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- EMDB-61833: Structure of Arabidopsis thaliana ABCB1 with AMP-PNP bound in the... -

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登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-61833
タイトルStructure of Arabidopsis thaliana ABCB1 with AMP-PNP bound in the outward-facing conformation
マップデータ
試料
  • 複合体: Structure of Arabidopsis thaliana ABCB1 with AMP-PNP bound in the outward-facing conformation
    • タンパク質・ペプチド: ABC transporter B family member 1
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER
キーワードABCB1 / auxin transport / brassinolide (BL) transport / TRANSPORT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


auxin influx transmembrane transporter activity / anthocyanin accumulation in tissues in response to UV light / response to red or far red light / auxin export across the plasma membrane / stamen development / positive gravitropism / auxin efflux transmembrane transporter activity / auxin polar transport / response to blue light / photomorphogenesis ...auxin influx transmembrane transporter activity / anthocyanin accumulation in tissues in response to UV light / response to red or far red light / auxin export across the plasma membrane / stamen development / positive gravitropism / auxin efflux transmembrane transporter activity / auxin polar transport / response to blue light / photomorphogenesis / response to auxin / auxin-activated signaling pathway / plasmodesma / response to nematode / regulation of cell size / ATPase-coupled transmembrane transporter activity / ABC-type transporter activity / endoplasmic reticulum / ATP hydrolysis activity / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Type 1 protein exporter / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. ...Type 1 protein exporter / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ABC transporter B family member 1
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Chen Q / Su N / Guo J
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32400995 中国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2025
タイトル: Structures and mechanisms of the ABC transporter ABCB1 from Arabidopsis thaliana.
著者: Qian Chen / Li Zhu / Sufen Zhang / Shuai Qiao / Zhong Jie Ding / Shao Jian Zheng / Jiangtao Guo / Nannan Su /
要旨: The Arabidopsis thaliana auxin transporter ABCB1 plays a fundamental role in the regulation of plant growth and development. While its homolog ABCB19 was previously shown to transport ...The Arabidopsis thaliana auxin transporter ABCB1 plays a fundamental role in the regulation of plant growth and development. While its homolog ABCB19 was previously shown to transport brassinosteroids (BR), another class of essential hormones, the ability of ABCB1 to mediate BR transport has remained unexplored. In this study we show that ABCB1 also transports brassinosteroids with an in vitro brassinolide (BL) transport assay. Using single-particle cryo-electron microscopy, we determined ABCB1 structures in multiple inward-facing conformations in the apo state, ANP-bound state, BL-bound state, and the both BL- and ANP-bound state. BL binds to the large cavity of two transmembrane domains, inducing a slight conformational change. Additionally, we obtained the structure of ABCB1 in an outward-facing conformation. By comparing these different conformations, we elucidated the possible mechanism of hormone transport by ABCB1. These high-resolution structures help us to understand the structural basis for hormone recognition and transport mechanisms of ABCB1.
履歴
登録2024年10月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年3月5日-
マップ公開2025年3月5日-
更新2025年5月14日-
現状2025年5月14日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_61833.png

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_61833.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 52.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

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その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.93 Å/pix.
x 240 pix.
= 223.2 Å		0.93 Å/pix.
x 240 pix.
= 223.2 Å		0.93 Å/pix.
x 240 pix.
= 223.2 Å

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投影像

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ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.93 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.024
最小 - 最大-0.07225409 - 0.12524039
平均 (標準偏差)0.000013757856 (±0.004673631)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ240240240
Spacing240240240
セルA=B=C: 223.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_61833_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_61833_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Structure of Arabidopsis thaliana ABCB1 with AMP-PNP bound in the...

全体名称: Structure of Arabidopsis thaliana ABCB1 with AMP-PNP bound in the outward-facing conformation
要素
  • 複合体: Structure of Arabidopsis thaliana ABCB1 with AMP-PNP bound in the outward-facing conformation
    • タンパク質・ペプチド: ABC transporter B family member 1
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER

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超分子 #1: Structure of Arabidopsis thaliana ABCB1 with AMP-PNP bound in the...

超分子名称: Structure of Arabidopsis thaliana ABCB1 with AMP-PNP bound in the outward-facing conformation
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

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分子 #1: ABC transporter B family member 1

分子名称: ABC transporter B family member 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 145.318953 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MDYKDDDDKW SHPQFEKGGG GSGGSAWSHP QFEKEFKGLV DMDNDGGAPP PPPTLVVEEP KKAEIRGVAF KELFRFADGL DYVLMGIGS VGAFVHGCSL PLFLRFFADL VNSFGSNSNN VEKMMEEVLK YALYFLVVGA AIWASSWAEI SCWMWSGERQ T TKMRIKYL ...文字列:
MDYKDDDDKW SHPQFEKGGG GSGGSAWSHP QFEKEFKGLV DMDNDGGAPP PPPTLVVEEP KKAEIRGVAF KELFRFADGL DYVLMGIGS VGAFVHGCSL PLFLRFFADL VNSFGSNSNN VEKMMEEVLK YALYFLVVGA AIWASSWAEI SCWMWSGERQ T TKMRIKYL EAALNQDIQF FDTEVRTSDV VFAINTDAVM VQDAISEKLG NFIHYMATFV SGFIVGFTAV WQLALVTLAV VP LIAVIGG IHTTTLSKLS NKSQESLSQA GNIVEQTVVQ IRVVMAFVGE SRASQAYSSA LKIAQKLGYK TGLAKGMGLG ATY FVVFCC YALLLWYGGY LVRHHLTNGG LAIATMFAVM IGGLALGQSA PSMAAFAKAK VAAAKIFRII DHKPTIERNS ESGV ELDSV TGLVELKNVD FSYPSRPDVK ILNNFCLSVP AGKTIALVGS SGSGKSTVVS LIERFYDPNS GQVLLDGQDL KTLKL RWLR QQIGLVSQEP ALFATSIKEN ILLGRPDADQ VEIEEAARVA NAHSFIIKLP DGFDTQVGER GLQLSGGQKQ RIAIAR AML KNPAILLLDE ATSALDSESE KLVQEALDRF MIGRTTLIIA HRLSTIRKAD LVAVLQQGSV SEIGTHDELF SKGENGV YA KLIKMQEAAH ETAMSNARKS SARPSSARNS VSSPIMTRNS SYGRSPYSRR LSDFSTSDFS LSIDASSYPN YRNEKLAF K DQANSFWRLA KMNSPEWKYA LLGSVGSVIC GSLSAFFAYV LSAVLSVYYN PDHEYMIKQI DKYCYLLIGL SSAALVFNT LQHSFWDIVG ENLTKRVREK MLSAVLKNEM AWFDQEENES ARIAARLALD ANNVRSAIGD RISVIVQNTA LMLVACTAGF VLQWRLALV LVAVFPVVVA ATVLQKMFMT GFSGDLEAAH AKGTQLAGEA IANVRTVAAF NSEAKIVRLY TANLEPPLKR C FWKGQIAG SGYGVAQFCL YASYALGLWY ASWLVKHGIS DFSKTIRVFM VLMVSANGAA ETLTLAPDFI KGGQAMRSVF EL LDRKTEI EPDDPDTTPV PDRLRGEVEL KHIDFSYPSR PDIQIFRDLS LRARAGKTLA LVGPSGCGKS SVISLIQRFY EPS SGRVMI DGKDIRKYNL KAIRKHIAIV PQEPCLFGTT IYENIAYGHE CATEAEIIQA ATLASAHKFI SALPEGYKTY VGER GVQLS GGQKQRIAIA RALVRKAEIM LLDEATSALD AESERSVQEA LDQACSGRTS IVVAHRLSTI RNAHVIAVID DGKVA EQGS HSHLLKNHPD GIYARMIQLQ RFTHTQVIGM TSGSSSRVKE DDA

UniProtKB: ABC transporter B family member 1

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分子 #2: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 2 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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分子 #3: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER

分子名称: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 2 / 式: ANP
分子量理論値: 506.196 Da
Chemical component information

ChemComp-ANP:
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP / AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
平均露光時間: 3.42 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm
最大 デフォーカス（公称値）: 1.4000000000000001 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 46629
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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