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- EMDB-61909: core proteins of mature T7 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-61909
タイトルcore proteins of mature T7
マップデータcore proteins of T7
試料
  • ウイルス: Escherichia phage T7 (ファージ)
    • タンパク質・ペプチド: Protein 6.7
    • タンパク質・ペプチド: Internal virion protein gp14
    • タンパク質・ペプチド: Internal virion protein gp15
    • タンパク質・ペプチド: Peptidoglycan transglycosylase gp16
キーワードComplex / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont genome ejection through host cell envelope / : / symbiont entry into host cell via disruption of host cell wall peptidoglycan / peptidoglycan lytic transglycosylase activity / symbiont genome ejection through host cell envelope, short tail mechanism / peptidoglycan metabolic process / symbiont entry into host / T=7 icosahedral viral capsid / symbiont entry into host cell via disruption of host cell envelope / virion component ...symbiont genome ejection through host cell envelope / : / symbiont entry into host cell via disruption of host cell wall peptidoglycan / peptidoglycan lytic transglycosylase activity / symbiont genome ejection through host cell envelope, short tail mechanism / peptidoglycan metabolic process / symbiont entry into host / T=7 icosahedral viral capsid / symbiont entry into host cell via disruption of host cell envelope / virion component / killing of cells of another organism / hydrolase activity / defense response to bacterium / host cell plasma membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Bacteriophage T7-like, protein 6.7 / Bacteriophage T7-like, protein 6.7 / Internal virion protein Gp16 / Internal virion protein Gp14 / T7 virus internal virion protein gp14 family / Prokaryotic transglycosylase, active site / Prokaryotic transglycosylases signature. / Transglycosylase SLT domain 1 / Transglycosylase SLT domain / Lysozyme-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Internal virion protein gp14 / Peptidoglycan transglycosylase gp16 / Protein 6.7
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia phage T7 (ファージ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.0 Å
データ登録者Liu HR / Chen WY
資金援助 中国, 6件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)12034006 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32430020 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32071209 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32371263 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32200994 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32401014 中国
引用ジャーナル: J Virol / 年: 2025
タイトル: Conformational changes in and translocation of small proteins: insights into the ejection mechanism of podophages.
著者: Jing Zheng / Hao Xiao / Hao Pang / Li Wang / Jingdong Song / Wenyuan Chen / Lingpeng Cheng / Hongrong Liu /
要旨: Podophage tails are too short to span the cell envelope during infection. Consequently, podophages initially eject the core proteins within the head for the formation of an elongated trans-envelope ...Podophage tails are too short to span the cell envelope during infection. Consequently, podophages initially eject the core proteins within the head for the formation of an elongated trans-envelope channel for DNA ejection. Although the core proteins of bacteriophage T7 have been resolved at near-atomic resolution, the mechanisms of core proteins and DNA ejection remain to be fully elucidated. In this study, we provided improved structures of core proteins in mature T7 and the portal-tail complex in lipopolysaccharide-induced DNA-ejected T7 to resolutions of approximately 3 Å. Using these structures, we identified three small proteins, namely gp14, gp6.7, and gp7.3, and illustrated the conformational changes in and translocation of these proteins from the mature to DNA-ejected states. Our structures indicate that gp6.7, which participates in the assembly of the core and trans-envelope channel, is a core protein, and that gp7.3 serves as a structural scaffold to assist the assembly of the nozzle into the adaptor.
IMPORTANCE: Podophage T7 core proteins form an elongated trans-envelope channel for genomic DNA delivery into the host cell. The structures of the core proteins within the mature T7 and assembled in ...IMPORTANCE: Podophage T7 core proteins form an elongated trans-envelope channel for genomic DNA delivery into the host cell. The structures of the core proteins within the mature T7 and assembled in the periplasmic tunnel form in the DNA-ejected T7 have been resolved previously. Here, we resolved the structures of two new structural proteins (gp6.7 and gp7.3) within mature T7 and receptor-induced DNA-ejected T7. The gp6.7 protein participates in the assembly of the core complex within mature T7 and the trans-envelope channel during T7 infection; therefore, gp6.7 is a core protein. Before T7 infection, gp7.3 plays a role in promoting the assembly of the nozzle into the adaptor.
履歴
登録2024年10月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年12月11日-
マップ公開2024年12月11日-
更新2025年6月25日-
現状2025年6月25日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_61909.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_61909.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈core proteins of T7
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.06 Å/pix.
x 320 pix.
= 339.2 Å		1.06 Å/pix.
x 320 pix.
= 339.2 Å		1.06 Å/pix.
x 320 pix.
= 339.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.06 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 2.0
最小 - 最大-11.324947999999999 - 19.307162999999999
平均 (標準偏差)0.004073098 (±0.90823567)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-160-160-160
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 339.19998 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_61909_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_61909_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Escherichia phage T7

全体名称: Escherichia phage T7 (ファージ)
要素
  • ウイルス: Escherichia phage T7 (ファージ)
    • タンパク質・ペプチド: Protein 6.7
    • タンパク質・ペプチド: Internal virion protein gp14
    • タンパク質・ペプチド: Internal virion protein gp15
    • タンパク質・ペプチド: Peptidoglycan transglycosylase gp16

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超分子 #1: Escherichia phage T7

超分子名称: Escherichia phage T7 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 10760 / 生物種: Escherichia phage T7 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No

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分子 #1: Protein 6.7

分子名称: Protein 6.7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 8 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia phage T7 (ファージ)
分子量理論値: 9.354512 KDa
配列文字列:
MCFSPKIKTP KMDTNQIRAV EPAPLTQEVS SVEFGGSSDE TDTEGTEVSG RKGLKVERDD SVAKSKASGN GSARMKSSIR KSAFGGKK

UniProtKB: Protein 6.7

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分子 #2: Internal virion protein gp14

分子名称: Internal virion protein gp14 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 8 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia phage T7 (ファージ)
分子量理論値: 20.990842 KDa
配列文字列: MCWAAAIPIA ISGAQAISGQ NAQAKMIAAQ TAAGRRQAME IMRQTNIQNA DLSLQARSKL EEASAELTSQ NMQKVQAIGS IRAAIGESM LEGSSMDRIK RVTEGQFIRE ANMVTENYRR DYQAIFAQQL GGTQSAASQI DEIYKSEQKQ KSKLQMVLDP L AIMGSSAA ...文字列:
MCWAAAIPIA ISGAQAISGQ NAQAKMIAAQ TAAGRRQAME IMRQTNIQNA DLSLQARSKL EEASAELTSQ NMQKVQAIGS IRAAIGESM LEGSSMDRIK RVTEGQFIRE ANMVTENYRR DYQAIFAQQL GGTQSAASQI DEIYKSEQKQ KSKLQMVLDP L AIMGSSAA SAYASGAFDS KSTTKAPIVA AKGTKTGR

UniProtKB: Internal virion protein gp14

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分子 #3: Internal virion protein gp15

分子名称: Internal virion protein gp15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 8 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia phage T7 (ファージ)
分子量理論値: 84.454008 KDa
配列文字列: MSKIESALQA AQPGLSRLRG GAGGMGYRAA TTQAEQPRSS LLDTIGRFAK AGADMYTAKE QRARDLADER SNEIIRKLTP EQRREALNN GTLLYQDDPY AMEALRVKTG RNAAYLVDDD VMQKIKEGVF RTREEMEEYR HSRLQEGAKV YAEQFGIDPE D VDYQRGFN ...文字列:
MSKIESALQA AQPGLSRLRG GAGGMGYRAA TTQAEQPRSS LLDTIGRFAK AGADMYTAKE QRARDLADER SNEIIRKLTP EQRREALNN GTLLYQDDPY AMEALRVKTG RNAAYLVDDD VMQKIKEGVF RTREEMEEYR HSRLQEGAKV YAEQFGIDPE D VDYQRGFN GDITERNISL YGAHDNFLSQ QAQKGAIMNS RVELNGVLQD PDMLRRPDSA DFFEKYIDNG LVTGAIPSDA QA TQLISQA FSDASSRAGG ADFLMRVGDK KVTLNGATTT YRELIGEEQW NALMVTAQRS QFETDAKLNE QYRLKINSAL NQE DPRTAW EMLQGIKAEL DKVQPDEQMT PQREWLISAQ EQVQNQMNAW TKAQAKALDD SMKSMNKLDV IDKQFQKRIN GEWV STDFK DMPVNENTGE FKHSDMVNYA NKKLAEIDSM DIPDGAKDAM KLKYLQADSK DGAFRTAIGT MVTDAGQEWS AAVIN GKLP ERTPAMDALR RIRNADPQLI AALYPDQAEL FLTMDMMDKQ GIDPQVILDA DRLTVKRSKE QRFEDDKAFE SALNAS KAP EIARMPASLR ESARKIYDSV KYRSGNESMA MEQMTKFLKE STYTFTGDDV DGDTVGVIPK NMMQVNSDPK SWEQGRD IL EEARKGIIAS NPWITNKQLT MYSQGDSIYL MDTTGQVRVR YDKELLSKVW SENQKKLEEK AREKALADVN KRAPIVAA T KAREAAAKRV REKRKQTPKF IYGRKE

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分子 #4: Peptidoglycan transglycosylase gp16

分子名称: Peptidoglycan transglycosylase gp16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; 多糖に作用する
由来(天然)生物種: Escherichia phage T7 (ファージ)
分子量理論値: 144.028219 KDa
配列文字列: MDKYDKNVPS DYDGLFQKAA DANGVSYDLL RKVAWTESRF VPTAKSKTGP LGMMQFTKAT AKALGLRVTD GPDDDRLNPE LAINAAAKQ LAGLVGKFDG DELKAALAYN QGEGRLGNPQ LEAYSKGDFA SISEEGRNYM RNLLDVAKSP MAGQLETFGG I TPKGKGIP ...文字列:
MDKYDKNVPS DYDGLFQKAA DANGVSYDLL RKVAWTESRF VPTAKSKTGP LGMMQFTKAT AKALGLRVTD GPDDDRLNPE LAINAAAKQ LAGLVGKFDG DELKAALAYN QGEGRLGNPQ LEAYSKGDFA SISEEGRNYM RNLLDVAKSP MAGQLETFGG I TPKGKGIP AEVGLAGIGH KQKVTQELPE STSFDVKGIE QEATAKPFAK DFWETHGETL DEYNSRSTFF GFKNAAEAEL SN SVAGMAF RAGRLDNGFD VFKDTITPTR WNSHIWTPEE LEKIRTEVKN PAYINVVTGG SPENLDDLIK LANENFENDS RAA EAGLGA KLSAGIIGAG VDPLSYVPMV GVTGKGFKLI NKALVVGAES AALNVASEGL RTSVAGGDAD YAGAALGGFV FGAG MSAIS DAVAAGLKRS KPEAEFDNEF IGPMMRLEAR ETARNANSAD LSRMNTENMK FEGEHNGVPY EDLPTERGAV VLHDG SVLS ASNPINPKTL KEFSEVDPEK AARGIKLAGF TEIGLKTLGS DDADIRRVAI DLVRSPTGMQ SGASGKFGAT ASDIHE RLH GTDQRTYNDL YKAMSDAMKD PEFSTGGAKM SREETRYTIY RRAALAIERP ELQKALTPSE RIVMDIIKRH FDTKREL ME NPAIFGNTKA VSIFPESRHK GTYVPHVYDR HAKALMIQRY GAEGLQEGIA RSWMNSYVSR PEVKARVDEM LKELHGVK E VTPEMVEKYA MDKAYGISHS DQFTNSSIIE ENIEGLVGIE NNSFLEARNL FDSDLSITMP DGQQFSVNDL RDFDMFRIM PAYDRRVNGD IAIMGSTGKT TKELKDEILA LKAKAEGDGK KTGEVHALMD TVKILTGRAR RNQDTVWETS LRAINDLGFF AKNAYMGAQ NITEIAGMIV TGNVRALGHG IPILRDTLYK SKPVSAKELK ELHASLFGKE VDQLIRPKRA DIVQRLREAT D TGPAVANI VGTLKYSTQE LAARSPWTKL LNGTTNYLLD AARQGMLGDV ISATLTGKTT RWEKEGFLRG ASVTPEQMAG IK SLIKEHM VRGEDGKFTV KDKQAFSMDP RAMDLWRLAD KVADEAMLRP HKVSLQDSHA FGALGKMVMQ FKSFTIKSLN SKF LRTFYD GYKNNRAIDA ALSIITSMGL AGGFYAMAAH VKAYALPKEK RKEYLERALD PTMIAHAALS RSSQLGAPLA MVDL VGGVL GFESSKMARS TILPKDTVKE RDPNKPYTSR EVMGAMGSNL LEQMPSAGFV ANVGATLMNA AGVVNSPNKA TEQDF MTGL MNSTKELVPN DPLTQQLVLK IYEANGVNLR ERRK

UniProtKB: Peptidoglycan transglycosylase gp16

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 35.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 45731
初期 角度割当タイプ: COMMON LINE
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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