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- EMDB-61459: Structure of the BtpeA effector and BtaeB effector bound to the V... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-61459
タイトルStructure of the BtpeA effector and BtaeB effector bound to the VgrG spike from the Type VI secretion system
マップデータ
試料
  • 複合体: VgrG-BtpeA-BtaeB complex
    • タンパク質・ペプチド: DUF3289 family protein
    • タンパク質・ペプチド: Peptidase C39-like domain-containing protein
    • タンパク質・ペプチド: Type VI secretion system spike protein VgrG
  • リガンド: ZINC ION
キーワードT6SS / Co-delivery / effector complex / VgrG spike / ANTIMICROBIAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Conserved hypothetical protein CHP03034 / Protein of unknown function DUF4280 / Protein of unknown function (DUF3289) / Domain of unknown function (DUF4280) / Phage tail baseplate hub (GPD) / Gp5/Type VI secretion system Vgr protein, OB-fold domain / Type VI secretion system/phage-baseplate injector OB domain / Vgr protein, OB-fold domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Phage baseplate assembly protein V / DUF3289 family protein
類似検索 - 構成要素
生物種Bacteroides fragilis (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.97 Å
データ登録者Zheng SN / Li WX / Chen Z / Gao X
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)323B2003 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Synergistic Function and Effector-Dependent Secretion in the Type VI Secretion System
著者: Li WX / Zheng SN / Chen Z / Gao X
履歴
登録2024年9月6日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年9月10日-
マップ公開2025年9月10日-
更新2025年9月10日-
現状2025年9月10日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_61459.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_61459.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 421.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.18 Å/pix.
x 480 pix.
= 566.4 Å		1.18 Å/pix.
x 480 pix.
= 566.4 Å		1.18 Å/pix.
x 480 pix.
= 566.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.18 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.8
最小 - 最大-5.131851 - 8.992292000000001
平均 (標準偏差)-0.0009323316 (±0.16884485)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ480480480
Spacing480480480
セルA=B=C: 566.39996 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_61459_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_61459_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : VgrG-BtpeA-BtaeB complex

全体名称: VgrG-BtpeA-BtaeB complex
要素
  • 複合体: VgrG-BtpeA-BtaeB complex
    • タンパク質・ペプチド: DUF3289 family protein
    • タンパク質・ペプチド: Peptidase C39-like domain-containing protein
    • タンパク質・ペプチド: Type VI secretion system spike protein VgrG
  • リガンド: ZINC ION

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超分子 #1: VgrG-BtpeA-BtaeB complex

超分子名称: VgrG-BtpeA-BtaeB complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Bacteroides fragilis (バクテリア)

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分子 #1: DUF3289 family protein

分子名称: DUF3289 family protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacteroides fragilis (バクテリア)
分子量理論値: 68.774492 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MAGKEFVVDK AMCMCKYGAA PGKLMVTDNQ FFRLNGTKLC ASTMTLGNVI YPPGFGICKV NPMFPKPCVP AITQWNGQFS KITMMGGNP LTDKSKGTCS CGGPDCIEFM QTGQIPVPGS KQMQQATGEH QGELDAMGDP SALTKHPVDT PTSLLLKEGN I LVKAVKGE ...文字列:
MAGKEFVVDK AMCMCKYGAA PGKLMVTDNQ FFRLNGTKLC ASTMTLGNVI YPPGFGICKV NPMFPKPCVP AITQWNGQFS KITMMGGNP LTDKSKGTCS CGGPDCIEFM QTGQIPVPGS KQMQQATGEH QGELDAMGDP SALTKHPVDT PTSLLLKEGN I LVKAVKGE AESFSGQTLI YEVEHYNTPI VSDEIRSHVK WKVTIGEKEE TVDQPGTDVL ELSVKEEWQG KKLCVQAYIN QP SDNVKVN TQIKKWEFPI IVDRYKMPGL NDTGTDIADD MAYGYGVNTK KCVYSTLLIK QLIESYEQKH ENKKIDNILS NSI DYDPEP PMFSTSSLDT KQKMERYIRV KNAKAIYSKE DFPKISSRIQ EGVRFLRKGG DDFTDEELFA DFEAMAKLAF SSLN SEMRG NIVRMIAKFR QNNGGVYEDS VLTDHIKKHP STIRYCNQLE TYIKKELQDS KGDVSTLEDI KIFFKGERDL LEDIL KKRV NDKYHKKDFS LTPVYDAGFI SFKNIGRKTE QIKNATQGYT IALNDIWSTE VIIKKYVLNG NSYTVDYRVT LWDHFG LDA PDLEANKVAA YGAGFRAWFI LQHFRGYKPF ITKITFDKTF KGKIQ

UniProtKB: DUF3289 family protein

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分子 #2: Peptidase C39-like domain-containing protein

分子名称: Peptidase C39-like domain-containing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacteroides fragilis (バクテリア)
分子量理論値: 69.103289 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MSDDKSQLTI SIDIKAEDRK YQIVENSVTS ILFKVSDTTT RYVYNIRMGE MRNESETTPE GLKNLNLKKE CDLSVKIRTE ADQAFVLSE KHRGNIMLVE FFKYEGIPVL CASCVLIVKP SDLKITQVIF KDSTGKEVGC GSVQYEANLK FALRVKYNRP L LRGEKAPK ...文字列:
MSDDKSQLTI SIDIKAEDRK YQIVENSVTS ILFKVSDTTT RYVYNIRMGE MRNESETTPE GLKNLNLKKE CDLSVKIRTE ADQAFVLSE KHRGNIMLVE FFKYEGIPVL CASCVLIVKP SDLKITQVIF KDSTGKEVGC GSVQYEANLK FALRVKYNRP L LRGEKAPK LKCKGYCTNA VTGEYEEISK FRVDENGAYT DTFYCDDGLQ ESHAGADYVF SFGINNPYGP PFMIEDTNVP VP SIQKIHL IGRNLKKPQI TSVIWSSKEM IKFGEDSPRR KSINYNEDGF LHIHARGMYG QKVRVELFEK DSTGIKKLLL GLK DDVTIL DNVVCVPVEM SGVYAKAAKG RHALAEGLSF EILAKVTPLD TSIAAFEQDD KSLIELQIYG KADEDKAAKS TVNG TMKFM IADVEEDEKG EEEKAIEEGV CPLCGKKHID LRSKIDYQTQ FDSRFGTKKE QNVACYKACK VILTNAGLSP NSAPN DNTV IQIGVEKSST DNSSHSSSLT IDFVKASEGL NYINQQLETG YPILVGVDYK AGSPNSDKTT DHFIVIVGRG CKNNEV YYL FYEVGTGQQE NGQYKGAHEN NKLYLKKDNT LQGTPYHNSN KKYIVVQIRK NILS

UniProtKB: UNIPROTKB: A0A5C6HES3

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分子 #3: Type VI secretion system spike protein VgrG

分子名称: Type VI secretion system spike protein VgrG / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacteroides fragilis (バクテリア)
分子量理論値: 68.113883 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MASTNLDAVS VEIKVAGKVC DYVTMELFQS VSTHHRFKIK VNYRPDKPSV WAIGPDVIFK QLGEKVSIIM THHESGEKTE FHGLISDIH VEGFDGNQGF VILEGGSPTI LLDRDPAMDC YVEQNLNTIV SDILDKSGVK MNVTNNPKHT DIIPYVARYK E TSYGFLSR ...文字列:
MASTNLDAVS VEIKVAGKVC DYVTMELFQS VSTHHRFKIK VNYRPDKPSV WAIGPDVIFK QLGEKVSIIM THHESGEKTE FHGLISDIH VEGFDGNQGF VILEGGSPTI LLDRDPAMDC YVEQNLNTIV SDILDKSGVK MNVTNNPKHT DIIPYVARYK E TSYGFLSR LLRSYGEWFY YNGETLQIGN PEIETESRAG YDVDLTGVSI NATIRSLNHS TYEFDPVNDK FYYDYSGTPK GA TLGSRSA EKCSEPIFPT EAKLPSMRPA YSAMDLEHYG DAGFHRNYSQ LSQIKASSRY CGIRLGELVV TRVPESFPGV KIT DLGRYR ITEITHTVDG QGRYSNTFCG VPGGTPVMPW GDAVMPVAYP EMARVVSNED PKNQGRVKVQ FMWQEVDGGE SYWM RVQSP DAGKSDQVAK NRGFVFIPEP GDLVMVGFEQ GNPDRPYVTG SLFYKANSQG AATDNTVKSI RTRSGHTLEF NDDEG GDWG ITIKDRNGCM FHFDTKGKNI EITAPETMTL NAQNININAG EQLNTSSGKE TVMQIGTDFQ QDVGGNAEIA IGESLT ESI AKDSTNSIAG NLSVTVDENL MYDAQDMTLT AQGGMKLLAN AKIGLKSSEG VDIAQ

UniProtKB: Phage baseplate assembly protein V

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分子 #4: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.97 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 73616
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 温度因子: 112.3
得られたモデル

PDB-9jg9:
Structure of the BtpeA effector and BtaeB effector bound to the VgrG spike from the Type VI secretion system

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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