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万見
- EMDB-61248: Cryo-EM structure of UV-DDB bound to native NCP at SHL+/-6 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-61248
タイトルCryo-EM structure of UV-DDB bound to native NCP at SHL+/-6
マップデータ
試料
  • 複合体: Cryo-EM structure of UV-DDB bound to native NCP at SHL+/-6
キーワードDNA repair / Nucleosome / UV-DDB / DNA damage / DDB2 / NER / DNA BINDING PROTEIN
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.85 Å
データ登録者Matsumoto S / Takizawa Y / Ogasawara M / Hashimoto K / Negishi L / Xu W / Tachibana H / Yamamoto J / Iwai S / Sugasawa K / Kurumizaka H
資金援助 日本, 11件
OrganizationGrant number国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP22K18034 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP22K06098 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP18H05534 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP20H00449 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP23H05475 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP24H02328 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP24H02319 日本
Japan Science and TechnologyJPMJPR2288 日本
Japan Science and TechnologyJPMJER1901 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP24ama121002 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP24ama121009 日本
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Structural basis of cyclobutane pyrimidine dimer recognition by UV-DDB in the nucleosome.
著者: Syota Matsumoto / Yoshimasa Takizawa / Mitsuo Ogasawara / Kana Hashimoto / Lumi Negishi / Wenjie Xu / Haruna Tachibana / Junpei Yamamoto / Shigenori Iwai / Kaoru Sugasawa / Hitoshi Kurumizaka /
要旨: In mammalian global genomic nucleotide excision repair, UV-DDB plays a central role in recognizing DNA lesions, such as 6-4 photoproducts and cyclobutane pyrimidine dimers, within chromatin. In the ...In mammalian global genomic nucleotide excision repair, UV-DDB plays a central role in recognizing DNA lesions, such as 6-4 photoproducts and cyclobutane pyrimidine dimers, within chromatin. In the present study, we perform cryo-electron microscopy analyses coupled with chromatin-immunoprecipitation to reveal that the cellular UV-DDB binds to UV-damaged DNA lesions in a chromatin unit, the nucleosome, at a position approximately 20 base-pairs from the nucleosomal dyad in human cells. An alternative analysis of the in vitro reconstituted UV-DDB-cyclobutane pyrimidine dimer nucleosome structure demonstrates that the DDB2 subunit of UV-DDB specifically recognizes the cyclobutane pyrimidine dimer lesion at this position on the nucleosome. We also determine the structures of UV-DDB bound to DNA lesions at other positions in purified cellular human nucleosomes. These cellular and reconstituted UV-DDB-nucleosome complex structures provide important evidence for understanding the mechanism by which UV lesions in chromatin are recognized and repaired in mammalian cells.
履歴
登録2024年8月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年11月19日-
マップ公開2025年11月19日-
更新2025年11月19日-
現状2025年11月19日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_61248.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_61248.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.06 Å/pix.
x 360 pix.
= 381.6 Å		1.06 Å/pix.
x 360 pix.
= 381.6 Å		1.06 Å/pix.
x 360 pix.
= 381.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.06 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.004
最小 - 最大-0.011119962 - 0.028063621
平均 (標準偏差)0.00005102282 (±0.000695152)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 381.59998 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_61248_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_61248_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Cryo-EM structure of UV-DDB bound to native NCP at SHL+/-6

全体名称: Cryo-EM structure of UV-DDB bound to native NCP at SHL+/-6
要素
  • 複合体: Cryo-EM structure of UV-DDB bound to native NCP at SHL+/-6

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超分子 #1: Cryo-EM structure of UV-DDB bound to native NCP at SHL+/-6

超分子名称: Cryo-EM structure of UV-DDB bound to native NCP at SHL+/-6
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#7
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 1.46 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 20.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 10.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.85 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 21011
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 3次元分類クラス数: 6
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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