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万見
- EMDB-61753: Structure of ionotropic glutamate receptor mGluD1 complexed with ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-61753
タイトルStructure of ionotropic glutamate receptor mGluD1 complexed with D-serine
マップデータ
試料
  • 複合体: Structure of ionotropic glutamate receptor mGluD1 complexed with D-serine
    • タンパク質・ペプチド: Glutamate receptor ionotropic, delta-1
  • リガンド: D-SERINE
キーワードionotropic glutamate receptor / cation channel / complex / neurology / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


GABA receptor activity / trans-synaptic protein complex / negative regulation of synaptic plasticity / G protein-coupled receptor activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / synaptic signaling via neuropeptide / regulation of postsynapse organization / AMPA glutamate receptor activity / AMPA glutamate receptor complex / social behavior / regulation of postsynaptic membrane neurotransmitter receptor levels ...GABA receptor activity / trans-synaptic protein complex / negative regulation of synaptic plasticity / G protein-coupled receptor activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / synaptic signaling via neuropeptide / regulation of postsynapse organization / AMPA glutamate receptor activity / AMPA glutamate receptor complex / social behavior / regulation of postsynaptic membrane neurotransmitter receptor levels / synaptic transmission, glutamatergic / transmitter-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / postsynaptic density membrane / modulation of chemical synaptic transmission / GABA-ergic synapse / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / dendritic spine / postsynaptic membrane / glutamatergic synapse / metal ion binding / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Ionotropic glutamate receptor, metazoa / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ligand-gated ion channel / Ionotropic glutamate receptor, L-glutamate and glycine-binding domain / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / : / Ionotropic glutamate receptor / Eukaryotic homologues of bacterial periplasmic substrate binding proteins. / Receptor, ligand binding region / Receptor family ligand binding region / Periplasmic binding protein-like I
類似検索 - ドメイン・相同性
Glutamate receptor ionotropic, delta-1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.1 Å
データ登録者Dai Z / Yin YX
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)82030081, 81874235 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of ionotropic glutamate receptor mGluD1 complexed with D-serine
著者: Dai Z / Yin YX
履歴
登録2024年9月29日-
ヘッダ(付随情報) 公開2026年4月8日-
マップ公開2026年4月8日-
更新2026年4月8日-
現状2026年4月8日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_61753.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_61753.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 421.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.86 Å/pix.
x 480 pix.
= 412.8 Å		0.86 Å/pix.
x 480 pix.
= 412.8 Å		0.86 Å/pix.
x 480 pix.
= 412.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.86 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.1
最小 - 最大-0.53535753 - 1.0090375
平均 (標準偏差)-0.00013387784 (±0.018848656)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ480480480
Spacing480480480
セルA=B=C: 412.80002 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_61753_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_61753_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Structure of ionotropic glutamate receptor mGluD1 complexed with ...

全体名称: Structure of ionotropic glutamate receptor mGluD1 complexed with D-serine
要素
  • 複合体: Structure of ionotropic glutamate receptor mGluD1 complexed with D-serine
    • タンパク質・ペプチド: Glutamate receptor ionotropic, delta-1
  • リガンド: D-SERINE

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超分子 #1: Structure of ionotropic glutamate receptor mGluD1 complexed with ...

超分子名称: Structure of ionotropic glutamate receptor mGluD1 complexed with D-serine
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)

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分子 #1: Glutamate receptor ionotropic, delta-1

分子名称: Glutamate receptor ionotropic, delta-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 99.445281 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MEALTLWLLP WICQCVTVRA DSIIHIGAIF EENAAKDDRV FQLAVSDLSL NDDILQSEKI TYSIKVIEAN NPFQAVQEAC DLMTQGILA LVTSTGCASA NALQSLTDAM HIPHLFVQRN PGGSPRTACH LNPSPDGEAY TLASRPPVRL NDVMLRLVTE L RWQKFVMF ...文字列:
MEALTLWLLP WICQCVTVRA DSIIHIGAIF EENAAKDDRV FQLAVSDLSL NDDILQSEKI TYSIKVIEAN NPFQAVQEAC DLMTQGILA LVTSTGCASA NALQSLTDAM HIPHLFVQRN PGGSPRTACH LNPSPDGEAY TLASRPPVRL NDVMLRLVTE L RWQKFVMF YDSEYDIRGL QSFLDQASRL GLDVSLQKVD KNISHVFTSL FTTMKTEELN RYRDTLRRAI LLLSPQGAHS FI NEAVETN LASKDSHWVF VNEEISDPEI LDLVHSALGR MTVVRQIFPS AKDNQKCMRN NHRISSLLCD PQEGYLQMLQ ISN LYLYDS VLMLANAFHR KLEDRKWHSM ASLNCIRKST KPWNGGRSML DTIKKGHITG LTGVMEFRED SSNPYVQFEI LGTT YSETF GKDMRKLATW DSEKGLNGSL QERPMGSRLQ GLTLKVVTVL EEPFVMVAEN ILGQPKRYKG FSIDVLDALA KALGF KYEI YQAPDGRYGH QLHNTSWNGM IGELISKRAD LAISAITITP ERESVVDFSK RYMDYSVGIL IKKPEEKISI FSLFAP FDF AVWACIAAAI PVVGVLIFVL NRIQAVRSQS ATQPRPSASA TLHSAIWIVY GAFVQQGGES SVNSVAMRIV MGSWWLF TL IVCSSYTANL AAFLTVSRMD NPIRTFQDLS KQLEMSYGTV RDSAVYEYFR AKGTNPLEQD STFAELWRTI SKNGGADN C VSNPSEGIRK AKKGNYAFLW DVAVVEYAAL TDDDCSVTVI GNSISSKGYG IALQHGSPYR DLFSQRILEL QDTGDLDVL KQKWWPHTGR CDLTSHSSTQ TEGKSLKLHS FAGVFCILAI GLLLACLVAA LELWWNSNRC HQETPKEDKE VNLEGGVEGG VEENLYFQ

UniProtKB: Glutamate receptor ionotropic, delta-1

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分子 #2: D-SERINE

分子名称: D-SERINE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 4 / 式: DSN
分子量理論値: 105.093 Da
Chemical component information

ChemComp-DSN:
D-SERINE

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度6.2 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.6 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 609338
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.5.3) / 使用した粒子像数: 127646
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.5.3)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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