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万見
- EMDB-61695: Cryo-EM structure of a tri-heme cytochrome-associated RC-LH1 comp... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-61695
タイトルCryo-EM structure of a tri-heme cytochrome-associated RC-LH1 complex from a marinephotoheterotrophic bacterium, purified with EDTA-containing solutions
マップデータCryo-EM structure of a tri-heme cytochrome-associated RC-LH1 complex from a marine photoheterotrophic bacterium, purified with EDTA-containing solutions
試料
  • 複合体: Tri-Heme Cytochrome-Associated RC-LH1 Complex
    • タンパク質・ペプチド: x 7種
  • リガンド: x 9種
キーワードphotosynthesis / reaction center / bacteria
機能・相同性
機能・相同性情報


organelle inner membrane / plasma membrane-derived chromatophore membrane / plasma membrane light-harvesting complex / bacteriochlorophyll binding / photosynthetic electron transport in photosystem II / photosynthesis, light reaction / : / electron transfer activity / iron ion binding / heme binding ...organelle inner membrane / plasma membrane-derived chromatophore membrane / plasma membrane light-harvesting complex / bacteriochlorophyll binding / photosynthetic electron transport in photosystem II / photosynthesis, light reaction / : / electron transfer activity / iron ion binding / heme binding / metal ion binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Photosynthetic reaction centre, cytochrome c subunit / Multihaem cytochrome, PRC subunit superfamily / Photosynthetic reaction centre cytochrome C subunit / Antenna complex, beta subunit, conserved site / Antenna complexes beta subunits signature. / Antenna complex, alpha subunit / Antenna complex, alpha subunit conserved site / Antenna complexes alpha subunits signature. / Antenna complex, alpha/beta subunit / Light-harvesting protein B beta chain ...Photosynthetic reaction centre, cytochrome c subunit / Multihaem cytochrome, PRC subunit superfamily / Photosynthetic reaction centre cytochrome C subunit / Antenna complex, beta subunit, conserved site / Antenna complexes beta subunits signature. / Antenna complex, alpha subunit / Antenna complex, alpha subunit conserved site / Antenna complexes alpha subunits signature. / Antenna complex, alpha/beta subunit / Light-harvesting protein B beta chain / Antenna complex, beta domain superfamily / Antenna complex alpha/beta subunit / Light-harvesting complex / Photosynthetic reaction centre, H subunit / Bacterial photosynthetic reaction centre, H-chain, C-terminal / Photosynthetic reaction centre, M subunit / Photosynthetic reaction centre, H subunit, N-terminal / PRC-barrel domain / Photosynthetic reaction centre, H subunit, N-terminal domain superfamily / Photosynthetic reaction centre, H-chain N-terminal region / PRC-barrel domain / Photosynthetic reaction centre, L subunit / PRC-barrel-like superfamily / Multiheme cytochrome superfamily / : / Photosynthetic reaction centre, L/M / Photosystem II protein D1/D2 superfamily / Photosynthetic reaction centre protein / Photosynthetic reaction center proteins signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
Uncharacterized protein / Antenna pigment protein beta chain / Antenna pigment protein alpha chain / Reaction center protein L chain / Reaction center protein M chain / Photosynthetic reaction center cytochrome c subunit / Reaction center protein H chain
類似検索 - 構成要素
生物種Dinoroseobacter shibae DFL 12 = DSM 16493 (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Chen JH / Zheng Q / Zhang X / Wang W / Liu Y / Gu J
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
Ministry of Science and Technology (MoST, China) 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM structure of a tri-heme cytochrome-associated RC-LH1 complex from a marine photoheterotrophic bacterium, purified with EDTA-containing solutions
著者: Chen JH / Zheng Q / Zhang X / Wang W / Liu Y / Gu J
履歴
登録2024年9月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年10月22日-
マップ公開2025年10月22日-
更新2025年10月22日-
現状2025年10月22日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_61695.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_61695.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryo-EM structure of a tri-heme cytochrome-associated RC-LH1 complex from a marine photoheterotrophic bacterium, purified with EDTA-containing solutions
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.2 Å/pix.
x 256 pix.
= 307.2 Å		1.2 Å/pix.
x 256 pix.
= 307.2 Å		1.2 Å/pix.
x 256 pix.
= 307.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.2 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.103
最小 - 最大-0.70460874 - 1.2804003
平均 (標準偏差)0.00081318716 (±0.041651674)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 307.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: half map-A

ファイルemd_61695_half_map_1.map
注釈half map-A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: half map-B

ファイルemd_61695_half_map_2.map
注釈half map-B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Tri-Heme Cytochrome-Associated RC-LH1 Complex

全体名称: Tri-Heme Cytochrome-Associated RC-LH1 Complex
要素
  • 複合体: Tri-Heme Cytochrome-Associated RC-LH1 Complex
    • タンパク質・ペプチド: Antenna pigment protein alpha chain
    • タンパク質・ペプチド: Reaction center protein O chain
    • タンパク質・ペプチド: Antenna pigment protein beta chain
    • タンパク質・ペプチド: Reaction center protein M chain
    • タンパク質・ペプチド: Reaction center protein L chain
    • タンパク質・ペプチド: Reaction center protein H chain
    • タンパク質・ペプチド: Photosynthetic reaction center cytochrome c subunit
  • リガンド: BACTERIOCHLOROPHYLL A
  • リガンド: SPEROIDENONE
  • リガンド: (21R,24R,27S)-24,27,28-trihydroxy-18,24-dioxo-19,23,25-trioxa-24lambda~5~-phosphaoctacosan-21-yl (9Z)-octadec-9-enoate
  • リガンド: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE
  • リガンド: FE (III) ION
  • リガンド: BACTERIOPHEOPHYTIN A
  • リガンド: UBIQUINONE-10
  • リガンド: CARDIOLIPIN
  • リガンド: HEME C

+
超分子 #1: Tri-Heme Cytochrome-Associated RC-LH1 Complex

超分子名称: Tri-Heme Cytochrome-Associated RC-LH1 Complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#7
由来(天然)生物種: Dinoroseobacter shibae DFL 12 = DSM 16493 (バクテリア)
分子量理論値: 423 KDa

+
分子 #1: Antenna pigment protein alpha chain

分子名称: Antenna pigment protein alpha chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 17 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Dinoroseobacter shibae DFL 12 = DSM 16493 (バクテリア)
分子量理論値: 6.195409 KDa
配列文字列:
MSKFYKIWLI FDPRRVFVAQ GVFLFLLAAM IHLVLLSTEH FNWFELAAAN AAM

UniProtKB: Antenna pigment protein alpha chain

+
分子 #2: Reaction center protein O chain

分子名称: Reaction center protein O chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Dinoroseobacter shibae DFL 12 = DSM 16493 (バクテリア)
分子量理論値: 25.206586 KDa
配列文字列: MATQRKDMTC TITCWGIGVL LGIMTTVGLM VVGWSFLQGA FMGVLAWLIV GGVLAVAVCG ETGRPKDNAE QIRAEMAAAR ERVRGATPG ITPKPAPSVP ADVRSKVQPS AALAGEAELA GRKGSWSYDS GAGHASGAGH DAGTDAAKPA TLTAARDGKA D DLKKIKGV ...文字列:
MATQRKDMTC TITCWGIGVL LGIMTTVGLM VVGWSFLQGA FMGVLAWLIV GGVLAVAVCG ETGRPKDNAE QIRAEMAAAR ERVRGATPG ITPKPAPSVP ADVRSKVQPS AALAGEAELA GRKGSWSYDS GAGHASGAGH DAGTDAAKPA TLTAARDGKA D DLKKIKGV GPKLEEMLHS MGFYHFDQVA SWSEQELAWV DENLEGFKGR ASRDEWVAQA KLLAQGGETE FSKRVDGGDV Y

UniProtKB: Uncharacterized protein

+
分子 #3: Antenna pigment protein beta chain

分子名称: Antenna pigment protein beta chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 17 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Dinoroseobacter shibae DFL 12 = DSM 16493 (バクテリア)
分子量理論値: 5.578334 KDa
配列文字列:
MADKSDLSFT GLTDEQAQEL HSVYMSGLWL FSAVAVVAHL ATFIWRPWF

UniProtKB: Antenna pigment protein beta chain

+
分子 #4: Reaction center protein M chain

分子名称: Reaction center protein M chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Dinoroseobacter shibae DFL 12 = DSM 16493 (バクテリア)
分子量理論値: 37.583723 KDa
配列文字列: MPEYQNIFTQ VQVQGPAELG VDNENNLTEE RTTGTGFSQL IGWIGNAQLG PIYLGWFGII SLVTGTLWFN IVGFNMLSQV GYSIPEFIR QLFWLALEPP SPEYGLRMPP LDDGGWFIIA SFFLLVSVIS WWLRSYQLAE MHKMGKHVAW AFAAAIWLFL V LGLFRPIL ...文字列:
MPEYQNIFTQ VQVQGPAELG VDNENNLTEE RTTGTGFSQL IGWIGNAQLG PIYLGWFGII SLVTGTLWFN IVGFNMLSQV GYSIPEFIR QLFWLALEPP SPEYGLRMPP LDDGGWFIIA SFFLLVSVIS WWLRSYQLAE MHKMGKHVAW AFAAAIWLFL V LGLFRPIL MGSWSEAVPY GIFPHLDWTT AFSIRYGNLY YNPFHALSIV FLYGSVLLFA MHGATILAVT RFGGDRELEQ IY DRGTASE RAGLFWRWTM GFNATMEGIH RWAWWFAVLT PITGGIGILL TGTVVDNWFL WAVEHNFAPD YTQDYGYEAY TTY DGFLGR EEGN

UniProtKB: Reaction center protein M chain

+
分子 #5: Reaction center protein L chain

分子名称: Reaction center protein L chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Dinoroseobacter shibae DFL 12 = DSM 16493 (バクテリア)
分子量理論値: 31.197178 KDa
配列文字列: MALLSFERKY RVRGGTLIGG DLFDFWVGPF YVGFFGVTTA FFALLGTILI FWGASQQGTF NPWLINIAPP DLSYGLGMAP LMEGGLWQI ITICAIGAFV SWALREVEIC RKLGMGYHVP FAFSVAIFAY VTLVVFRPLL MGAWGHGFPY GIWSHLDWVS N TGYAYLHF ...文字列:
MALLSFERKY RVRGGTLIGG DLFDFWVGPF YVGFFGVTTA FFALLGTILI FWGASQQGTF NPWLINIAPP DLSYGLGMAP LMEGGLWQI ITICAIGAFV SWALREVEIC RKLGMGYHVP FAFSVAIFAY VTLVVFRPLL MGAWGHGFPY GIWSHLDWVS N TGYAYLHF HYNPAHMIAV TFFFTTTLAL ALHGALVLSA ANPPKGEEVK GPDNEDTFFR DFIGYSIGTL GIHRVGLLLA LN AGFWSAV CIIISGPVWT KGWPEWWNWW LEMPIWPSQV DC

UniProtKB: Reaction center protein L chain

+
分子 #6: Reaction center protein H chain

分子名称: Reaction center protein H chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Dinoroseobacter shibae DFL 12 = DSM 16493 (バクテリア)
分子量理論値: 28.739449 KDa
配列文字列: MEETFFGNFD LASLSLWLFY GFFALLIYYL QTENMREGYP LEDDDGNTAA NQGPFPLPKE KTFKLQHGRG ELTLPGEDVQ RRDNLALRK TAHGNGFPME PTGDPMLDGV GPASWSKRRD VPELDAHGHP KIVPMSAAEG FGVSAGTDPR GLPVMAGDGE I VGLVSDMW ...文字列:
MEETFFGNFD LASLSLWLFY GFFALLIYYL QTENMREGYP LEDDDGNTAA NQGPFPLPKE KTFKLQHGRG ELTLPGEDVQ RRDNLALRK TAHGNGFPME PTGDPMLDGV GPASWSKRRD VPELDAHGHP KIVPMSAAEG FGVSAGTDPR GLPVMAGDGE I VGLVSDMW IDEAEQLVRY LEIELDPEWG DGKRLVQREM VRIKSDRVKV RSIYGKHFKN VPKTKSPNQV TLLEEDKIMA YY AGGTLYA DESRLEPQL

UniProtKB: Reaction center protein H chain

+
分子 #7: Photosynthetic reaction center cytochrome c subunit

分子名称: Photosynthetic reaction center cytochrome c subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Dinoroseobacter shibae DFL 12 = DSM 16493 (バクテリア)
分子量理論値: 39.977367 KDa
配列文字列: MLPKWFDEWN SKNPTDIYKP AIVVGVAGGA VFAAALLVSW GQPLATDSMQ TGPRGTGMSV PEFVSDLDTP DPTIEVFLAS TSDPVIPEE GAQTAGEAYE NVDPVLADLT VENYDRLLAA MRSWTGIPDL LEDPDHYQSK VAINMIQMNQ TINEEWAGHV Y ANAEVGVT ...文字列:
MLPKWFDEWN SKNPTDIYKP AIVVGVAGGA VFAAALLVSW GQPLATDSMQ TGPRGTGMSV PEFVSDLDTP DPTIEVFLAS TSDPVIPEE GAQTAGEAYE NVDPVLADLT VENYDRLLAA MRSWTGIPDL LEDPDHYQSK VAINMIQMNQ TINEEWAGHV Y ANAEVGVT CFTCHRGQAV PSEVWYRIDP VTENTSGWAS VQNRATSLSQ FTSLPSDALY QYLLNYEQIA VHDLESRVET LP GDPTWQN TERTYSLMNY FSNSLGRNCV FCHNSRAFYD PAQHTPQWAT AMLGISMVQE LNNEWIVPIG EAHLPPERLG PVY NDVPKL ACKTCHKGYQ QPLQGLNVVA DWPELATTEG PFYD

UniProtKB: Photosynthetic reaction center cytochrome c subunit

+
分子 #8: BACTERIOCHLOROPHYLL A

分子名称: BACTERIOCHLOROPHYLL A / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 38 / 式: BCL
分子量理論値: 911.504 Da
Chemical component information

ChemComp-BCL:
BACTERIOCHLOROPHYLL A

+
分子 #9: SPEROIDENONE

分子名称: SPEROIDENONE / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 35 / 式: SPN
分子量理論値: 594.993 Da
Chemical component information

ChemComp-SPN:
SPEROIDENONE

+
分子 #10: (21R,24R,27S)-24,27,28-trihydroxy-18,24-dioxo-19,23,25-trioxa-24l...

分子名称: (21R,24R,27S)-24,27,28-trihydroxy-18,24-dioxo-19,23,25-trioxa-24lambda~5~-phosphaoctacosan-21-yl (9Z)-octadec-9-enoate
タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 12 / 式: MW9
分子量理論値: 777.06 Da
Chemical component information

ChemComp-MW9:
(21R,24R,27S)-24,27,28-trihydroxy-18,24-dioxo-19,23,25-trioxa-24lambda~5~-phosphaoctacosan-21-yl (9Z)-octadec-9-enoate

+
分子 #11: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE

分子名称: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / タイプ: ligand / ID: 11 / コピー数: 5 / 式: LMT
分子量理論値: 510.615 Da
Chemical component information

ChemComp-LMT:
DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / 可溶化剤*YM

+
分子 #12: FE (III) ION

分子名称: FE (III) ION / タイプ: ligand / ID: 12 / コピー数: 1 / 式: FE
分子量理論値: 55.845 Da

+
分子 #13: BACTERIOPHEOPHYTIN A

分子名称: BACTERIOPHEOPHYTIN A / タイプ: ligand / ID: 13 / コピー数: 2 / 式: BPH
分子量理論値: 889.215 Da
Chemical component information

ChemComp-BPH:
BACTERIOPHEOPHYTIN A

+
分子 #14: UBIQUINONE-10

分子名称: UBIQUINONE-10 / タイプ: ligand / ID: 14 / コピー数: 2 / 式: U10
分子量理論値: 863.343 Da
Chemical component information

ChemComp-U10:
UBIQUINONE-10

+
分子 #15: CARDIOLIPIN

分子名称: CARDIOLIPIN / タイプ: ligand / ID: 15 / コピー数: 2 / 式: CDL
分子量理論値: 1.464043 KDa
Chemical component information

ChemComp-CDL:
CARDIOLIPIN / リン脂質*YM

+
分子 #16: HEME C

分子名称: HEME C / タイプ: ligand / ID: 16 / コピー数: 3 / 式: HEC
分子量理論値: 618.503 Da
Chemical component information

ChemComp-HEC:
HEME C

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 279 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.2.1) / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.5.1) / 使用した粒子像数: 230375
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.2.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 3次元分類クラス数: 10 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.5.1)

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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