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- EMDB-61826: Cryo-EM structure of human hyaluronidase PH-20 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-61826
タイトルCryo-EM structure of human hyaluronidase PH-20
マップデータ
試料
  • 複合体: Complex of human hyaluronidase PH-20 and 79C11Fab
    • 複合体: hyaluronidase PH-20
      • タンパク質・ペプチド: Hyaluronidase PH-20
    • 複合体: 79C11Fab
      • タンパク質・ペプチド: Heavy chain of 79C11Fab
      • タンパク質・ペプチド: Light chain of 79C11Fab
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードhyaluronidase / endoglycosidase hydrolase / fab complex / HYDROLASE / HYDROLASE-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


hyaluronoglucosaminidase / Interaction With Cumulus Cells And The Zona Pellucida / fusion of sperm to egg plasma membrane involved in single fertilization / hyalurononglucosaminidase activity / hyaluronan catabolic process / binding of sperm to zona pellucida / side of membrane / acrosomal vesicle / carbohydrate metabolic process / cell adhesion / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Hyaluronidase PH20/Hyaluronidase-5 / Hyaluronidase / Hyaluronidase / Aldolase-type TIM barrel / Glycoside hydrolase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Hyaluronidase PH-20
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Im S-B / Jeong T-K / Kim N / Oh B-H
資金援助 韓国, 2件
OrganizationGrant number国
Other government2023R1A2C3007329 韓国
Other governmentNRF-2021M3A9G8025599 韓国
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2025
タイトル: Cryo-EM Structure of Human Hyaluronidase PH-20.
著者: Seong-Bin Im / Hyung Nam Song / Tae-Kyeong Jeong / Nayun Kim / Kyuwan Kim / Soon-Jae Park / Byung-Ha Oh /
要旨: PH-20 is a specific type of hyaluronidase that plays a critical role in the fertilization process by facilitating the initial binding of sperm to the glycoprotein layer surrounding the oocyte and ...PH-20 is a specific type of hyaluronidase that plays a critical role in the fertilization process by facilitating the initial binding of sperm to the glycoprotein layer surrounding the oocyte and subsequently breaking down hyaluronic acid polymers in the cumulus cell layer. PH-20 contains an epidermal growth factor (EGF)-like domain, which may be involved in the recognition of the glycoprotein layer in addition to the catalytic domain. Herein, we report the structure of human PH-20 determined by cryogenic electron microscopy. Comparative analyses of the PH-20 structure with two other available hyaluronidase structures reveal a general similarity in the central catalytic domains, including the conservation of catalytically essential residues at the equivalent spatial positions. However, unique difference is found in the EGF-like domain, characterized by a longer sequence that is likely to form a flexibly anchored β-hairpin containing a disulfide bond.
履歴
登録2024年10月7日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年10月30日-
マップ公開2024年10月30日-
更新2025年4月16日-
現状2025年4月16日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_61826.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_61826.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.66 Å/pix.
x 400 pix.
= 265.6 Å		0.66 Å/pix.
x 400 pix.
= 265.6 Å		0.66 Å/pix.
x 400 pix.
= 265.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.664 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.12
最小 - 最大-1.0531079 - 1.3568425
平均 (標準偏差)-0.00011516294 (±0.021123983)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 265.59998 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_61826_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_61826_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Complex of human hyaluronidase PH-20 and 79C11Fab

全体名称: Complex of human hyaluronidase PH-20 and 79C11Fab
要素
  • 複合体: Complex of human hyaluronidase PH-20 and 79C11Fab
    • 複合体: hyaluronidase PH-20
      • タンパク質・ペプチド: Hyaluronidase PH-20
    • 複合体: 79C11Fab
      • タンパク質・ペプチド: Heavy chain of 79C11Fab
      • タンパク質・ペプチド: Light chain of 79C11Fab
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: Complex of human hyaluronidase PH-20 and 79C11Fab

超分子名称: Complex of human hyaluronidase PH-20 and 79C11Fab / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
分子量理論値: 90 KDa

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超分子 #2: hyaluronidase PH-20

超分子名称: hyaluronidase PH-20 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #3: 79C11Fab

超分子名称: 79C11Fab / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#3
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)

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分子 #1: Hyaluronidase PH-20

分子名称: Hyaluronidase PH-20 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: hyaluronoglucosaminidase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 46.610211 KDa
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
配列文字列: NFRAPPVIPN VPFLWAWNAP SEFCLGKFDE PLDMSLFSFI GSPRINATGQ GVTIFYVDRL GYYPYIDSIT GVTVNGGIPQ KISLQDHLD KAKKDITFYM PVDNLGMAVI DWEEWRPTWA RNWKPKDVYK NRSIELVQQQ NVQLSLTEAT EKAKQEFEKA G KDFLVETI ...文字列:
NFRAPPVIPN VPFLWAWNAP SEFCLGKFDE PLDMSLFSFI GSPRINATGQ GVTIFYVDRL GYYPYIDSIT GVTVNGGIPQ KISLQDHLD KAKKDITFYM PVDNLGMAVI DWEEWRPTWA RNWKPKDVYK NRSIELVQQQ NVQLSLTEAT EKAKQEFEKA G KDFLVETI KLGKLLRPNH LWGYYLFPDC YNHHYKKPGY NGSCFNVEIK RNDDLSWLWN ESTALYPSIY LNTQQSPVAA TL YVRNRVR EAIRVSKIPD AKSPLPVFAY TRIVFTDQVL KFLSQDELVY TFGETVALGA SGIVIWGTLS IMRSMKSCLL LDN YMETIL NPYIINVTLA AKMCSQVLCQ EQGVCIRKNW NSSDYLHLNP DNFAIQLEKG GKFTVRGKPT LEDLEQFSEK FYCS CYSTL S

UniProtKB: Hyaluronidase PH-20

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分子 #2: Heavy chain of 79C11Fab

分子名称: Heavy chain of 79C11Fab / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 22.664252 KDa
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
配列文字列: QSVEESGGRL VTPGGSLTLT CTVSGFSLSS NAISWVRQAP GKGLEYIGII STSGSTYYAN WAKGRFTISK TSTTVDLKMT SLTTEDTAT YFCARDGAYD DFAYYFDLWG QGTLVTVSSG QPKAPSVFPL APCCGDTPSS TVTLGCLVKG YLPEPVTVTW N SGTLTNGV ...文字列:
QSVEESGGRL VTPGGSLTLT CTVSGFSLSS NAISWVRQAP GKGLEYIGII STSGSTYYAN WAKGRFTISK TSTTVDLKMT SLTTEDTAT YFCARDGAYD DFAYYFDLWG QGTLVTVSSG QPKAPSVFPL APCCGDTPSS TVTLGCLVKG YLPEPVTVTW N SGTLTNGV RTFPSVRQSS GLYSLSSVVS VTSSSQPVTC NVAHPATNTK VDKTVAPS

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分子 #3: Light chain of 79C11Fab

分子名称: Light chain of 79C11Fab / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 22.270688 KDa
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
配列文字列: ALVMTQTPSS VSAAVGGTVT INCQASQNIY SGLAWYQQKL GQPPKLLIYK ASTLASGVPS RFKGSGSGTQ FTLTISGVQC DDAATYYCQ LAYSSTNVDN AFGGGTEVVV KGDPVAPTVL IFPPAADQVA TGTVTIVCVA NKYFPDVTVT WEVDGTTQTT G IENSKTPQ ...文字列:
ALVMTQTPSS VSAAVGGTVT INCQASQNIY SGLAWYQQKL GQPPKLLIYK ASTLASGVPS RFKGSGSGTQ FTLTISGVQC DDAATYYCQ LAYSSTNVDN AFGGGTEVVV KGDPVAPTVL IFPPAADQVA TGTVTIVCVA NKYFPDVTVT WEVDGTTQTT G IENSKTPQ NSADCTYNLS STLTLTSTQY NSHKEYTCKV TQGTTSVVQS FNRG

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分子 #5: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 3 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 69.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm
最大 デフォーカス（公称値）: 2.3000000000000003 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 278638
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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