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万見
- EMDB-61533: putative MgE1-ATP of human TMEM94 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-61533
タイトルputative MgE1-ATP of human TMEM94
マップデータ
試料
  • 細胞器官・細胞要素: putative MgE1-ATP of TMEM94
    • 細胞器官・細胞要素: humam TMEM94
      • タンパク質・ペプチド: Endoplasmic reticulum magnesium-transporting P-type ATPase
  • リガンド: (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate
キーワードMEMBRANE PROTEIN
機能・相同性magnesium ion transport from cytosol to endoplasmic reticulum / Transmembrane protein 94 / P-type magnesium transporter activity / intracellular magnesium ion homeostasis / P-type ATPase, transmembrane domain superfamily / endoplasmic reticulum membrane / Transmembrane protein 94
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.49 Å
データ登録者Gong DS
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: Cell Discov / 年: 2025
タイトル: Structural analysis of full-length human transmembrane protein 94 argues against its classification as a P-type Mg ATPase.
著者: Yuqi Li / Ye Cong / Xinyao Lou / Weiping Li / Runhao Wang / Mingyu Gong / Jiaxian Xiao / Dandan Qian / Chuangye Yan / Deshun Gong /
履歴
登録2024年9月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年6月11日-
マップ公開2025年6月11日-
更新2025年6月11日-
現状2025年6月11日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_61533.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_61533.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 360 pix.
= 298.8 Å		0.83 Å/pix.
x 360 pix.
= 298.8 Å		0.83 Å/pix.
x 360 pix.
= 298.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.83 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.499
最小 - 最大-2.3863337 - 3.6339052
平均 (標準偏差)-0.0010760528 (±0.07037286)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 298.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_61533_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_61533_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : putative MgE1-ATP of TMEM94

全体名称: putative MgE1-ATP of TMEM94
要素
  • 細胞器官・細胞要素: putative MgE1-ATP of TMEM94
    • 細胞器官・細胞要素: humam TMEM94
      • タンパク質・ペプチド: Endoplasmic reticulum magnesium-transporting P-type ATPase
  • リガンド: (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate

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超分子 #1: putative MgE1-ATP of TMEM94

超分子名称: putative MgE1-ATP of TMEM94 / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1

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超分子 #3: humam TMEM94

超分子名称: humam TMEM94 / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Endoplasmic reticulum magnesium-transporting P-type ATPase

分子名称: Endoplasmic reticulum magnesium-transporting P-type ATPase
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: P-type Mg2+ transporter
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 155.632641 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MDLKEKHLGE PPSALGLSTR KALSVLKEQL EAVLEGHLRE RKKCLTWKEV WRSSFLHHSN RCSCFHWPGA SLMLLAVLLL LGCCGGQPA GSRGVGLVNA SALFLLLLLN LVLIGRQDRL KRREVERRLR GIIDQIQDAL RDGREIQWPS AMYPDLHMPF A PSWSLHWA ...文字列:
MDLKEKHLGE PPSALGLSTR KALSVLKEQL EAVLEGHLRE RKKCLTWKEV WRSSFLHHSN RCSCFHWPGA SLMLLAVLLL LGCCGGQPA GSRGVGLVNA SALFLLLLLN LVLIGRQDRL KRREVERRLR GIIDQIQDAL RDGREIQWPS AMYPDLHMPF A PSWSLHWA YRDGHLVNLP VSLLVEGDII ALRPGQESFA SLRGIKDDEH IVLEPGDLFP PFSPPPSPRG EVERGPQSPQ QH RLFRVLE TPVIDNIRWC LDMALSRPVT ALDNERFTVQ SVMLHYAVPV VLAGFLITNA LRFIFSAPGV TSWQYTLLQL QVN GVLPIL PLLFPVLWVL ATACGEARVL AQMSKASPSS LLAKFSEDTL SSYTEAVSSQ EMLRCIWGHF LRVLGGTSPT LSHS SSLLH SLGSVTVLCC VDKQGILSWP NPSPETVLFF SGKVEPPHSS HEDLTDGLST RSFCHPEPHE RDALLAGSLN NTLHL SNEQ ERGDWPGEAP KPPEPYSHHK AHGRSKHPSG SNVSFSRDTE GGEEEPSKTQ PGMESDPYEA EDFVCDYHLE MLSLSQ DQQ NPSCIQFDDS NWQLHLTSLK PLGLNVLLNL CDASVTERLC RFSDHLCNIA LQESHSAVLP VHVPWGLCEL ARLIGFT PG AKELFKQENH LALYRLPSAE TMKETSLGRL SCVTKRRPPL SHMISLFIKD TTTSTEQMLS HGTADVVLEA CTDFWDGA D IYPLSGSDRK KVLDFYQRAC LSGYCSAFAY KPMNCALSSQ LNGKCIELVQ VPGQSSIFTM CELPSTIPIK QNARRSSWS SDEGIGEVLE KEDCMQALSG QIFMGMVSSQ YQARLDIVRL IDGLVNACIR FVYFSLEDEL KSKVFAEKMG LETGWNCHIS LTPNGDMPG SEIPPSSPSH AGSLHDDLNQ VSRDDAEGLL LMEEEGHSDL ISFQPTDSDI PSFLEDSNRA KLPRGIHQVR P HLQNIDNV PLLVPLFTDC TPETMCEMIK IMQEYGEVTC CLGSSANLRN SCLFLQSDIS IALDPLYPSR CSWETFGYAT SI SMAQASD GLSPLQLSGQ LNSLPCSLTF RQEETISIIR LIEQARHATY GIRKCFLFLL QCQLTLVVIQ FLSCLVQLPP LLS TTDILW LSCFCYPLLS ISLLGKPPHS SIMSMATGKN LQSIPKKTQH YFLLCFLLKF SLTISSCLIC FGFTLQSFCD SSRD RNLTN CSSVMLPSND DRAPAWFEDF ANGLLSAQKL TAALIVLHTV FISITHVHRT KPLWRKSPLT NLWWAVTVPV VLLGQ VVQT AVDLQLWTHR DSHVHFGLED VPLLTWLLGC LSLVLVVVTN EIVKLHEIRV RVRYQKRQKL QFETKLGMNS PFLEGS DEV DAGSHHHHHH HHHHGSVEDY KDDDDKVIAE P

UniProtKB: Transmembrane protein 94

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分子 #3: (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(tri...

分子名称: (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate
タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1 / 式: POV
分子量理論値: 760.076 Da
Chemical component information

ChemComp-POV:
(2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate / リン脂質*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.3 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.49 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 394712
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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