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- EMDB-61794: Cryo-EM structure of bovine UBA7-UBE2L6-ISG15 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-61794
タイトルCryo-EM structure of bovine UBA7-UBE2L6-ISG15
マップデータ
試料
  • 複合体: Complex structure of bovine UBA7-UBE2L6-ISG15
    • タンパク質・ペプチド: UBA7 protein
    • タンパク質・ペプチド: Ubiquitin/ISG15-conjugating enzyme E2 L6
    • タンパク質・ペプチド: Ubiquitin-like protein ISG15
  • リガンド: ADENOSINE MONOPHOSPHATE
キーワードcryo-EM / UBA7 / UBE2L6 / ISG15 / IMMUNE SYSTEM
機能・相同性
機能・相同性情報


ISG15 antiviral mechanism / Modulation of host responses by IFN-stimulated genes / ubiquitin-like modifier activating enzyme activity / ISG15 transferase activity / PKR-mediated signaling / ISG15-protein conjugation / positive regulation of protein oligomerization / Termination of translesion DNA synthesis / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling / regulation of type II interferon production ...ISG15 antiviral mechanism / Modulation of host responses by IFN-stimulated genes / ubiquitin-like modifier activating enzyme activity / ISG15 transferase activity / PKR-mediated signaling / ISG15-protein conjugation / positive regulation of protein oligomerization / Termination of translesion DNA synthesis / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling / regulation of type II interferon production / protein localization to mitochondrion / response to type I interferon / negative regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / E2 ubiquitin-conjugating enzyme / negative regulation of viral genome replication / ubiquitin conjugating enzyme activity / positive regulation of interleukin-10 production / positive regulation of bone mineralization / negative regulation of protein ubiquitination / positive regulation of interferon-beta production / positive regulation of erythrocyte differentiation / integrin-mediated signaling pathway / modification-dependent protein catabolic process / positive regulation of type II interferon production / protein tag activity / protein polyubiquitination / integrin binding / ubiquitin-dependent protein catabolic process / defense response to virus / protein ubiquitination / defense response to bacterium / ubiquitin protein ligase binding / extracellular region / ATP binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ubiquitin-activating enzyme E1 / Ubiquitin-activating enzyme E1, C-terminal / Ubiquitin-activating enzyme E1, FCCH domain / Ubiquitin-activating enzyme E1, four-helix bundle / Ubiquitin-activating enzyme E1, C-terminal domain superfamily / Ubiquitin-activating enzyme E1, SCCH domain / Ubiquitin-activating enzyme E1, FCCH domain superfamily / Ubiquitin fold domain / Ubiquitin-activating enzyme E1 FCCH domain / Ubiquitin-activating enzyme E1 four-helix bundle ...Ubiquitin-activating enzyme E1 / Ubiquitin-activating enzyme E1, C-terminal / Ubiquitin-activating enzyme E1, FCCH domain / Ubiquitin-activating enzyme E1, four-helix bundle / Ubiquitin-activating enzyme E1, C-terminal domain superfamily / Ubiquitin-activating enzyme E1, SCCH domain / Ubiquitin-activating enzyme E1, FCCH domain superfamily / Ubiquitin fold domain / Ubiquitin-activating enzyme E1 FCCH domain / Ubiquitin-activating enzyme E1 four-helix bundle / Ubiquitin-activating enzyme e1 C-terminal domain / Ubiquitin-activating enzyme, SCCH domain / Ubiquitin-activating enzyme, SCCH domain / Ubiquitin/SUMO-activating enzyme E1-like / : / Ubiquitin-activating enzyme E1, inactive adenylation domain, subdomain 1 / ThiF/MoeB/HesA family / THIF-type NAD/FAD binding fold / ThiF family / Ubiquitin-activating enzyme / : / Ubiquitin-conjugating enzyme, active site / Ubiquitin-conjugating (UBC) active site signature. / Ubiquitin-conjugating enzyme E2 / Ubiquitin-conjugating enzyme / Ubiquitin-conjugating (UBC) core domain profile. / Ubiquitin-conjugating enzyme E2, catalytic domain homologues / Ubiquitin-conjugating enzyme/RWD-like / Ubiquitin domain / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Ubiquitin/ISG15-conjugating enzyme E2 L6 / Ubiquitin-like protein ISG15 / UBA7 protein
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.99 Å
データ登録者Chen P-T / Wu K-P
資金援助 台湾, 1件
OrganizationGrant number国
Academia Sinica (Taiwan) 台湾
引用ジャーナル: Elife / 年: 2025
タイトル: Elucidating the Mechanism Underlying UBA7-UBE2L6 Disulfide Complex Formation.
著者: Chen P-T / Yeh J-Y / Weng J-H / Wu K-P
履歴
登録2024年10月3日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年3月5日-
マップ公開2025年3月5日-
更新2025年3月19日-
現状2025年3月19日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_61794.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_61794.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 307.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.65 Å/pix.
x 432 pix.
= 279.936 Å		0.65 Å/pix.
x 432 pix.
= 279.936 Å		0.65 Å/pix.
x 432 pix.
= 279.936 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.648 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.05
最小 - 最大-0.038054273 - 2.1620636
平均 (標準偏差)0.0007185255 (±0.017024446)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ432432432
Spacing432432432
セルA=B=C: 279.936 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_61794_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_61794_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Complex structure of bovine UBA7-UBE2L6-ISG15

全体名称: Complex structure of bovine UBA7-UBE2L6-ISG15
要素
  • 複合体: Complex structure of bovine UBA7-UBE2L6-ISG15
    • タンパク質・ペプチド: UBA7 protein
    • タンパク質・ペプチド: Ubiquitin/ISG15-conjugating enzyme E2 L6
    • タンパク質・ペプチド: Ubiquitin-like protein ISG15
  • リガンド: ADENOSINE MONOPHOSPHATE

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超分子 #1: Complex structure of bovine UBA7-UBE2L6-ISG15

超分子名称: Complex structure of bovine UBA7-UBE2L6-ISG15 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)

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分子 #1: UBA7 protein

分子名称: UBA7 protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
分子量理論値: 110.119859 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MDTLETSKLL DKELYSRQLY VLGLPAMQRI QGAKVLLSGL QGLGAEVAKN LVLMGVGSLT LHDPHPTCWS DLAAQFLLSE QDLGRSRAE ASQKLLAELN GAVQVSVYTG DITKDLLLDF QVVVLTASRL EEQLRVGTLC HEHGVCFLVA DTRGLVGQLF C DFGENFTV ...文字列:
MDTLETSKLL DKELYSRQLY VLGLPAMQRI QGAKVLLSGL QGLGAEVAKN LVLMGVGSLT LHDPHPTCWS DLAAQFLLSE QDLGRSRAE ASQKLLAELN GAVQVSVYTG DITKDLLLDF QVVVLTASRL EEQLRVGTLC HEHGVCFLVA DTRGLVGQLF C DFGENFTV QDPTEAEPLT ANIQHISQGS PGILTLREEA GTHHFHTGDW VTFSGIEGMV ELNGCDPRPL HVREDGTLEI GD TTAFSCY LRGGAVTEVK RAKTVSHEPL DTALLQPRVV AQSAQKVRAR CLHQSFRALH KFQQLHGRPP KPWDPVDAEM VVD LAQAMG PLKGTEGEPL EEQLDEALVR TVALSSAGGL SPMAAVLGAV AAQEVLKAIS GKFMPLDQWL YFDALDCLPE DGDP FPNPE DCAPRRCRYD GQTAVFGTNF QEKLSHQHYL LVGAGAVGCE LLKSFALMGL GAGDGGGVTV ADMDHVELSN LSRQF LFRS QDIHRKKAEV AAEATRRLNA DLQVTPLNLQ LDPTTEDIFG DDFFSGVNGV AAALDTFEAR DYVAARCTHF LKPLLE AGT MGTRGSASVF IPHVTENYKA PSDAASEDAP DPVCTVRYIP ATTEHTVQWA KGEFDDLFCE SAKTINSHPQ ALSSPED LV KSQKQPLLQT MRGVLTERPQ TWQDCVLWAF GHWQLRFHYG ITQLLRTYPP DKVQEDGTPF WSGPKQCPQP LKFDASQD M HLLYVLAAAN LYAQMHGLPG SQDQTALRGL LNLLPLPDPQ NLDRIFASEL ELDSPSGCKQ LHEDLKTWSK GPPLKPLTF EKDNDSNFHV DFVVAAASLR AQNYGIPVAS HAETKRIVGR IIPAVVTTTA AVAGLVGLEL YKVVGGPRPR HAFRHSYLHL AENYFSRWV PKAPDIQKFH HLKWTCWDRL EVPAGQPERT LESLLAHIQE LQGLRVTMLL HGSALLYSAG WSEEKQTQHL S RRVTDLVK KVPGQRVLVL ELGYEGEEDD TNFPRLHYKL

UniProtKB: UBA7 protein

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分子 #2: Ubiquitin/ISG15-conjugating enzyme E2 L6

分子名称: Ubiquitin/ISG15-conjugating enzyme E2 L6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: E2 ubiquitin-conjugating enzyme
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
分子量理論値: 18.597215 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MAASKRVAKE LEDLQKELPK YLRNLSSEED NVLVWHALLL PERPPYNLKA FRLSISFPRE YPFQPPTVKF TTRIYHPNVD RDGRVCLPI ISKKNWKAST RTSQVLEALN MLVNQPEPGQ PVRLELAEQL TQDPELFDQM AQEFTLQFGV DRPSHHHHHH

UniProtKB: Ubiquitin/ISG15-conjugating enzyme E2 L6

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分子 #3: Ubiquitin-like protein ISG15

分子名称: Ubiquitin-like protein ISG15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
分子量理論値: 17.330094 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MGGDLTVKML GGQEILVPLR DSMTVSELKQ FIAQKINVPA FQQRLAHLDS REVLQEGVPL VLQGLRAGST VLLVVQNCIS ILVRNDKGR SSPYEVQLKQ TVAELKQQVC QKERVQADQF WLSFEGRPMD DEHPLEEYGL MKGCTVFMNL RLRGG

UniProtKB: Ubiquitin-like protein ISG15

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分子 #4: ADENOSINE MONOPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE MONOPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: AMP
分子量理論値: 347.221 Da
Chemical component information

ChemComp-AMP:
ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP / AMP*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.6
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: AlphaFold
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.99 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 176617
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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