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- EMDB-61814: Human glucose 6 phosphate catalytic subunit 1 (hG6PC1) bound with F6P. -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-61814
タイトルHuman glucose 6 phosphate catalytic subunit 1 (hG6PC1) bound with F6P.
マップデータ
試料
  • 複合体: Glucose 6 phosphate catalytic subunit 1
    • タンパク質・ペプチド: Glucose-6-phosphatase catalytic subunit 1,GSlinker-HRV3C-GFP-twin strep
  • リガンド: O-[(R)-{[(2R)-2,3-bis(octadecanoyloxy)propyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]-L-serine
  • リガンド: 6-O-phosphono-beta-D-fructofuranose
キーワードmembrane protein / glucose metabolism / HYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


glucose-6-phosphatase / Glycogen storage disease type Ia (G6PC) / glucose-6-phosphatase activity / glucose-6-phosphate transport / phosphotransferase activity, alcohol group as acceptor / response to resveratrol / urate metabolic process / glucose 6-phosphate metabolic process / Gluconeogenesis / response to carbohydrate ...glucose-6-phosphatase / Glycogen storage disease type Ia (G6PC) / glucose-6-phosphatase activity / glucose-6-phosphate transport / phosphotransferase activity, alcohol group as acceptor / response to resveratrol / urate metabolic process / glucose 6-phosphate metabolic process / Gluconeogenesis / response to carbohydrate / glycogen catabolic process / triglyceride metabolic process / response to food / glycogen metabolic process / phosphate ion binding / steroid metabolic process / FOXO-mediated transcription of oxidative stress, metabolic and neuronal genes / cholesterol homeostasis / gluconeogenesis / multicellular organism growth / cellular response to insulin stimulus / glucose homeostasis / regulation of gene expression / endoplasmic reticulum membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Glucose-6-phosphatase / Acid phosphatase homologues / Phosphatidic acid phosphatase type 2/haloperoxidase / PAP2 superfamily / Phosphatidic acid phosphatase type 2/haloperoxidase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Glucose-6-phosphatase catalytic subunit 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Chen Q / Zhao Y / Wang Y
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
Chinese Academy of Sciences 中国
引用ジャーナル: Cell Discov / 年: 2025
タイトル: The induced-fit and catalytic mechanisms of human G6PC1.
著者: Qihao Chen / Yuhang Wang / Renjie Li / Qinru Bai / Yan Zhao /
要旨: Human glucose-6-phosphatase catalytic subunit 1 (hG6PC1) is a key enzyme in glucose metabolism, governing the final common step of gluconeogenesis and glycogenolysis, and directly regulating energy ...Human glucose-6-phosphatase catalytic subunit 1 (hG6PC1) is a key enzyme in glucose metabolism, governing the final common step of gluconeogenesis and glycogenolysis, and directly regulating energy homeostasis. Aberrant mutations in G6PC1 directly cause glycogen storage disease type 1a, which is characterized by chronic hypoglycemia and glycogen accumulation. Additionally, abnormal G6PC1 function leads to increased fasting blood glucose. Consequently, it is a critical target for treating glucose metabolism disorders. In this study, we determine the cryo-EM structures of G6PC1 in both the partially open and fully open states, in either the apo form or in complex with the substrates G6P or F6P and the product phosphate. These structures offer distinct insights into the mechanism of hydrolysis and induced-fit, providing a structural foundation for the diagnostic analysis of disease-causing mutations in G6PC1. Moreover, we propose a potential mechanism by which phosphatidylserine regulates G6PC1 activity, providing a novel perspective on its role and implications.
履歴
登録2024年10月5日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年8月6日-
マップ公開2025年8月6日-
更新2025年8月6日-
現状2025年8月6日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_61814.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_61814.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

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明度
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その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.85 Å/pix.
x 256 pix.
= 217.6 Å		0.85 Å/pix.
x 256 pix.
= 217.6 Å		0.85 Å/pix.
x 256 pix.
= 217.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.85 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.223
最小 - 最大-1.6562701 - 2.1147065
平均 (標準偏差)0.00029177952 (±0.046128776)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 217.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_61814_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_61814_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Glucose 6 phosphate catalytic subunit 1

全体名称: Glucose 6 phosphate catalytic subunit 1
要素
  • 複合体: Glucose 6 phosphate catalytic subunit 1
    • タンパク質・ペプチド: Glucose-6-phosphatase catalytic subunit 1,GSlinker-HRV3C-GFP-twin strep
  • リガンド: O-[(R)-{[(2R)-2,3-bis(octadecanoyloxy)propyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]-L-serine
  • リガンド: 6-O-phosphono-beta-D-fructofuranose

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超分子 #1: Glucose 6 phosphate catalytic subunit 1

超分子名称: Glucose 6 phosphate catalytic subunit 1 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Glucose-6-phosphatase catalytic subunit 1,GSlinker-HRV3C-GFP-twin...

分子名称: Glucose-6-phosphatase catalytic subunit 1,GSlinker-HRV3C-GFP-twin strep
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: glucose-6-phosphatase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 71.877039 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MEEGMNVLHD FGIQSTHYLQ VNYQDSQDWF ILVSVIADLR NAFYVLFPIW FHLQEAVGIK LLWVAVIGDW LNLVFKWILF GQRPYWWVL DTDYYSNTSV PLIKQFPVTC ETGPGSPSGH AMGTAGVYYV MVTSTLSIFQ GKIKPTYRFR CLNVILWLGF W AVQLNVCL ...文字列:
MEEGMNVLHD FGIQSTHYLQ VNYQDSQDWF ILVSVIADLR NAFYVLFPIW FHLQEAVGIK LLWVAVIGDW LNLVFKWILF GQRPYWWVL DTDYYSNTSV PLIKQFPVTC ETGPGSPSGH AMGTAGVYYV MVTSTLSIFQ GKIKPTYRFR CLNVILWLGF W AVQLNVCL SRIYLAANFP HQVVAGVLSG IAVAETFSHI HSIYNASLKK YFLITFFLFS FAIGFYLLLK GLGVDLLWTL EK AQRWCEQ PEWVHIDTTP FASLLKNLGT LFGLGLALNS SMYRESCKGK LSKWLPFRLS SIVASLVLLH VFDSLKPPSQ VEL VFYVLS FCKSAVVPLA SVSVIPYCLA QVLGQPHKKS LGGSGGGSGG GSGGGSGGGA AALEVLFQGP SKGEELFTGV VPIL VELDG DVNGHKFSVR GEGEGDATNG KLTLKFICTT GKLPVPWPTL VTTLTYGVQC FSRYPDHMKR HDFFKSAMPE GYVQE RTIS FKDDGTYKTR AEVKFEGDTL VNRIELKGID FKEDGNILGH KLEYNFNSHN VYITADKQKN GIKANFKIRH NVEDGS VQL ADHYQQNTPI GDGPVLLPDN HYLSTQSVLS KDPNEKRDHM VLLEFVTAAG ITHGMDEWSH PQFEKGGGSG GGSGGSA WS HPQFEK

UniProtKB: Glucose-6-phosphatase catalytic subunit 1

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分子 #2: O-[(R)-{[(2R)-2,3-bis(octadecanoyloxy)propyl]oxy}(hydroxy)phospho...

分子名称: O-[(R)-{[(2R)-2,3-bis(octadecanoyloxy)propyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]-L-serine
タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 1 / 式: P5S
分子量理論値: 792.075 Da
Chemical component information

ChemComp-P5S:
O-[(R)-{[(2R)-2,3-bis(octadecanoyloxy)propyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]-L-serine

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分子 #3: 6-O-phosphono-beta-D-fructofuranose

分子名称: 6-O-phosphono-beta-D-fructofuranose / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1 / 式: F6P
分子量理論値: 260.136 Da
Chemical component information

ChemComp-F6P:
6-O-phosphono-beta-D-fructofuranose

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOCONTINUUM (6k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 55196
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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