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万見
- EMDB-61487: Cryo-EM structure of CpAgo_gDNA-tg_bubble_dsDNA monomeric ternary... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-61487
タイトルCryo-EM structure of CpAgo_gDNA-tg_bubble_dsDNA monomeric ternary complex
マップデータCryo-EM structure of CpAgo_gDNA-tg_bubble dsDNA monomeric ternary complex
試料
  • 複合体: Cryo-EM structure of CpAgo_gDNA-tg_bubble_dsDNA monomeric ternary complex
    • タンパク質・ペプチド: Clostridium perfringen Argonaute
    • DNA: DNA (5'-D(P*TP*GP*AP*GP*GP*TP*AP*GP*TP*AP*GP*GP*TP*TP*GP*TP*AP*TP*AP*GP*T)-3')
    • DNA: DNA (58-MER)
  • リガンド: MANGANESE (II) ION
キーワードpAgos / nucleotide-binding pocket / PAZ / cryo-EM / DNA BINDING PROTEIN/DNA / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
生物種Clostridium perfringens (ウェルシュ菌) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Liu Y / Li S / Zhang K
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Other government
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Dimeric state and novel nucleotide-binding pocket drive CpAgo-mediated DNA cleavage
著者: Liu Y / Li S / Zhang K
履歴
登録2024年9月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年7月30日-
マップ公開2025年7月30日-
更新2025年7月30日-
現状2025年7月30日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_61487.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_61487.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryo-EM structure of CpAgo_gDNA-tg_bubble dsDNA monomeric ternary complex
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.82 Å/pix.
x 256 pix.
= 209.92 Å		0.82 Å/pix.
x 256 pix.
= 209.92 Å		0.82 Å/pix.
x 256 pix.
= 209.92 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.82 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.027
最小 - 最大-0.08367752 - 0.19693023
平均 (標準偏差)0.00017117755 (±0.005909533)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 209.92 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: Cryo-EM structure of CpAgo gDNA-tg bubble dsDNA monomeric ternary complex...

ファイルemd_61487_additional_1.map
注釈Cryo-EM structure of CpAgo_gDNA-tg_bubble dsDNA monomeric ternary complex
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Cryo-EM structure of CpAgo gDNA-tg bubble dsDNA monomeric ternary complex...

ファイルemd_61487_half_map_1.map
注釈Cryo-EM structure of CpAgo_gDNA-tg_bubble dsDNA monomeric ternary complex
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Cryo-EM structure of CpAgo gDNA-tg bubble dsDNA monomeric ternary complex...

ファイルemd_61487_half_map_2.map
注釈Cryo-EM structure of CpAgo_gDNA-tg_bubble dsDNA monomeric ternary complex
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Cryo-EM structure of CpAgo_gDNA-tg_bubble_dsDNA monomeric ternary...

全体名称: Cryo-EM structure of CpAgo_gDNA-tg_bubble_dsDNA monomeric ternary complex
要素
  • 複合体: Cryo-EM structure of CpAgo_gDNA-tg_bubble_dsDNA monomeric ternary complex
    • タンパク質・ペプチド: Clostridium perfringen Argonaute
    • DNA: DNA (5'-D(P*TP*GP*AP*GP*GP*TP*AP*GP*TP*AP*GP*GP*TP*TP*GP*TP*AP*TP*AP*GP*T)-3')
    • DNA: DNA (58-MER)
  • リガンド: MANGANESE (II) ION

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超分子 #1: Cryo-EM structure of CpAgo_gDNA-tg_bubble_dsDNA monomeric ternary...

超分子名称: Cryo-EM structure of CpAgo_gDNA-tg_bubble_dsDNA monomeric ternary complex
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Clostridium perfringens (ウェルシュ菌)
分子量理論値: 100 KDa

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分子 #1: Clostridium perfringen Argonaute

分子名称: Clostridium perfringen Argonaute / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Clostridium perfringens (ウェルシュ菌)
分子量理論値: 86.285242 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MVGGYKVSNL TVEAFEGIGS VNPMLFYQYK VTGKGKYDNV YKIIKSARYK MHSKNRFKPV FIKDDKLYTL EKLPDIEDLD FANINFVKS EVLSIEDNMS IYGEVVEYYI NLKLKKVKVL GKYPKYRINY SKEILSNTLL TRELKDEFKK SNKGFNLKRK F RISPVVNK ...文字列:
MVGGYKVSNL TVEAFEGIGS VNPMLFYQYK VTGKGKYDNV YKIIKSARYK MHSKNRFKPV FIKDDKLYTL EKLPDIEDLD FANINFVKS EVLSIEDNMS IYGEVVEYYI NLKLKKVKVL GKYPKYRINY SKEILSNTLL TRELKDEFKK SNKGFNLKRK F RISPVVNK MGKVILYLSC SADFSTNKNI YEMLKEGLEV EGLAVKSEWS NISGNLVIES VLETKISEPT SLGQSLIDYY KN NNQGYRV KDFTDEDLNA NIVNVRGNKK IYMYIPHALK PIITREYLAK NDPEFSKEIE QLIKMNMNYR YETLKSFVND IGV IEELNN LSFKNKYYED VKLLGYSSGK IDEPVLMGAK GIIKNKMQIF SNGFYKLPEG KVRFGVLYPK EFDGVSRKAI RAIY DFSKE GKYHGESNKY IAEHLINVEF NPKECIFEGY ELGDITEYKK AALKLNNYNN VDFVIAIVPN MSDEEIENSY NPFKK IWAE LNLPSQMISV KTAEIFANSR DNTALYYLHN IVLGILGKIG GIPWVVKDMK GDVDCFVGLD VGTREKGIHY PACSVV FDK YGKLINYYKP NIPQNGEKIN TEILQEIFDK VLISYEEENG AYPKNIVIHR AGFSREDLDW YENYFGKKNI KFNIIEV KK STPLKIASIN EGNITNPEKG SYILRGNKAY MVTTDIKENL GSPKPLKIEK SYGDIDMLTA LSQIYALTQI HVGATKSL R LPITTGYADK ICKAIEFIPQ GRVDNRLFFL

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分子 #2: DNA (5'-D(P*TP*GP*AP*GP*GP*TP*AP*GP*TP*AP*GP*GP*TP*TP*GP*TP*AP*TP...

分子名称: DNA (5'-D(P*TP*GP*AP*GP*GP*TP*AP*GP*TP*AP*GP*GP*TP*TP*GP*TP*AP*TP*AP*GP*T)-3')
タイプ: dna / ID: 2 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 6.588266 KDa
配列文字列:
(DT)(DG)(DA)(DG)(DG)(DT)(DA)(DG)(DT)(DA) (DG)(DG)(DT)(DT)(DG)(DT)(DA)(DT)(DA)(DG) (DT)

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分子 #3: DNA (58-MER)

分子名称: DNA (58-MER) / タイプ: dna / ID: 3 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 17.721516 KDa
配列文字列: (DA)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DA)(DT)(DA)(DA) (DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DC) (DT)(DA)(DT)(DA)(DC)(DA)(DA)(DC)(DC) (DT)(DA)(DC)(DT)(DA)(DC)(DC)(DT)(DC)(DA) (DT) (DA)(DT)(DA)(DA)(DA) ...文字列:
(DA)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DA)(DT)(DA)(DA) (DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DC) (DT)(DA)(DT)(DA)(DC)(DA)(DA)(DC)(DC) (DT)(DA)(DC)(DT)(DA)(DC)(DC)(DT)(DC)(DA) (DT) (DA)(DT)(DA)(DA)(DA)(DT)(DT)(DT) (DT)(DT)(DA)(DA)(DA)(DT)(DA)(DA)(DA)(DT)

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分子 #4: MANGANESE (II) ION

分子名称: MANGANESE (II) ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: MN
分子量理論値: 54.938 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 48.6 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 1609554
CTF補正タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.5.1) / 使用した粒子像数: 159745
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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