複合体: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
    • 複合体: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1
    • 複合体: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
    • 複合体: Lysophosphatidic Acid Receptor 1
    • 複合体: scFv16

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超分子 #1: Human Lysophosphatidic Acid Receptor 1-Gi complex bound to ONO-0740556

超分子名称: Human Lysophosphatidic Acid Receptor 1-Gi complex bound to ONO-0740556
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5

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超分子 #2: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1

超分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)

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超分子 #3: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1

超分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1
タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #4: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2

超分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)

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超分子 #5: Lysophosphatidic Acid Receptor 1

超分子名称: Lysophosphatidic Acid Receptor 1 / タイプ: complex / ID: 5 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #4
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #6: scFv16

超分子名称: scFv16 / タイプ: complex / ID: 6 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #5
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度7 mg/mL
緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

7dh5

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.12 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 277596
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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