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- EMDB-61446: Cryo-EM structure of neuropeptide FF receptor 2 in the ligand-fre... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-61446
タイトルCryo-EM structure of neuropeptide FF receptor 2 in the ligand-free state with BRIL fusion, anti-BRIL Fab, and nanobody
マップデータ
試料
  • 複合体: human neuropeptide FF receptor 2 in the apo state with BRIL fusion, anti-BRIL Fab, and nanobody
    • タンパク質・ペプチド: Isoform 2 of Neuropeptide FF receptor 2,Soluble cytochrome b562
    • タンパク質・ペプチド: Anti-BRIL fab heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: Anti-fab nanobody
    • タンパク質・ペプチド: Anti-BRIL fab light chain
キーワードGPCR / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


opioid receptor binding / Orexin and neuropeptides FF and QRFP bind to their respective receptors / detection of abiotic stimulus / neuropeptide receptor activity / regulation of MAPK cascade / cellular response to hormone stimulus / neuropeptide signaling pathway / electron transport chain / G protein-coupled receptor activity / actin cytoskeleton ...opioid receptor binding / Orexin and neuropeptides FF and QRFP bind to their respective receptors / detection of abiotic stimulus / neuropeptide receptor activity / regulation of MAPK cascade / cellular response to hormone stimulus / neuropeptide signaling pathway / electron transport chain / G protein-coupled receptor activity / actin cytoskeleton / G alpha (q) signalling events / periplasmic space / electron transfer activity / iron ion binding / G protein-coupled receptor signaling pathway / heme binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Neuropeptide FF receptor, type 2 / Neuropeptide FF receptor family / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562 / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein coupled receptors family 1 signature. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Soluble cytochrome b562 / Neuropeptide FF receptor 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.91 Å
データ登録者Kim J / Choi H-J
資金援助 韓国, 1件
OrganizationGrant number国
National Research Foundation (NRF, Korea) 韓国
引用ジャーナル: EMBO Rep / 年: 2025
タイトル: Structural insights into the selective recognition of RF-amide peptides by neuropeptide FF receptor 2.
著者: Jeesoo Kim / Sooyoung Hong / Hajin Lee / Hyun Sik Lee / Chaehee Park / Jinuk Kim / Wonpil Im / Hee-Jung Choi /
要旨: Neuropeptide FF Receptor 2 (NPFFR2), a G-protein-coupled receptor, plays a role in pain modulation and diet-induced thermogenesis. While NPFFR2 is strongly activated by neuropeptides FF (NPFFs), it ...Neuropeptide FF Receptor 2 (NPFFR2), a G-protein-coupled receptor, plays a role in pain modulation and diet-induced thermogenesis. While NPFFR2 is strongly activated by neuropeptides FF (NPFFs), it shows low activity in response to RF-amide-related peptides (RFRPs), despite the peptides belonging to a shared family. In contrast, NPFFR1, which shares high sequence similarity with NPFFR2, is activated by RFRPs and regulates reproductive hormone balance. The molecular basis for these receptor-specific interactions with their RF-amide peptides remains unclear. Here, we present cryo-electron microscopy structures of NPFFR2 in its active state bound to the agonist RF-amide peptide hNPSF, and in its ligand-free state. Structural analysis reveals that the C-terminal RF-amide moiety engages conserved residues in the transmembrane domain, while the N-terminal segment interacts in a receptor subtype-specific manner. Key selectivity-determining residues in NPFFR2 are also identified. A homology model of NPFFR1 bound to RFRP, supported by mutagenesis studies, further validates this selectivity mechanism. Additionally, structural comparison between the inactive and active states of NPFFR2 suggests a TM3-mediated activation mechanism. These findings provide insights into RF-amide peptide recognition by NPFF receptors.
履歴
登録2024年9月5日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年4月9日-
マップ公開2025年4月9日-
更新2025年7月2日-
現状2025年7月2日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_61446.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_61446.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

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明度
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その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.05 Å/pix.
x 300 pix.
= 315. Å		1.05 Å/pix.
x 300 pix.
= 315. Å		1.05 Å/pix.
x 300 pix.
= 315. Å

表面

投影像

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ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.05 Å
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ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.45
最小 - 最大-7.8731713 - 9.751092999999999
平均 (標準偏差)-0.0016184495 (±0.11522727)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 315.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: A composite map was made by applying separate...

ファイルemd_61446_additional_1.map
注釈A composite map was made by applying separate masks for local refinement of the GPCR and BRIL-Fab-nanobody, then merging them using vop maximum.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_61446_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_61446_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : human neuropeptide FF receptor 2 in the apo state with BRIL fusio...

全体名称: human neuropeptide FF receptor 2 in the apo state with BRIL fusion, anti-BRIL Fab, and nanobody
要素
  • 複合体: human neuropeptide FF receptor 2 in the apo state with BRIL fusion, anti-BRIL Fab, and nanobody
    • タンパク質・ペプチド: Isoform 2 of Neuropeptide FF receptor 2,Soluble cytochrome b562
    • タンパク質・ペプチド: Anti-BRIL fab heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: Anti-fab nanobody
    • タンパク質・ペプチド: Anti-BRIL fab light chain

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超分子 #1: human neuropeptide FF receptor 2 in the apo state with BRIL fusio...

超分子名称: human neuropeptide FF receptor 2 in the apo state with BRIL fusion, anti-BRIL Fab, and nanobody
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 120 KDa

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分子 #1: Isoform 2 of Neuropeptide FF receptor 2,Soluble cytochrome b562

分子名称: Isoform 2 of Neuropeptide FF receptor 2,Soluble cytochrome b562
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: 246 to 363 is soluble cytochrome b562 with linker / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 60.471199 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: DYKDDDDASS ENWHPIWNVN DTKHHLYSDI NITYVNYYLH QPQVAAIFII SYFLIFFLCM MGNTVVCFIV MRNKHMHTVT NLFILNLAI SDLLVGIFCM PITLLDNIIA GWPFGNTMCK ISGLVQGISV AASVFTLVAI AVDRFQCVVY PFKPKLTIKT A FVIIMIIW ...文字列:
DYKDDDDASS ENWHPIWNVN DTKHHLYSDI NITYVNYYLH QPQVAAIFII SYFLIFFLCM MGNTVVCFIV MRNKHMHTVT NLFILNLAI SDLLVGIFCM PITLLDNIIA GWPFGNTMCK ISGLVQGISV AASVFTLVAI AVDRFQCVVY PFKPKLTIKT A FVIIMIIW VLAITIMSPS AVMLHVQEEK YYRVRLNSQN KTSPVYWCRE DWPNQEMRKI YTTVLFANIY LAPLSLIVIM YG RIGISAR RQLADLEDNW ETLNDNLKVI EKADNAAQVK DALTKMRAAA LDAQKATPPK LEDKSPDSPE MKDFRHGFDI LVG QIDDAL KLANEGKVKE AQAAAEQLKT TRNAYIQKYL ERARSTLRKK QKIIKMLLIV ALLFILSWLP LWTLMMLSDY ADLS PNELQ IINIYIYPFA HWLAFGNSSV NPIIYGFFNE NFRRGFQEAF QLQLCQKRAK PMEAYALKAK SHVLINTSNQ LVQES TFQN PHGETLLYRK SAEKPQQELV MEELKETTNS SEIHMGLEVL FQ

UniProtKB: Neuropeptide FF receptor 2, Soluble cytochrome b562, Neuropeptide FF receptor 2

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分子 #2: Anti-BRIL fab heavy chain

分子名称: Anti-BRIL fab heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 24.321084 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: EISEVQLVES GGGLVQPGGS LRLSCAASGF NVVDFSLHWV RQAPGKGLEW VAYISSSSGS TSYADSVKGR FTISADTSKN TAYLQMNSL RAEDTAVYYC ARWGYWPGEP WWKAFDYWGQ GTLVTVSSAS TKGPSVFPLA PSSKSTSGGT AALGCLVKDY F PEPVTVSW ...文字列:
EISEVQLVES GGGLVQPGGS LRLSCAASGF NVVDFSLHWV RQAPGKGLEW VAYISSSSGS TSYADSVKGR FTISADTSKN TAYLQMNSL RAEDTAVYYC ARWGYWPGEP WWKAFDYWGQ GTLVTVSSAS TKGPSVFPLA PSSKSTSGGT AALGCLVKDY F PEPVTVSW NSGALTSGVH TFPAVLQSSG LYSLSSVVTV PSSSLGTQTY ICNVNHKPSN TKVDKKVEPK S

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分子 #3: Anti-fab nanobody

分子名称: Anti-fab nanobody / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 14.461796 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
GSQVQLQESG GGLVQPGGSL RLSCAASGRT ISRYAMSWFR QAPGKEREFV AVARRSGDGA FYADSVQGRF TVSRDDAKNT VYLQMNSLK PEDTAVYYCA IDSDTFYSGS YDYWGQGTQV TVSSLEHHHH HH

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分子 #4: Anti-BRIL fab light chain

分子名称: Anti-BRIL fab light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.483062 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: SDIQMTQSPS SLSASVGDRV TITCRASQSV SSAVAWYQQK PGKAPKLLIY SASSLYSGVP SRFSGSRSGT DFTLTISSLQ PEDFATYYC QQYLYYSLVT FGQGTKVEIK RTVAAPSVFI FPPSDSQLKS GTASVVCLLN NFYPREAKVQ WKVDNALQSG N SQESVTEQ ...文字列:
SDIQMTQSPS SLSASVGDRV TITCRASQSV SSAVAWYQQK PGKAPKLLIY SASSLYSGVP SRFSGSRSGT DFTLTISSLQ PEDFATYYC QQYLYYSLVT FGQGTKVEIK RTVAAPSVFI FPPSDSQLKS GTASVVCLLN NFYPREAKVQ WKVDNALQSG N SQESVTEQ DSKDSTYSLS STLTLSKADY EKHKVYACEV THQGLSSPVT KSFNRGE

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

7tuy

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.91 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 324660
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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