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- EMDB-61403: Human URAT1 bound to benzbromarone -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-61403
タイトルHuman URAT1 bound to benzbromarone
マップデータ
試料
  • 複合体: human uric acid transporter 1 with benzbromarone
    • タンパク質・ペプチド: Solute carrier family 22 member 12
  • リガンド: [3,5-bis(bromanyl)-4-oxidanyl-phenyl]-(2-ethyl-1-benzofuran-3-yl)methanone
  • リガンド: water
キーワードURAT1 / TRANSPORT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Defective SLC22A12 causes renal hypouricemia 1 (RHUC1) / Organic anion transport / renal urate salt excretion / urate transport / urate metabolic process / urate transmembrane transporter activity / organic anion transport / cellular homeostasis / monoatomic ion transport / PDZ domain binding ...Defective SLC22A12 causes renal hypouricemia 1 (RHUC1) / Organic anion transport / renal urate salt excretion / urate transport / urate metabolic process / urate transmembrane transporter activity / organic anion transport / cellular homeostasis / monoatomic ion transport / PDZ domain binding / brush border membrane / cellular response to insulin stimulus / apical plasma membrane / response to xenobiotic stimulus / extracellular exosome / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Major facilitator superfamily / Major Facilitator Superfamily / Major facilitator superfamily domain / Major facilitator superfamily (MFS) profile. / MFS transporter superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Solute carrier family 22 member 12
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.23 Å
データ登録者Wu C / Xu HE
資金援助 中国, 2件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32130022 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32301016 中国
引用
ジャーナル: Cell Discov / 年: 2025
タイトル: Molecular mechanisms of urate transport by the native human URAT1 and its inhibition by anti-gout drugs.
著者: Canrong Wu / Chao Zhang / Sanshan Jin / James Jiqi Wang / Antao Dai / Jiuyin Xu / Heng Zhang / Xuemei Yang / Xinheng He / Qingning Yuan / Wen Hu / Youwei Xu / Mingwei Wang / Yi Jiang / Dehua Yang / H Eric Xu /
要旨: Gout, a common and painful disease, stems from hyperuricemia, where elevated blood urate levels lead to urate crystal formation in joints and kidneys. The human urate transporter 1 (hURAT1) plays a ...Gout, a common and painful disease, stems from hyperuricemia, where elevated blood urate levels lead to urate crystal formation in joints and kidneys. The human urate transporter 1 (hURAT1) plays a critical role in urate homeostasis by facilitating urate reabsorption in the renal proximal tubule, making it a key target for gout therapy. Pharmacological inhibition of hURAT1 with drugs such as dotinurad, benzbromarone, lesinurad, and verinurad promotes urate excretion and alleviates gout symptoms. Here, we present cryo-electron microscopy structures of native hURAT1 bound with these anti-gout drugs in the inward-open state, and with urate in inward-open, outward-open, and occluded states. Complemented by mutagenesis and cell-based assays, these structures reveal the mechanisms of urate reabsorption and hURAT1 inhibition. Our findings elucidate the molecular basis of urate transport and anti-gout medication action and provide a structural framework for the rational design of next-generation therapies for hyperuricemia and gout.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2024
タイトル: Molecular mechanisms of uric acid transport by the native human URAT1 and its inhibition by anti-gout drugs
著者: Wu C / Zhang C / Jin S / Wang JJ / Dai A / Xu J / Zhang H / Yang X / He X / Yuan Q / Hu W / Xu Y / Wang M / Jiang Y / Yang D / Xu HE
履歴
登録2024年9月1日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年10月16日-
マップ公開2024年10月16日-
更新2025年4月16日-
現状2025年4月16日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_61403.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_61403.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

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明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.73 Å/pix.
x 256 pix.
= 186.88 Å		0.73 Å/pix.
x 256 pix.
= 186.88 Å		0.73 Å/pix.
x 256 pix.
= 186.88 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.73 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.335
最小 - 最大-2.3898137 - 3.1385918
平均 (標準偏差)0.0042596115 (±0.071096845)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 186.88 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_61403_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_61403_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : human uric acid transporter 1 with benzbromarone

全体名称: human uric acid transporter 1 with benzbromarone
要素
  • 複合体: human uric acid transporter 1 with benzbromarone
    • タンパク質・ペプチド: Solute carrier family 22 member 12
  • リガンド: [3,5-bis(bromanyl)-4-oxidanyl-phenyl]-(2-ethyl-1-benzofuran-3-yl)methanone
  • リガンド: water

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超分子 #1: human uric acid transporter 1 with benzbromarone

超分子名称: human uric acid transporter 1 with benzbromarone / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Solute carrier family 22 member 12

分子名称: Solute carrier family 22 member 12 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 59.671828 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MAFSELLDLV GGLGRFQVLQ TMALMVSIMW LCTQSMLENF SAAVPSHRCW APLLDNSTAQ ASILGSLSPE ALLAISIPPG PNQRPHQCR RFRQPQWQLL DPNATATSWS EADTEPCVDG WVYDRSIFTS TIVAKWNLVC DSHALKPMAQ SIYLAGILVG A AACGPASD ...文字列:
MAFSELLDLV GGLGRFQVLQ TMALMVSIMW LCTQSMLENF SAAVPSHRCW APLLDNSTAQ ASILGSLSPE ALLAISIPPG PNQRPHQCR RFRQPQWQLL DPNATATSWS EADTEPCVDG WVYDRSIFTS TIVAKWNLVC DSHALKPMAQ SIYLAGILVG A AACGPASD RFGRRLVLTW SYLQMAVMGT AAAFAPAFPV YCLFRFLLAF AVAGVMMNTG TLLMEWTAAR ARPLVMTLNS LG FSFGHGL TAAVAYGVRD WTLLQLVVSV PFFLCFLYSW WLAESARWLL TTGRLDWGLQ ELWRVAAING KGAVQDTLTP EVL LSAMRE ELSMGQPPAS LGTLLRMPGL RFRTCISTLC WFAFGFTFFG LALDLQALGS NIFLLQMFIG VVDIPAKMGA LLLL SHLGR RPTLAASLLL AGLCILANTL VPHEMGALRS ALAVLGLGGV GAAFTCITIY SSELFPTVLR MTAVGLGQMA ARGGA ILGP LVRLLGVHGP WLPLLVYGTV PVLSGLAALL LPETQSLPLP DTIQDVQNQA VKKATHGTLG NSVLKSTQF

UniProtKB: Solute carrier family 22 member 12

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分子 #2: [3,5-bis(bromanyl)-4-oxidanyl-phenyl]-(2-ethyl-1-benzofuran-3-yl)...

分子名称: [3,5-bis(bromanyl)-4-oxidanyl-phenyl]-(2-ethyl-1-benzofuran-3-yl)methanone
タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 1 / 式: R75
分子量理論値: 424.083 Da
Chemical component information

ChemComp-R75:
[3,5-bis(bromanyl)-4-oxidanyl-phenyl]-(2-ethyl-1-benzofuran-3-yl)methanone / ベンズブロマロン / 抗不整脈薬, 阻害剤*YM

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分子 #3: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON I (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 5.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.23 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 152534
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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