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- EMDB-61466: cryo-EM structure of 5-Hydroxytryptamine 2B Receptor in complex w... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-61466
タイトルcryo-EM structure of 5-Hydroxytryptamine 2B Receptor in complex with balovaptan
マップデータ
試料
  • 複合体: 5-Hydroxytryptamine 2B Receptor/de novo design fusion protein
    • タンパク質・ペプチド: Soluble cytochrome b562,5-hydroxytryptamine receptor 2B,Soluble cytochrome b562,5-hydroxytryptamine receptor 2B,de novo design fusion protein
  • リガンド: 8-chloranyl-5-methyl-1-(4-pyridin-2-yloxycyclohexyl)-4,6-dihydro-[1,2,4]triazolo[4,3-a][1,4]benzodiazepine
キーワードGPCR / inactive-state / de novo protein / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


intestine smooth muscle contraction / Gq/11-coupled serotonin receptor activity / positive regulation of phosphatidylinositol biosynthetic process / G protein-coupled serotonin receptor signaling pathway / G protein-coupled serotonin receptor complex / regulation of behavior / Serotonin receptors / serotonin receptor activity / phospholipase C-activating serotonin receptor signaling pathway / G protein-coupled serotonin receptor activity ...intestine smooth muscle contraction / Gq/11-coupled serotonin receptor activity / positive regulation of phosphatidylinositol biosynthetic process / G protein-coupled serotonin receptor signaling pathway / G protein-coupled serotonin receptor complex / regulation of behavior / Serotonin receptors / serotonin receptor activity / phospholipase C-activating serotonin receptor signaling pathway / G protein-coupled serotonin receptor activity / serotonin receptor signaling pathway / embryonic morphogenesis / vasoconstriction / neurotransmitter receptor activity / serotonin binding / cardiac muscle hypertrophy / neural crest cell migration / neural crest cell differentiation / cGMP-mediated signaling / positive regulation of cell division / G protein-coupled receptor signaling pathway, coupled to cyclic nucleotide second messenger / G-protein alpha-subunit binding / heart morphogenesis / release of sequestered calcium ion into cytosol / positive regulation of endothelial cell proliferation / ERK1 and ERK2 cascade / GTPase activator activity / positive regulation of cytokine production / calcium-mediated signaling / electron transport chain / intracellular calcium ion homeostasis / chemical synaptic transmission / G alpha (q) signalling events / periplasmic space / electron transfer activity / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / G protein-coupled receptor signaling pathway / iron ion binding / response to xenobiotic stimulus / positive regulation of cell population proliferation / synapse / heme binding / dendrite / negative regulation of apoptotic process / nucleoplasm / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
5-Hydroxytryptamine 2B receptor / 5-hydroxytryptamine receptor family / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562 / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
類似検索 - ドメイン・相同性
Soluble cytochrome b562 / 5-hydroxytryptamine receptor 2B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Gao K / Zhang X / Liu X
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)81974236 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: cryo-EM structure of 5-Hydroxytryptamine 2B Receptor in complex with balovaptan
著者: Kaixuan G / Xin Z / Xiangyu L
履歴
登録2024年9月7日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年7月16日-
マップ公開2025年7月16日-
更新2025年7月16日-
現状2025年7月16日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_61466.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_61466.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.1 Å/pix.
x 256 pix.
= 281.062 Å		1.1 Å/pix.
x 256 pix.
= 281.062 Å		1.1 Å/pix.
x 256 pix.
= 281.062 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.0979 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.5
最小 - 最大-2.7810917 - 3.8565443
平均 (標準偏差)-0.00073989766 (±0.055128247)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 281.0624 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_61466_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_61466_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : 5-Hydroxytryptamine 2B Receptor/de novo design fusion protein

全体名称: 5-Hydroxytryptamine 2B Receptor/de novo design fusion protein
要素
  • 複合体: 5-Hydroxytryptamine 2B Receptor/de novo design fusion protein
    • タンパク質・ペプチド: Soluble cytochrome b562,5-hydroxytryptamine receptor 2B,Soluble cytochrome b562,5-hydroxytryptamine receptor 2B,de novo design fusion protein
  • リガンド: 8-chloranyl-5-methyl-1-(4-pyridin-2-yloxycyclohexyl)-4,6-dihydro-[1,2,4]triazolo[4,3-a][1,4]benzodiazepine

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超分子 #1: 5-Hydroxytryptamine 2B Receptor/de novo design fusion protein

超分子名称: 5-Hydroxytryptamine 2B Receptor/de novo design fusion protein
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Soluble cytochrome b562,5-hydroxytryptamine receptor 2B,Soluble c...

分子名称: Soluble cytochrome b562,5-hydroxytryptamine receptor 2B,Soluble cytochrome b562,5-hydroxytryptamine receptor 2B,de novo design fusion protein
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 63.403453 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: DYKDDDAADL EDNWETLNDN LKVIEKADNA AQVKDALTKM RAAALDAQKA TPPKLEDKSP DSPEMKDFRH GFDILVGQID DALKLANEG KVKEAQAAAE QLKTTRNAYI QKYLTESIPE EMKQIVEEQG NKLHWAALLI LMVIIPTIGG NTLVILAVSL E KKLQYATN ...文字列:
DYKDDDAADL EDNWETLNDN LKVIEKADNA AQVKDALTKM RAAALDAQKA TPPKLEDKSP DSPEMKDFRH GFDILVGQID DALKLANEG KVKEAQAAAE QLKTTRNAYI QKYLTESIPE EMKQIVEEQG NKLHWAALLI LMVIIPTIGG NTLVILAVSL E KKLQYATN YFLMSLAVAD LLVGLFVMPI ALLTIMFEAM WPLPLVLCPA WLFLDVLFST ASIWHLCAIS VDRYIAIKKP IQ ANQYNSR ATAFIKITVV WLISIGIAIP VPIKGIETDV DNPNNITCVL TKERFGDFML FGSLAAFFTP LAIMIVTYFL TIR FRRRGA EALERAFSLE DDKEALLAAL DALAEAFADD AELTALLALL RRLLEDPDLP ADELAALRAA LTRFPEFREA LLAL LDRYL ATRDLADARD LVWALVLAIA SDPRYRPAVA AMIAFGDAEV LRAGLLRGAE ALGLPGGEAL VEEIMAEAEN EQRAS KVLG IVFFLFLLMW CPFFITNITL VLCDSCNQTT LQMLLEIFVW IGYVSSGVNP LVYTLFNKTF RDAFGRYITC NYRATK SVH HHHHH

UniProtKB: Soluble cytochrome b562, 5-hydroxytryptamine receptor 2B, 5-hydroxytryptamine receptor 2B

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分子 #2: 8-chloranyl-5-methyl-1-(4-pyridin-2-yloxycyclohexyl)-4,6-dihydro-...

分子名称: 8-chloranyl-5-methyl-1-(4-pyridin-2-yloxycyclohexyl)-4,6-dihydro-[1,2,4]triazolo[4,3-a][1,4]benzodiazepine
タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 1 / 式: A1EB7
分子量理論値: 409.912 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度10 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS TITAN THEMIS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.1 µm

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 291656
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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