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万見
- EMDB-61741: Structure of interleukin receptor common gamma chain (IL2Rgamma/C... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-61741
タイトルStructure of interleukin receptor common gamma chain (IL2Rgamma/CD132) in complex with 2D4
マップデータ
試料
  • 複合体: Interleukin receptor common gamma chain (IL2Rgamma/CD132) in complex with 2D4
    • タンパク質・ペプチド: Cytokine receptor common subunit gamma
    • タンパク質・ペプチド: 2D4-Heavy Chain
    • タンパク質・ペプチド: 2D4-Light Chain
    • タンパク質・ペプチド: Anti-Fab nanobody
キーワードIL2Rg / CD132 / IL-2 / 2D4 / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


mature B cell differentiation / interleukin-15 receptor activity / interleukin-2 binding / CD4-positive, CD25-positive, alpha-beta regulatory T cell differentiation / positive regulation of T cell differentiation in thymus / lymphocyte differentiation / Interleukin-9 signaling / Interleukin-21 signaling / interleukin-7-mediated signaling pathway / interleukin-9-mediated signaling pathway ...mature B cell differentiation / interleukin-15 receptor activity / interleukin-2 binding / CD4-positive, CD25-positive, alpha-beta regulatory T cell differentiation / positive regulation of T cell differentiation in thymus / lymphocyte differentiation / Interleukin-9 signaling / Interleukin-21 signaling / interleukin-7-mediated signaling pathway / interleukin-9-mediated signaling pathway / interleukin-4-mediated signaling pathway / positive regulation of CD4-positive, CD25-positive, alpha-beta regulatory T cell differentiation / interleukin-2-mediated signaling pathway / interleukin-15-mediated signaling pathway / cellular homeostasis / STAT3 nuclear events downstream of ALK signaling / Interleukin-15 signaling / cytokine receptor activity / Interleukin-2 signaling / positive regulation of B cell differentiation / positive regulation of immunoglobulin production / cytokine binding / Interleukin receptor SHC signaling / coreceptor activity / positive regulation of phagocytosis / Interleukin-7 signaling / cytokine-mediated signaling pathway / T cell differentiation in thymus / RAF/MAP kinase cascade / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / gene expression / receptor complex / endosome / immune response / external side of plasma membrane / cell surface / signal transduction / nucleoplasm / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / : / Cytokine receptor-like factor 2-like, D2 domain / Cytokine receptor-like factor 2, domain 1 / Short hematopoietin receptor family 1 signature. / Short hematopoietin receptor, family 1, conserved site / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Cytokine receptor common subunit gamma
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Lama glama (ラマ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Lu QJ / Yin HQ
資金援助 中国, 2件
OrganizationGrant number国
National Science Foundation (NSF, China)NO. 32141004 中国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)No. 2022YFC3601800 中国
引用ジャーナル: Signal Transduct Target Ther / 年: 2024
タイトル: 2D4, a humanized monoclonal antibody targeting CD132, is a promising treatment for systemic lupus erythematosus.
著者: Huiqi Yin / Liming Li / Xiwei Feng / Zijun Wang / Meiling Zheng / Junpeng Zhao / Xinyu Fan / Wei Wu / Lingyu Gao / Yijing Zhan / Ming Zhao / Qianjin Lu /
要旨: Current therapies for systemic lupus erythematosus that target a particular factor or cell type exhibit limited effectiveness. To address this limitation, our focus was on CD132, a subunit common to ...Current therapies for systemic lupus erythematosus that target a particular factor or cell type exhibit limited effectiveness. To address this limitation, our focus was on CD132, a subunit common to six inflammatory factor receptors implicated in SLE. Our study revealed heightened CD132 expression in SLE patients' lymphocytes, contributing to the production of pro-inflammatory cytokines and immunoglobulins. We developed a novel humanized anti-CD132 monoclonal antibody, named as 2D4. 2D4 efficiently blocked IL-21 and IL-15, with limited effectiveness against IL-2, thereby suppressing T and B cells without disrupting immune tolerance. In the mouse immunization model, 2D4 virtually inhibited T cell-dependent, antigen-specific B-cell response. In lupus murine models, 2D4 mitigated inflammation by suppressing multiple pro-inflammatory cytokines and anti-dsDNA antibody titers, also diminishing proteinuria and glomerulonephritis. Compared to Belimumab, 2D4 exhibited superior efficacy in ameliorating the inflammatory state and preserving renal function. Moreover, 2D4 exhibited the ability to inhibit the production of pro-inflammatory factors and autoantibodies in PBMCs from individuals with SLE, highlighting its therapeutic potential for SLE individuals. Potent, 2D4 has the potential to significantly improve clinical outcomes in SLE and other complex autoimmune disorders.
履歴
登録2024年9月28日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年12月18日-
マップ公開2024年12月18日-
更新2024年12月18日-
現状2024年12月18日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_61741.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_61741.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

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その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.72 Å/pix.
x 320 pix.
= 231.04 Å		0.72 Å/pix.
x 320 pix.
= 231.04 Å		0.72 Å/pix.
x 320 pix.
= 231.04 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.722 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.05
最小 - 最大-0.6234499 - 0.7781425
平均 (標準偏差)0.00001483193 (±0.013753023)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 231.04001 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_61741_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_61741_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_61741_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Interleukin receptor common gamma chain (IL2Rgamma/CD132) in comp...

全体名称: Interleukin receptor common gamma chain (IL2Rgamma/CD132) in complex with 2D4
要素
  • 複合体: Interleukin receptor common gamma chain (IL2Rgamma/CD132) in complex with 2D4
    • タンパク質・ペプチド: Cytokine receptor common subunit gamma
    • タンパク質・ペプチド: 2D4-Heavy Chain
    • タンパク質・ペプチド: 2D4-Light Chain
    • タンパク質・ペプチド: Anti-Fab nanobody

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超分子 #1: Interleukin receptor common gamma chain (IL2Rgamma/CD132) in comp...

超分子名称: Interleukin receptor common gamma chain (IL2Rgamma/CD132) in complex with 2D4
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Cytokine receptor common subunit gamma

分子名称: Cytokine receptor common subunit gamma / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 28.301557 KDa
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
配列文字列: LNTTILTPNG NEDTTADFFL TTMPTDSLSV STLPLPEVQC FVFNVEYMNC TWNSSSEPQP TNLTLHYWYK NSDNDKVQKC SHYLFSEEI TSGCQLQKKE IHLYQTFVVQ LQDPREPRRQ ATQMLKLQNL VIPWAPENLT LHKLSESQLE LNWNNRFLNH C LEHLVQYR ...文字列:
LNTTILTPNG NEDTTADFFL TTMPTDSLSV STLPLPEVQC FVFNVEYMNC TWNSSSEPQP TNLTLHYWYK NSDNDKVQKC SHYLFSEEI TSGCQLQKKE IHLYQTFVVQ LQDPREPRRQ ATQMLKLQNL VIPWAPENLT LHKLSESQLE LNWNNRFLNH C LEHLVQYR TDWDHSWTEQ SVDYRHKFSL PSVDGQKRYT FRVRSRFNPL CGSAQHWSEW SHPIHWGSNT SKENPFLFAL EA

UniProtKB: Cytokine receptor common subunit gamma

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分子 #2: 2D4-Heavy Chain

分子名称: 2D4-Heavy Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.049832 KDa
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
配列文字列: QVQLVQSGAE VKKPGSSVKV SCKTSGFNIE DIYLHWVRQA PGQGLEWMGR IDPANGKSNY DPKFQGRVTI TADTSTSTAY MELSSLRSE DTAVYYCAAL RFFGLDYWGQ GTLVTVSSAS TKGPSVFPLA PCSRSTSEST AALGCLVKDY FPEPVTVSWN S GALTSGVH ...文字列:
QVQLVQSGAE VKKPGSSVKV SCKTSGFNIE DIYLHWVRQA PGQGLEWMGR IDPANGKSNY DPKFQGRVTI TADTSTSTAY MELSSLRSE DTAVYYCAAL RFFGLDYWGQ GTLVTVSSAS TKGPSVFPLA PCSRSTSEST AALGCLVKDY FPEPVTVSWN S GALTSGVH TFPAVLQSSG LYSLSSVVTV PSSSLGTKTY TCNVDHKPSN TKVDKRV

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分子 #3: 2D4-Light Chain

分子名称: 2D4-Light Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.347873 KDa
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
配列文字列: EIVLTQSPAT LSLSPGERAT LSCRATSSVS YMYWYQQKPG QAPELLIYRT SNLASGIPAR FSGSGSGTDY TLTISSLEPE DFAVYYCQQ WSSNPPTFGQ GTKLEIKRTV AAPSVFIFPP SDEQLKSGTA SVVCLLNNFY PREAKVQWKV DNALQSGNSQ E SVTEQDSK ...文字列:
EIVLTQSPAT LSLSPGERAT LSCRATSSVS YMYWYQQKPG QAPELLIYRT SNLASGIPAR FSGSGSGTDY TLTISSLEPE DFAVYYCQQ WSSNPPTFGQ GTKLEIKRTV AAPSVFIFPP SDEQLKSGTA SVVCLLNNFY PREAKVQWKV DNALQSGNSQ E SVTEQDSK DSTYSLSSTL TLSKADYEKH KVYACEVTHQ GLSSPVTKSF NRGEC

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分子 #4: Anti-Fab nanobody

分子名称: Anti-Fab nanobody / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Lama glama (ラマ)
分子量理論値: 14.219525 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
GSQVQLQESG GGLVQPGGSL RLSCAASGRT ISRYAMSWFR QAPGKEREFV AVARRSGDGA FYADSVQGRF TVSRDDAKNT VYLQMNSLK PEDTAVYYCA IDSDTFYSGS YDYWGQGTQV TVSSHHHHHH

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.2 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 %

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: TFS Selectris / エネルギーフィルター - スリット幅: 10 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: TFS FALCON 4i (4k x 4k)
デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 354578
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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