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- EMDB-61412: Cryo-EM structure of canine TNF-alpha complexed with nanobody TNF30K -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-61412
タイトルCryo-EM structure of canine TNF-alpha complexed with nanobody TNF30K
マップデータ
試料
  • 複合体: Hexamer complex of canine TNF-alpha and nanobody TNF30K
    • タンパク質・ペプチド: Tumor necrosis factor
    • タンパク質・ペプチド: nanobody TNF30K
キーワードcanine / TNF / nanobody / lymphokine / CYTOKINE
機能・相同性
機能・相同性情報


TNFR1-induced proapoptotic signaling / Regulation of TNFR1 signaling / TNFR1-induced NF-kappa-B signaling pathway / TNFR1-mediated ceramide production / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / TNF signaling / negative regulation of branching involved in lung morphogenesis / positive regulation of interleukin-33 production / positive regulation of blood microparticle formation / positive regulation of chronic inflammatory response to antigenic stimulus ...TNFR1-induced proapoptotic signaling / Regulation of TNFR1 signaling / TNFR1-induced NF-kappa-B signaling pathway / TNFR1-mediated ceramide production / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / TNF signaling / negative regulation of branching involved in lung morphogenesis / positive regulation of interleukin-33 production / positive regulation of blood microparticle formation / positive regulation of chronic inflammatory response to antigenic stimulus / positive regulation of protein transport / positive regulation of leukocyte adhesion to arterial endothelial cell / positive regulation of vitamin D biosynthetic process / positive regulation of translational initiation by iron / regulation of membrane lipid metabolic process / regulation of endothelial cell apoptotic process / chronic inflammatory response to antigenic stimulus / regulation of branching involved in salivary gland morphogenesis / negative regulation of protein-containing complex disassembly / positive regulation of humoral immune response mediated by circulating immunoglobulin / positive regulation of hair follicle development / negative regulation of vascular wound healing / negative regulation of cytokine production involved in immune response / negative regulation of amyloid-beta clearance / inflammatory response to wounding / death receptor agonist activity / epithelial cell proliferation involved in salivary gland morphogenesis / negative regulation of D-glucose import across plasma membrane / vascular endothelial growth factor production / embryonic digestive tract development / positive regulation of fever generation / positive regulation of synoviocyte proliferation / positive regulation of calcineurin-NFAT signaling cascade / necroptotic signaling pathway / leukocyte tethering or rolling / negative regulation of myoblast differentiation / positive regulation of protein-containing complex disassembly / regulation of establishment of endothelial barrier / endothelial cell apoptotic process / positive regulation of protein localization to cell surface / macrophage activation involved in immune response / positive regulation of osteoclast differentiation / tumor necrosis factor receptor binding / positive regulation of heterotypic cell-cell adhesion / positive regulation of macrophage derived foam cell differentiation / positive regulation of cytokine production involved in inflammatory response / regulation of immunoglobulin production / negative regulation of mitotic cell cycle / positive regulation of podosome assembly / positive regulation of membrane protein ectodomain proteolysis / positive regulation of chemokine (C-X-C motif) ligand 2 production / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / regulation of reactive oxygen species metabolic process / negative regulation of bicellular tight junction assembly / positive regulation of amyloid-beta formation / negative regulation of viral genome replication / regulation of synapse organization / negative regulation of endothelial cell proliferation / positive regulation of JUN kinase activity / positive regulation of MAP kinase activity / negative regulation of interleukin-6 production / humoral immune response / negative regulation of blood vessel endothelial cell migration / positive regulation of glial cell proliferation / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / negative regulation of osteoblast differentiation / positive regulation of synaptic transmission / negative regulation of lipid catabolic process / phagocytic cup / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / JNK cascade / extracellular matrix organization / antiviral innate immune response / regulation of insulin secretion / response to glucocorticoid / osteoclast differentiation / cytokine activity / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / positive regulation of interleukin-1 beta production / positive regulation of interleukin-8 production / cellular response to ionizing radiation / protein localization to plasma membrane / positive regulation of protein localization to plasma membrane / positive regulation of JNK cascade / cellular response to amino acid stimulus / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / microglial cell activation / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / : / recycling endosome / cellular response to type II interferon / positive regulation of interleukin-6 production / cellular response to nicotine / positive regulation of miRNA transcription / positive regulation of type II interferon production / glucose metabolic process / positive regulation of protein phosphorylation / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
Tumour necrosis factor alpha / Tumour necrosis factor / Tumour necrosis factor, conserved site / Tumor necrosis factor (TNF) homology domain (THD) signature. / Tumour necrosis factor family. / TNF(Tumour Necrosis Factor) family / Tumour necrosis factor domain / Tumor necrosis factor (TNF) homology domain (THD) profile. / Tumour necrosis factor-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Tumor necrosis factor
類似検索 - 構成要素
生物種Canis lupus familiaris (イヌ) / Lama glama (ラマ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Weng J / Li Z / Xu J / Wei Z
資金援助 中国, 2件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32000032 中国
Other governmentSKLBEE2022007
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM structure of canine TNF-alpha complexed with nanobody TNF30K
著者: Weng J / Li Z / Xu J / Wei Z
履歴
登録2024年9月3日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年9月24日-
マップ公開2025年9月24日-
更新2025年9月24日-
現状2025年9月24日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_61412.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_61412.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 22.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.85 Å/pix.
x 180 pix.
= 153. Å		0.85 Å/pix.
x 180 pix.
= 153. Å		0.85 Å/pix.
x 180 pix.
= 153. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.85 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.3
最小 - 最大-1.574381 - 2.2202692
平均 (標準偏差)-0.0013610445 (±0.092956275)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ180180180
Spacing180180180
セルA=B=C: 153.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_61412_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_61412_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Hexamer complex of canine TNF-alpha and nanobody TNF30K

全体名称: Hexamer complex of canine TNF-alpha and nanobody TNF30K
要素
  • 複合体: Hexamer complex of canine TNF-alpha and nanobody TNF30K
    • タンパク質・ペプチド: Tumor necrosis factor
    • タンパク質・ペプチド: nanobody TNF30K

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超分子 #1: Hexamer complex of canine TNF-alpha and nanobody TNF30K

超分子名称: Hexamer complex of canine TNF-alpha and nanobody TNF30K
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: a hexamer complex consist of one canine TNF-alpha trimer with three nanobody TNF30K molecules
由来(天然)生物種: Canis lupus familiaris (イヌ)
分子量理論値: 1.01 MDa

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分子 #1: Tumor necrosis factor

分子名称: Tumor necrosis factor / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Canis lupus familiaris (イヌ)
分子量理論値: 19.12373 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
MKKLLIAAGS VKSSSRTPSD KPVAHVVANP EAEGQLQWLS RRANALLANG VELTDNQLIV PSDGLYLIYS QVLFKGQGCP STHVLLTHT ISRFAVSYQT KVNLLSAIKS PCQRETPEGT EAKPWYEPIY LGGVFQLEKG DRLSAEINLP NYLDFAESGQ V YFGIIALH HHHHH

UniProtKB: Tumor necrosis factor

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分子 #2: nanobody TNF30K

分子名称: nanobody TNF30K / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Lama glama (ラマ)
分子量理論値: 14.463364 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
MKKLLIAAGS EVQLVESGGG LVQPGGSLRL SCAASGFTFS DYWMYWVRQA PGKGLEWVSK INTNGLITKY PDSVKGRFTI SRDNAKNTL YLQMNSLRPE DTAVYYCARS PSGFNRGQGT LVTVSSHHHH HH

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.1 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度式名称
10.0 mmol/LNa2HPO4Disodium hydrogen phosphate
1.8 mmol/LKH2PO4Potassium dihydrogen phosphate
137.0 mmol/LNaClsodium chloride
2.7 mmol/LKClpotassium chloride

詳細: 10 mM Na2HPO4, 1.8 mM KH2PO4, 137 mM NaCl, 2.7 mM KCl, pH 7.4
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細This sample was FPLC purified and monodisperse.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均露光時間: 2.5 sec. / 平均電子線量: 54.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 543326
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL
得られたモデル

PDB-9jec:
Cryo-EM structure of canine TNF-alpha complexed with nanobody TNF30K

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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