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- EMDB-61426: The complex structure of 0086-0043 and NET determined with Cryo-EM. -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-61426
タイトルThe complex structure of 0086-0043 and NET determined with Cryo-EM.
マップデータ
試料
  • 複合体: The complex structure of 0086-0043 and NET determined with Cryo-EM.
    • タンパク質・ペプチド: Sodium-dependent noradrenaline transporter
  • リガンド: 2-isoquinolin-2-ium-2-yl-1-phenyl-ethanone
  • リガンド: CHLORIDE ION
  • リガンド: water
キーワードnoradrenaline transporter / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


neurotransmitter:sodium symporter activity / Defective SLC6A2 causes orthostatic intolerance (OI) / norepinephrine uptake / norepinephrine:sodium symporter activity / dopamine:sodium symporter activity / neurotransmitter transmembrane transporter activity / monoamine transmembrane transporter activity / SLC-mediated transport of neurotransmitters / neuron cellular homeostasis / dopamine uptake involved in synaptic transmission ...neurotransmitter:sodium symporter activity / Defective SLC6A2 causes orthostatic intolerance (OI) / norepinephrine uptake / norepinephrine:sodium symporter activity / dopamine:sodium symporter activity / neurotransmitter transmembrane transporter activity / monoamine transmembrane transporter activity / SLC-mediated transport of neurotransmitters / neuron cellular homeostasis / dopamine uptake involved in synaptic transmission / neuronal cell body membrane / neurotransmitter transport / amino acid transport / alpha-tubulin binding / beta-tubulin binding / sodium ion transmembrane transport / synaptic vesicle membrane / actin binding / chemical synaptic transmission / presynaptic membrane / response to xenobiotic stimulus / axon / cell surface / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Sodium:neurotransmitter symporter, noradrenaline / Sodium:neurotransmitter symporter family signature 2. / Sodium:neurotransmitter symporter family signature 1. / Sodium:neurotransmitter symporter / Sodium:neurotransmitter symporter superfamily / Sodium:neurotransmitter symporter family / Sodium:neurotransmitter symporter family profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Sodium-dependent noradrenaline transporter
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / 解像度: 2.87 Å
データ登録者Jia YJ / Gao B / Tan JX / Yan CY / Zhang W / Lan YY
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32171204 中国
引用ジャーナル: Science / 年: 2026
タイトル: Deep contrastive learning enables genome-wide virtual screening.
著者: Yinjun Jia / Bowen Gao / Jiaxin Tan / Jiqing Zheng / Xin Hong / Wenyu Zhu / Haichuan Tan / Yuan Xiao / Liping Tan / Hongyi Cai / Yanwen Huang / Zhiheng Deng / Xiangwei Wu / Yue Jin / Yafei ...著者: Yinjun Jia / Bowen Gao / Jiaxin Tan / Jiqing Zheng / Xin Hong / Wenyu Zhu / Haichuan Tan / Yuan Xiao / Liping Tan / Hongyi Cai / Yanwen Huang / Zhiheng Deng / Xiangwei Wu / Yue Jin / Yafei Yuan / Jiekang Tian / Wei He / Weiying Ma / Yaqin Zhang / Lei Liu / Chuangye Yan / Wei Zhang / Yanyan Lan /
要旨: Recent breakthroughs in protein structure prediction have opened new avenues for genome-wide drug discovery, yet existing virtual screening methods remain computationally prohibitive. We present ...Recent breakthroughs in protein structure prediction have opened new avenues for genome-wide drug discovery, yet existing virtual screening methods remain computationally prohibitive. We present DrugCLIP, a contrastive learning framework that achieves ultrafast and accurate virtual screening, up to 10 million times faster than docking, while consistently outperforming various baselines on in silico benchmarks. In wet-lab validations, DrugCLIP achieved a 15% hit rate for norepinephrine transporter, and structures of two identified inhibitors were determined in complex with the target protein. For thyroid hormone receptor interactor 12, a target that lacks holo structures and small-molecule binders, DrugCLIP achieved a 17.5% hit rate using only AlphaFold2-predicted structures. Finally, we released GenomeScreenDB, an open-access database providing precomputed results for ~10,000 human proteins screened against 500 million compounds, pioneering a drug discovery paradigm in the post-AlphaFold era.
履歴
登録2024年9月3日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年12月24日-
マップ公開2025年12月24日-
更新2026年1月21日-
現状2026年1月21日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_61426.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_61426.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 27 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.08 Å/pix.
x 192 pix.
= 207.84 Å		1.08 Å/pix.
x 192 pix.
= 207.84 Å		1.08 Å/pix.
x 192 pix.
= 207.84 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.0825 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1.14
最小 - 最大-3.6033297 - 5.1770964
平均 (標準偏差)0.0050941003 (±0.13389508)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ192192192
Spacing192192192
セルA=B=C: 207.84 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_61426_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_61426_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_61426_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : The complex structure of 0086-0043 and NET determined with Cryo-EM.

全体名称: The complex structure of 0086-0043 and NET determined with Cryo-EM.
要素
  • 複合体: The complex structure of 0086-0043 and NET determined with Cryo-EM.
    • タンパク質・ペプチド: Sodium-dependent noradrenaline transporter
  • リガンド: 2-isoquinolin-2-ium-2-yl-1-phenyl-ethanone
  • リガンド: CHLORIDE ION
  • リガンド: water

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超分子 #1: The complex structure of 0086-0043 and NET determined with Cryo-EM.

超分子名称: The complex structure of 0086-0043 and NET determined with Cryo-EM.
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Sodium-dependent noradrenaline transporter

分子名称: Sodium-dependent noradrenaline transporter / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 69.386547 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MLLARMNPQV QPENNGADTG PEQPLRARKT AELLVVKERN GVQCLLAPRD GDAQPRETWG KKIDFLLSVV GFAVDLANVW RFPYLCYKN GGGAFLIPYT LFLIIAGMPL FYMELALGQY NREGAATVWK ICPFFKGVGY AVILIALYVG FYYNVIIAWS L YYLFSSFT ...文字列:
MLLARMNPQV QPENNGADTG PEQPLRARKT AELLVVKERN GVQCLLAPRD GDAQPRETWG KKIDFLLSVV GFAVDLANVW RFPYLCYKN GGGAFLIPYT LFLIIAGMPL FYMELALGQY NREGAATVWK ICPFFKGVGY AVILIALYVG FYYNVIIAWS L YYLFSSFT LNLPWTDCGH TWNSPNCTDP KLLNGSVLGN HTKYSKYKFT PAAEFYERGV LHLHESSGIH DIGLPQWQLL LC LMVVVIV LYFSLWKGVK TSGKVVWITA TLPYFVLFVL LVHGVTLPGA SNGINAYLHI DFYRLKEATV WIDAATQIFF SLG AGFGVL IAFASYNKFD NNCYRDALLT SSINCITSFV SGFAIFSILG YMAHEHKVNI EDVATEGAGL VFILYPEAIS TLSG STFWA VVFFVMLLAL GLDSSMGGME AVITGLADDF QVLKRHRKLF TFGVTFSTFL LALFCITKGG IYVLTLLDTF AAGTS ILFA VLMEAIGVSW FYGVDRFSND IQQMMGFRPG LYWRLCWKFV SPAFLLFVVV VSIINFKPLT YDDYIFPPWA NWVGWG IAL SSMVLVPIYV IYKFLSTQGS LWERLAYGIT PENEHHLVAQ RDIRQFQLQH WLAI

UniProtKB: Sodium-dependent noradrenaline transporter

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分子 #2: 2-isoquinolin-2-ium-2-yl-1-phenyl-ethanone

分子名称: 2-isoquinolin-2-ium-2-yl-1-phenyl-ethanone / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 1 / 式: A1EBO
分子量理論値: 248.299 Da

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分子 #3: CHLORIDE ION

分子名称: CHLORIDE ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1 / 式: CL
分子量理論値: 35.453 Da

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分子 #4: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 52 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

解析単粒子再構成法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 8

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI 20
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 1.4000000000000001 µm

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.87 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 507000
初期 角度割当タイプ: OTHER
最終 角度割当タイプ: OTHER

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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