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- EMDB-61580: Human Glycine Transporter 1 in the Apo State with an Outward-Faci... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-61580
タイトルHuman Glycine Transporter 1 in the Apo State with an Outward-Facing Conformation
マップデータ
試料
  • 複合体: human glycine transporter 1 (GlyT1)
    • タンパク質・ペプチド: Isoform GlyT-1B of Sodium- and chloride-dependent glycine transporter 1
キーワードhuman glycine transporter 1 / GlyT1 / apo / MEMBRANE PROTEIN
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.05 Å
データ登録者Wei Y / Li N / Li R / Zhao Y
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)92157102 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Modulation of the human GlyT1 by clinical drugs and cholesterol.
著者: Na Li / Yiqing Wei / Renjie Li / Yufei Meng / Jun Zhao / Qinru Bai / Gang Wang / Yan Zhao /
要旨: Glycine transporter 1 (GlyT1) is a key player in shaping extracellular glutamatergic signaling processes and holds promise for treating cognitive impairments associated with schizophrenia by ...Glycine transporter 1 (GlyT1) is a key player in shaping extracellular glutamatergic signaling processes and holds promise for treating cognitive impairments associated with schizophrenia by inhibiting its activity and thus enhancing the function of NMDA receptors. Despite its significant role in physiological and pharmacology, its modulation mechanism by clinical drugs and internal lipids remains elusive. Here, we determine cryo-EM structures of GlyT1 in its apo state and in complex with clinical trial drugs iclepertin and sarcosine. The GlyT1 in its apo state is determined in three distinct conformations, exhibiting a conformational equilibrium of the transport cycle. The complex structures with inhibitor iclepertin and sarcosine elucidate their unique binding poses with GlyT1. Three binding sites of cholesterol are determined in GlyT1, two of which are conformation-dependent. Transport kinetics studies reveal that a delicate binding equilibrium for cholesterol is crucial for the conformational transition of GlyT1. This study significantly enhances our understanding of the physiological and pharmacological aspects of GlyT1.
履歴
登録2024年9月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年3月5日-
マップ公開2025年3月5日-
更新2025年3月26日-
現状2025年3月26日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_61580.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_61580.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.06 Å/pix.
x 256 pix.
= 272. Å		1.06 Å/pix.
x 256 pix.
= 272. Å		1.06 Å/pix.
x 256 pix.
= 272. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.0625 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.5
最小 - 最大-0.5527117 - 1.1895673
平均 (標準偏差)-0.0005406298 (±0.023747591)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 272.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_61580_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_61580_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : human glycine transporter 1 (GlyT1)

全体名称: human glycine transporter 1 (GlyT1)
要素
  • 複合体: human glycine transporter 1 (GlyT1)
    • タンパク質・ペプチド: Isoform GlyT-1B of Sodium- and chloride-dependent glycine transporter 1

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超分子 #1: human glycine transporter 1 (GlyT1)

超分子名称: human glycine transporter 1 (GlyT1) / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Isoform GlyT-1B of Sodium- and chloride-dependent glycine transpo...

分子名称: Isoform GlyT-1B of Sodium- and chloride-dependent glycine transporter 1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
配列文字列: MSGGDTRAAI ARPRMAAAHG PVAPSSPEQN GAVPSEATKR DQNLKRGNWG NQIEFVLTSV GYAVGLGNVW RFPYLCYRNG GGAFMFPYFI MLIFCGIPLF FMELSFGQFA SQGCLGVWRI SPMFKGVGYG MMVVSTYIGI YYNVVICIAF YYFFSSMTHV LPWAYCNNPW ...文字列:
MSGGDTRAAI ARPRMAAAHG PVAPSSPEQN GAVPSEATKR DQNLKRGNWG NQIEFVLTSV GYAVGLGNVW RFPYLCYRNG GGAFMFPYFI MLIFCGIPLF FMELSFGQFA SQGCLGVWRI SPMFKGVGYG MMVVSTYIGI YYNVVICIAF YYFFSSMTHV LPWAYCNNPW NTHDCAGVLD ASNLTNGSRP AALPSNLSHL LNHSLQRTSP SEEYWRLYVL KLSDDIGNFG EVRLPLLGCL GVSWLVVFLC LIRGVKSSGK VVYFTATFPY VVLTILFVRG VTLEGAFDGI MYYLTPQWDK ILEAKVWGDA ASQIFYSLGC AWGGLITMAS YNKFHNNCYR DSVIISITNC ATSVYAGFVI FSILGFMANH LGVDVSRVAD HGPGLAFVAY PEALTLLPIS PLWSLLFFFM LILLGLGTQF CLLETLVTAI VDEVGNEWIL QKKTYVTLGV AVAGFLLGIP LTSQAGIYWL LLMDNYAASF SLVVISCIMC VAIMYIYGHR NYFQDIQMML GFPPPLFFQI CWRFVSPAII FFILVFTVIQ YQPITYNHYQ YPGWAVAIGF LMALSSVLCI PLYAMFRLCR TDGDTLLQRL KNATKPSRDW GPALLEHRTG RYAPTIAPSP EDGFEVQPLH PDKAQIPIVG SNGSSRLQDS RI

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOCONTINUUM (6k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.05 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 9711
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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