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- EMDB-61843: Yeast Mitochondrial PORIN complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-61843
タイトルYeast Mitochondrial PORIN complex
マップデータ
試料
  • 複合体: Yeast mitochondrial PORIN complex (VDAC1 hexamer)
    • タンパク質・ペプチド: Non-selective voltage-gated ion channel 1
キーワードTRANSPORT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


mitochondrial inner-outer membrane contact site / DNA transport / Pyruvate metabolism / PINK1-PRKN Mediated Mitophagy / voltage-gated monoatomic anion channel activity / phospholipid scramblase activity / phospholipid translocation / porin activity / pore complex / ubiquinone binding ...mitochondrial inner-outer membrane contact site / DNA transport / Pyruvate metabolism / PINK1-PRKN Mediated Mitophagy / voltage-gated monoatomic anion channel activity / phospholipid scramblase activity / phospholipid translocation / porin activity / pore complex / ubiquinone binding / monoatomic ion transport / cell redox homeostasis / mitochondrion organization / mitochondrial intermembrane space / positive regulation of protein import into nucleus / mitochondrial outer membrane / apoptotic process / mitochondrion / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Eukaryotic mitochondrial porin signature. / Porin, eukaryotic type / Eukaryotic porin/Tom40 / Eukaryotic porin / Porin domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Non-selective voltage-gated ion channel 1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Takeda H / Endo T / Kikkawa M / Tsutsumi A
資金援助 日本, 1件
OrganizationGrant number国
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED) 日本
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Oligomer-based functions of mitochondrial porin.
著者: Hironori Takeda / Saori Shinoda / Chiho Goto / Akihisa Tsutsumi / Haruka Sakaue / Chunming Zhang / Takashi Hirashima / Yuta Konishi / Haruka Ono / Yu Yamamori / Kentaro Tomii / Hiroya Shiino ...著者: Hironori Takeda / Saori Shinoda / Chiho Goto / Akihisa Tsutsumi / Haruka Sakaue / Chunming Zhang / Takashi Hirashima / Yuta Konishi / Haruka Ono / Yu Yamamori / Kentaro Tomii / Hiroya Shiino / Yasushi Tamura / Solène Zuttion / Bruno Senger / Sylvie Friant / Hubert D Becker / Yuhei Araiso / Nanako Kobayashi / Noriyuki Kodera / Masahide Kikkawa / Toshiya Endo /
要旨: Porin, or the voltage-dependent anion channel (VDAC), is a primary β-barrel channel in the mitochondrial outer membrane. It transports small metabolites and ions through its β-barrel pore and plays ...Porin, or the voltage-dependent anion channel (VDAC), is a primary β-barrel channel in the mitochondrial outer membrane. It transports small metabolites and ions through its β-barrel pore and plays key roles in apoptosis and inflammatory response. Here we report the cryo-electron microscopy structure of yeast porin (Por1) in its hexameric form at 3.2 Å resolution. This structure allows us to introduce various mutations at the protomer interfaces, uncovering three critical functions of Por1 assembly beyond transport. Por1 binds unassembled Tom22, a subunit of the mitochondrial protein import gate (the TOM complex), to facilitate protein import into the intermembrane space, maintains proper mitochondrial lipid composition in the outer membrane through lipid scramblase activity, and contributes to the retention and regulated loss of mitochondrial DNA, in cooperation with nucleases identified through screening enabled by the obtained Por1 mutant.
履歴
登録2024年10月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年8月13日-
マップ公開2025年8月13日-
更新2025年8月13日-
現状2025年8月13日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_61843.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_61843.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.25 Å/pix.
x 256 pix.
= 318.72 Å		1.25 Å/pix.
x 256 pix.
= 318.72 Å		1.25 Å/pix.
x 256 pix.
= 318.72 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.245 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.00018
最小 - 最大-0.0027521143 - 0.0033103367
平均 (標準偏差)0.00000018461769 (±0.00005898587)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 318.72 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_61843_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_61843_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Yeast mitochondrial PORIN complex (VDAC1 hexamer)

全体名称: Yeast mitochondrial PORIN complex (VDAC1 hexamer)
要素
  • 複合体: Yeast mitochondrial PORIN complex (VDAC1 hexamer)
    • タンパク質・ペプチド: Non-selective voltage-gated ion channel 1

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超分子 #1: Yeast mitochondrial PORIN complex (VDAC1 hexamer)

超分子名称: Yeast mitochondrial PORIN complex (VDAC1 hexamer) / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)

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分子 #1: Non-selective voltage-gated ion channel 1

分子名称: Non-selective voltage-gated ion channel 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
分子量理論値: 30.455377 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MSPPVYSDIS RNINDLLNKD FYHATPAAFD VQTTTANGIK FSLKAKQPVK DGPLSTNVEA KLNDKQTGLG LTQGWSNTNN LQTKLEFAN LTPGLKNELI TSLTPGVAKS AVLNTTFTQP FFTARGAFDL CLKSPTFVGD LTMAHEGIVG GAEFGYDISA G SISRYAMA ...文字列:
MSPPVYSDIS RNINDLLNKD FYHATPAAFD VQTTTANGIK FSLKAKQPVK DGPLSTNVEA KLNDKQTGLG LTQGWSNTNN LQTKLEFAN LTPGLKNELI TSLTPGVAKS AVLNTTFTQP FFTARGAFDL CLKSPTFVGD LTMAHEGIVG GAEFGYDISA G SISRYAMA LSYFAKDYSL GATLNNEQIT TVDFFQNVNA FLQVGAKATM NCKLPNSNVN IEFATRYLPD ASSQVKAKVS DS GIVTLAY KQLLRPGVTL GVGSSFDALK LSEPVHKLGW SLSFDA

UniProtKB: Non-selective voltage-gated ion channel 1

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態3D array

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOCONTINUUM (6k x 4k)
平均電子線量: 48.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: OTHER
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER / 最大 デフォーカス（公称値）: 5.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 78760
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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