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万見
- EMDB-61836: Cryo-EM structure of transporter2a1_PGE2 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-61836
タイトルCryo-EM structure of transporter2a1_PGE2
マップデータ
試料
  • 複合体: complex of transporter2a1_pge2
    • タンパク質・ペプチド: Solute carrier organic anion transporter family member 2A1
  • リガンド: (Z)-7-[(1R,2R,3R)-3-hydroxy-2-[(E,3S)-3-hydroxyoct-1-enyl]-5-oxo-cyclopentyl]hept-5-enoic acid
キーワードMFS transporter / TRANSPORT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Defective SLCO2A1 causes primary, autosomal recessive hypertrophic osteoarthropathy 2 (PHOAR2) / Organic anion transport by SLCO transporters / sodium-independent organic anion transport / : / prostaglandin transport / prostaglandin transmembrane transporter activity / lipid transporter activity / lipid transport / basal plasma membrane / basolateral plasma membrane ...Defective SLCO2A1 causes primary, autosomal recessive hypertrophic osteoarthropathy 2 (PHOAR2) / Organic anion transport by SLCO transporters / sodium-independent organic anion transport / : / prostaglandin transport / prostaglandin transmembrane transporter activity / lipid transporter activity / lipid transport / basal plasma membrane / basolateral plasma membrane / lysosome / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Organic anion transporter polypeptide / Organic Anion Transporter Polypeptide (OATP) family / Kazal-type serine protease inhibitor domain / Kazal domain superfamily / Kazal domain / Kazal domain profile. / Major facilitator superfamily domain / Major facilitator superfamily (MFS) profile. / MFS transporter superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Solute carrier organic anion transporter family member 2A1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Jiang DH / Xia ZY
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31971134 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Structure and transport mechanism of the human prostaglandin transporter SLCO2A1.
著者: Zhanyi Xia / Guangyuan Lu / Di Wu / Jun Zhao / Bowen Zhang / Haoran Xu / Yingying Du / Daohua Jiang /
要旨: SLCO2A1 is a member of the organic anion transporting polypeptide (OATP) family, which preferentially transports prostaglandins (PGs) into cells and plays a vital role in regulating PGs inactivation ...SLCO2A1 is a member of the organic anion transporting polypeptide (OATP) family, which preferentially transports prostaglandins (PGs) into cells and plays a vital role in regulating PGs inactivation and distribution. Dysregulation or genetic mutation of SLCO2A1 is associated with primary hypertrophic osteoarthropathy (PHO) and chronic enteropathy associated with the SLCO2A1 gene (CEAS). Although the biophysical and biochemical properties of SLCO2A1 have been characterized, the precise mechanism by which SLCO2A1 recognizes and transports PGs remains unclear. Here, we present the cryo-electron microscopy structures of human SLCO2A1 in apo and PGE-bound forms, revealing the detailed structural features and structural basis for PGs transport. Fatty acid-like PGE binds in the central cavity, engaging in specific interactions with W565 and two serine residues, which are not conserved in other OATPs. Combined with functional assays and structural comparisons, this study offers mechanistic insights into PGE recognition, substrate selectivity, conformational changes, and pathology of SLCO2A1.
履歴
登録2024年10月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年9月10日-
マップ公開2025年9月10日-
更新2025年9月10日-
現状2025年9月10日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_61836.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_61836.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.85 Å/pix.
x 320 pix.
= 272. Å		0.85 Å/pix.
x 320 pix.
= 272. Å		0.85 Å/pix.
x 320 pix.
= 272. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.85 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.562
最小 - 最大-2.27582 - 3.7790184
平均 (標準偏差)-0.0029474115 (±0.071125746)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 272.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_61836_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_61836_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : complex of transporter2a1_pge2

全体名称: complex of transporter2a1_pge2
要素
  • 複合体: complex of transporter2a1_pge2
    • タンパク質・ペプチド: Solute carrier organic anion transporter family member 2A1
  • リガンド: (Z)-7-[(1R,2R,3R)-3-hydroxy-2-[(E,3S)-3-hydroxyoct-1-enyl]-5-oxo-cyclopentyl]hept-5-enoic acid

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超分子 #1: complex of transporter2a1_pge2

超分子名称: complex of transporter2a1_pge2 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Solute carrier organic anion transporter family member 2A1

分子名称: Solute carrier organic anion transporter family member 2A1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 70.103898 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MGLLPKLGAS QGSDTSTSRA GRCARSVFGN IKVFVLCQGL LQLCQLLYSA YFKSSLTTIE KRFGLSSSSS GLISSLNEIS NAILIIFVS YFGSRVHRPR LIGIGGLFLA AGAFILTLPH FLSEPYQYTL ASTGNNSRLQ AELCQKHWQD LPPSKCHSTT Q NPQKETSS ...文字列:
MGLLPKLGAS QGSDTSTSRA GRCARSVFGN IKVFVLCQGL LQLCQLLYSA YFKSSLTTIE KRFGLSSSSS GLISSLNEIS NAILIIFVS YFGSRVHRPR LIGIGGLFLA AGAFILTLPH FLSEPYQYTL ASTGNNSRLQ AELCQKHWQD LPPSKCHSTT Q NPQKETSS MWGLMVVAQL LAGIGTVPIQ PFGISYVDDF SEPSNSPLYI SILFAISVFG PAFGYLLGSV MLQIFVDYGR VN TAAVNLV PGDPRWIGAW WLGLLISSAL LVLTSFPFFF FPRAMPIGAK RAPATADEAR KLEEAKSRGS LVDFIKRFPC IFL RLLMNS LFVLVVLAQC TFSSVIAGLS TFLNKFLEKQ YGTSAAYANF LIGAVNLPAA ALGMLFGGIL MKRFVFSLQA IPRI ATTII TISMILCVPL FFMGCSTPTV AEVYPPSTSS SIHPQSPACR RDCSCPDSIF HPVCGDNGIE YLSPCHAGCS NINMS SATS KQLIYLNCSC VTGGSASAKT GSCPVPCAHF LLPAIFLISF VSLIACISHN PLYMMVLRVV NQEEKSFAIG VQFLLM RLL AWLPSPALYG LTIDHSCIRW NSLCLGRRGA CAYYDNDALR DRYLGLQMGY KALGMLLLCF ISWRVKKNKE YNVQKAA GL I

UniProtKB: Solute carrier organic anion transporter family member 2A1

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分子 #2: (Z)-7-[(1R,2R,3R)-3-hydroxy-2-[(E,3S)-3-hydroxyoct-1-enyl]-5-oxo-...

分子名称: (Z)-7-[(1R,2R,3R)-3-hydroxy-2-[(E,3S)-3-hydroxyoct-1-enyl]-5-oxo-cyclopentyl]hept-5-enoic acid
タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 1 / 式: P2E
分子量理論値: 352.465 Da
Chemical component information

ChemComp-P2E:
(Z)-7-[(1R,2R,3R)-3-hydroxy-2-[(E,3S)-3-hydroxyoct-1-enyl]-5-oxo-cyclopentyl]hept-5-enoic acid

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 259151
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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