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万見
- EMDB-61611: Cryo-EM structure of PRV gB and FAB 16f9 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-61611
タイトルCryo-EM structure of PRV gB and FAB 16f9 complex
マップデータ
試料
  • 複合体: PRV gB and FAB 16F9 complex
    • タンパク質・ペプチド: Glycoprotein B
    • タンパク質・ペプチド: 16F9 VH
    • タンパク質・ペプチド: 16F9 VL
キーワードCryo-EM / PRV gB / FAB 16F9 / Herpe svirus / VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell endosome / host cell Golgi apparatus / viral envelope / symbiont entry into host cell / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
: / Herpesvirus Glycoprotein B / Herpesvirus Glycoprotein B, PH-like domain 1 / Herpesvirus Glycoprotein B, PH-like domain 2 / Herpesvirus Glycoprotein B, PH-like domain 2 superfamily / Herpesvirus Glycoprotein B ectodomain / Herpesvirus Glycoprotein B / Herpesvirus Glycoprotein B PH-like domain
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Suid alphaherpesvirus 1 (ヘルペスウイルス) / Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.78 Å
データ登録者Li Y / Zheng Q / Li S / Wu Y
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM structure of PRV gB and FAB 16f9 complex
著者: Li Y / Zheng Q / Li S
履歴
登録2024年9月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年9月24日-
マップ公開2025年9月24日-
更新2025年9月24日-
現状2025年9月24日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_61611.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_61611.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.65 Å/pix.
x 512 pix.
= 332.8 Å		0.65 Å/pix.
x 512 pix.
= 332.8 Å		0.65 Å/pix.
x 512 pix.
= 332.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.65 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.08
最小 - 最大-0.0018139739 - 2.0272489
平均 (標準偏差)0.0011133833 (±0.024836317)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 332.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_61611_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_61611_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : PRV gB and FAB 16F9 complex

全体名称: PRV gB and FAB 16F9 complex
要素
  • 複合体: PRV gB and FAB 16F9 complex
    • タンパク質・ペプチド: Glycoprotein B
    • タンパク質・ペプチド: 16F9 VH
    • タンパク質・ペプチド: 16F9 VL

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超分子 #1: PRV gB and FAB 16F9 complex

超分子名称: PRV gB and FAB 16F9 complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Suid alphaherpesvirus 1 (ヘルペスウイルス)

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分子 #1: Glycoprotein B

分子名称: Glycoprotein B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Suid alphaherpesvirus 1 (ヘルペスウイルス)
分子量理論値: 83.648797 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MPAGGGLWRG PRGHRPGHHG GAGLGRLWPA PHHAAAARGA VALALLLLAL AAAPPCGAAA VTRAASASPT PVPGSPGLTP NDVSAEASL EEIEAFTPGP SEAPDGEYGD LDARTAVRAA ATERDRFYVC PPPSGSTVVR LEPEQACPEY SQGRNFTEGI A VLFKENIA ...文字列:
MPAGGGLWRG PRGHRPGHHG GAGLGRLWPA PHHAAAARGA VALALLLLAL AAAPPCGAAA VTRAASASPT PVPGSPGLTP NDVSAEASL EEIEAFTPGP SEAPDGEYGD LDARTAVRAA ATERDRFYVC PPPSGSTVVR LEPEQACPEY SQGRNFTEGI A VLFKENIA PHKFKAHIYY KNVIVTTVWS GSTYAAITNR FTDRVPVPVQ EITDVIDRRG KCVSKAEYVR NNHKVTAFDR DE NPVEVDL RPSRLNALGT RGWHTTNDTH TKIGAAGFYH TGTSVNCIVE EVEARSVYPY DSFALSTGDI VYMSPFYGLR EGA HGEHIG YAPGRFQQVE HYYPIDLDSR LRASESVTRN FLRTPHFTVA WDWAPKTRRV CSLAKWREAE EMIRDETRDG SFRF TSRAL GASFVSDVTQ LDLQRVHLGD CVLREASEAI DAIYQRRYNN THVLAGDRPE VYLARGGFVV AFRPLISNEL AQLYA RELE RLGLAGVVGP ASPAAAGSAS RAAGQAGTPE PPAVNGTGHL RITTGSAEFA RLQFTYDHIQ AHVNDMLGRI AAAWCE LQN KDRTLWSEMS RLNPSAVATA ALGQRVSARM LGDVMAISRC VEVRGGVYVQ NSMRVPGERG TCYSRPLVTF EHNGTGV IE GQLGDDNELL ISRDLIEPCT GNHRRYFKLG SGYVYYEDYS YVRMVEVPET ISTRVTLNLT LLEDREFLPL EVYTREEL A DTGLLDYSEI QRRNQLHALK FYDIDRVVKV DHHHHHH

UniProtKB: Glycoprotein B

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分子 #2: 16F9 VH

分子名称: 16F9 VH / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 52.536238 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MGRLTSSFLL LIVPAYVLSE VQLQQSGPEL VKPGASVKIS CKASGYTFAD YTMHWVKQSH GKSLEWIGYI NPYSLFIDSN QKFKNKATL TVDNSSYTAY MELRSLTSED SAVYYCARFP PYYGFDSHFD YWGQGTALTV SSAKTTPPSV YPLAPGCGDT T GSSVTLGC ...文字列:
MGRLTSSFLL LIVPAYVLSE VQLQQSGPEL VKPGASVKIS CKASGYTFAD YTMHWVKQSH GKSLEWIGYI NPYSLFIDSN QKFKNKATL TVDNSSYTAY MELRSLTSED SAVYYCARFP PYYGFDSHFD YWGQGTALTV SSAKTTPPSV YPLAPGCGDT T GSSVTLGC LVKGYFPESV TVTWNSGSLS SSVHTFPALL QSGLYTMSSS VTVPSSTWPS QTVTCSVAHP ASSTTVDKKL EP SGPISTI NPCPPCKECH KCPAPNLEGG PSVFIFPPNI KDVLMISLTP KVTCVVVDVS EDDPDVRISW FVNNVEVHTA QTQ THREDY NSTIRVVSAL PIQHQDWMSG KEFKCKVNNK DLPSPIERTI SKIKGLVRAP QVYILPPPAE QLSRKDVSLT CLVV GFNPG DISVEWTSNG HTEENYKDTA PVLDSDGSYF IYSKLDIKTS KWEKTDSFSC NVRHEGLKNY YLKKTISRSP GK

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分子 #3: 16F9 VL

分子名称: 16F9 VL / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 25.464201 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MGWSCIILFL VATATGVHSQ IVLSQSPAIL SASPGEKVTM TCRASSSVSY IYWYQQKPES SPKPWIYATS NLASGVPGRF SGSGSGTSY SLTISRVEAE DAATYYCQQW SYNPYTFGGG TKLEIRRADA APTVSIFPPS SEQLTSGGAS VVCFLNNFYP K DINVKWKI ...文字列:
MGWSCIILFL VATATGVHSQ IVLSQSPAIL SASPGEKVTM TCRASSSVSY IYWYQQKPES SPKPWIYATS NLASGVPGRF SGSGSGTSY SLTISRVEAE DAATYYCQQW SYNPYTFGGG TKLEIRRADA APTVSIFPPS SEQLTSGGAS VVCFLNNFYP K DINVKWKI DGSERQNGVL NSWTDQDSKD STYSMSSTLT LTKDEYERHN SYTCEATHKT STSPIVKSFN RNEC

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F30
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.9 µm
実験機器
モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.78 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 59843
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る