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万見
- EMDB-61515: Cryo-EM structure of human ZnT3 under acidic conditions -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-61515
タイトルCryo-EM structure of human ZnT3 under acidic conditions
マップデータ
試料
  • 複合体: ZnT3
    • タンパク質・ペプチド: Probable proton-coupled zinc antiporter SLC30A3
キーワードzinc transporter / membrane protein / ZnT / antiporter
機能・相同性
機能・相同性情報


zinc ion import into synaptic vesicle / positive regulation of transport / hippocampal mossy fiber / zinc ion import into lysosome / Zinc efflux and compartmentalization by the SLC30 family / microvesicle / zinc ion transmembrane transporter activity / zinc ion transmembrane transport / antiporter activity / response to zinc ion ...zinc ion import into synaptic vesicle / positive regulation of transport / hippocampal mossy fiber / zinc ion import into lysosome / Zinc efflux and compartmentalization by the SLC30 family / microvesicle / zinc ion transmembrane transporter activity / zinc ion transmembrane transport / antiporter activity / response to zinc ion / hippocampal mossy fiber to CA3 synapse / synaptic vesicle / synaptic vesicle membrane / late endosome membrane / late endosome / neuron projection / lysosomal membrane / glutamatergic synapse / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Cation efflux protein, cytoplasmic domain superfamily / Cation efflux protein / Cation efflux transmembrane domain superfamily / Cation efflux transmembrane domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Probable proton-coupled zinc antiporter SLC30A3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.0 Å
データ登録者Ishida H / Yo R / Zhnag Z / Shimizu T / Ohto U
資金援助 日本, 1件
OrganizationGrant number国
Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology (Japan)20K16274 and 22K07131 (H.I.); 22K15046 and 24K09349 (Z.Z.); 19H00976, 22H05184, and 23H00366 (T.S.); and 19H03164 and 22H02556 [U.O.) 日本
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural basis for the zinc transporters, ZnT3 and ZnT4
著者: Ishida H / Yo R / Zhang Z / Shimizu T / Ohto U
履歴
登録2024年9月12日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年6月4日-
マップ公開2025年6月4日-
更新2025年6月4日-
現状2025年6月4日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_61515.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_61515.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 300 pix.
= 249. Å		0.83 Å/pix.
x 300 pix.
= 249. Å		0.83 Å/pix.
x 300 pix.
= 249. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.83 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0428
最小 - 最大-0.11881974 - 0.21482779
平均 (標準偏差)-0.0005515029 (±0.0042483476)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 249.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_61515_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_61515_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : ZnT3

全体名称: ZnT3
要素
  • 複合体: ZnT3
    • タンパク質・ペプチド: Probable proton-coupled zinc antiporter SLC30A3

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超分子 #1: ZnT3

超分子名称: ZnT3 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Probable proton-coupled zinc antiporter SLC30A3

分子名称: Probable proton-coupled zinc antiporter SLC30A3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 43.927316 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MEPSPAAGGL ETTRLVSPRD RGGAGGSLRL KSLFTEPSEP LPEESKPVEM PFHHCHRDPL PPPGLTPERL HARRQLYAAC AVCFVFMAG EVVGGYLAHS LAIMTDAAHL LADVGSMMGS LFSLWLSTRP ATRTMTFGWH RSETLGALAS VVSLWMVTGI L LYLAFVRL ...文字列:
MEPSPAAGGL ETTRLVSPRD RGGAGGSLRL KSLFTEPSEP LPEESKPVEM PFHHCHRDPL PPPGLTPERL HARRQLYAAC AVCFVFMAG EVVGGYLAHS LAIMTDAAHL LADVGSMMGS LFSLWLSTRP ATRTMTFGWH RSETLGALAS VVSLWMVTGI L LYLAFVRL LHSDYHIEGG AMLLTASIAV CANLLMAFVL HQAGPPHSHG SRGAEYAPLE EGPEEPLPLG NTSVRAAFVH VL GDLLQSF GVLAASILIY FKPQYKAADP ISTFLFSICA LGSTAPTLRD VLRILMEGTP RNVGFEPVRD TLLSVPGVRA THE LHLWAL TLTYHVASAH LAIDSTADPE AVLAEASSRL YSRFGFSSCT LQVEQYQPEM AQCLRCQEPP QAGSIEGRIV KDYK DDDDK

UniProtKB: Probable proton-coupled zinc antiporter SLC30A3

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 65.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 279000
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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