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- EMDB-61324: Structure of LAT4 in the apo state -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-61324
タイトルStructure of LAT4 in the apo state
マップデータsharpened map of LAT4 in the apo state
試料
  • 複合体: Large neutral amino acids transporter small subunit 4
    • タンパク質・ペプチド: Large neutral amino acids transporter small subunit 4
キーワードLAT4 / SLC43A2 / amino acid transporter / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of amino acid transport / negative regulation of L-leucine import across plasma membrane / L-phenylalanine transmembrane transporter activity / L-methionine transmembrane transporter activity / L-isoleucine transmembrane transporter activity / phenylalanine transport / methionine transport / L-leucine transmembrane transporter activity / isoleucine transport / L-amino acid transmembrane transporter activity ...negative regulation of amino acid transport / negative regulation of L-leucine import across plasma membrane / L-phenylalanine transmembrane transporter activity / L-methionine transmembrane transporter activity / L-isoleucine transmembrane transporter activity / phenylalanine transport / methionine transport / L-leucine transmembrane transporter activity / isoleucine transport / L-amino acid transmembrane transporter activity / L-leucine transport / neutral amino acid transport / neutral L-amino acid transmembrane transporter activity / Amino acid transport across the plasma membrane / amino acid transmembrane transporter activity / amino acid transport / basolateral plasma membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Major facilitator superfamily / Major Facilitator Superfamily / MFS transporter superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Large neutral amino acids transporter small subunit 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.88 Å
データ登録者Yin YX / Ding D / Lu YS / Chen HY
資金援助 中国, 3件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)82030081 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)81874235 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)82173386 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural insights into the amino acid transport and pharmacological blockade of human LAT4
著者: Yin YX / Ding D / Lu YS / Chen HY
履歴
登録2024年8月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2026年3月11日-
マップ公開2026年3月11日-
更新2026年3月11日-
現状2026年3月11日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_61324.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_61324.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈sharpened map of LAT4 in the apo state
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 300 pix.
= 250.2 Å		0.83 Å/pix.
x 300 pix.
= 250.2 Å		0.83 Å/pix.
x 300 pix.
= 250.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.834 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.324
最小 - 最大-1.924844 - 2.7003286
平均 (標準偏差)-0.00057663687 (±0.04302956)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 250.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: half-A map of LAT4 in the apo state

ファイルemd_61324_half_map_1.map
注釈half-A map of LAT4 in the apo state
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half-B map of LAT4 in the apo state

ファイルemd_61324_half_map_2.map
注釈half-B map of LAT4 in the apo state
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Large neutral amino acids transporter small subunit 4

全体名称: Large neutral amino acids transporter small subunit 4
要素
  • 複合体: Large neutral amino acids transporter small subunit 4
    • タンパク質・ペプチド: Large neutral amino acids transporter small subunit 4

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超分子 #1: Large neutral amino acids transporter small subunit 4

超分子名称: Large neutral amino acids transporter small subunit 4
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Large neutral amino acids transporter small subunit 4

分子名称: Large neutral amino acids transporter small subunit 4
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 62.797562 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MAPTLATAHR RRWWMACTAV LENLLFSAVL LGWGSLLIML KSEGFYSYLC TEPENVTNGT VGGTAEPGHE EVSWMNGWLS CQAQDEMLN LAFTVGSFLL SAITLPLGIV MDKYGPRKLR LLGSACFAVS CLLIAYGASK PNALSVLIFI ALALNGFGGM C MTFTSLTL ...文字列:
MAPTLATAHR RRWWMACTAV LENLLFSAVL LGWGSLLIML KSEGFYSYLC TEPENVTNGT VGGTAEPGHE EVSWMNGWLS CQAQDEMLN LAFTVGSFLL SAITLPLGIV MDKYGPRKLR LLGSACFAVS CLLIAYGASK PNALSVLIFI ALALNGFGGM C MTFTSLTL PNMFGDLRST FIALMIGSYA SSAVTFPGIK LIYDAGVSFI VVLVVWAGCS GLVFLNCFFN WPLEPFPGPE DM DYSVKIK FSWLGFDHKI TGKQFYKQVT TVGRRLSVGS SMRSAKEQVA LQEGHKLCLS TVDLEVKCQP DAAVAPSFMH SVF SPILLL SLVTMCVTQL RLIFYMGAMN NILKFLVSGD QKTVGLYTSI FGVLQLLCLL TAPVIGYIMD WRLKECEDAS EEPE EKDAN QGEKKKKKRD RQIQKITNAM RAFAFTNLLL VGFGVTCLIP NLPLQILSFI LHTIVRGFIH SAVGGLYAAV YPSTQ FGSL TGLQSLISAL FALLQQPLFL AMMGPLQGDP LWVNVGLLLL SLLGFCLPLY LICYRRQLER QLQQRQEDDK LFLKIN GSS NQEAFV

UniProtKB: Large neutral amino acids transporter small subunit 4

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 56.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.88 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 935043
初期 角度割当タイプ: OTHER
最終 角度割当タイプ: OTHER

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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