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- EMDB-61237: Cryo-EM structure of human TUT1 complexed with U6 snRNA -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-61237
タイトルCryo-EM structure of human TUT1 complexed with U6 snRNA
マップデータ
試料
  • 複合体: Complex of human TUT1 and U6 snRNA
    • タンパク質・ペプチド: Speckle targeted PIP5K1A-regulated poly(A) polymerase
    • RNA: U6 snRNA
  • リガンド: ZINC ION
キーワードComplex / TUTase / TRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


U6 snRNA 3'-end processing / RNA uridylyltransferase / regulation of RNA metabolic process / co-transcriptional mRNA 3'-end processing, cleavage and polyadenylation pathway / RNA 3'-end processing / RNA uridylyltransferase activity / snRNA processing / mRNA cleavage and polyadenylation specificity factor complex / polynucleotide adenylyltransferase / poly(A) RNA polymerase activity ...U6 snRNA 3'-end processing / RNA uridylyltransferase / regulation of RNA metabolic process / co-transcriptional mRNA 3'-end processing, cleavage and polyadenylation pathway / RNA 3'-end processing / RNA uridylyltransferase activity / snRNA processing / mRNA cleavage and polyadenylation specificity factor complex / polynucleotide adenylyltransferase / poly(A) RNA polymerase activity / mRNA 3'-end processing / enzyme-substrate adaptor activity / U6 snRNA binding / mRNA 3'-UTR binding / nuclear speck / nucleolus / enzyme binding / RNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Star-PAP, RNA recognition motif / PAP/25A-associated / Cid1 family poly A polymerase / : / Poly(A) RNA polymerase, mitochondrial-like, central palm domain / Zinc-finger of C2H2 type / Nucleotidyltransferase superfamily / Zinc finger C2H2 superfamily / Zinc finger C2H2-type / RNA recognition motif ...Star-PAP, RNA recognition motif / PAP/25A-associated / Cid1 family poly A polymerase / : / Poly(A) RNA polymerase, mitochondrial-like, central palm domain / Zinc-finger of C2H2 type / Nucleotidyltransferase superfamily / Zinc finger C2H2 superfamily / Zinc finger C2H2-type / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Speckle targeted PIP5K1A-regulated poly(A) polymerase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.21 Å
データ登録者Yamashita S / Tomita K
資金援助 日本, 1件
OrganizationGrant number国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS) 日本
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2025
タイトル: Cryo-EM structure of human TUT1:U6 snRNA complex.
著者: Seisuke Yamashita / Kozo Tomita /
要旨: U6 snRNA (small nuclear ribonucleic acid) is a ribozyme that catalyzes pre-messenger RNA (pre-mRNA) splicing and undergoes epitranscriptomic modifications. After transcription, the 3'-end of U6 snRNA ...U6 snRNA (small nuclear ribonucleic acid) is a ribozyme that catalyzes pre-messenger RNA (pre-mRNA) splicing and undergoes epitranscriptomic modifications. After transcription, the 3'-end of U6 snRNA is oligo-uridylylated by the multi-domain terminal uridylyltransferase (TUTase), TUT1. The 3'- oligo-uridylylated tail of U6 snRNA is crucial for U4/U6 di-snRNP (small nuclear ribonucleoprotein) formation and pre-mRNA splicing. Here, we present the cryo-electron microscopy structure of the human TUT1:U6 snRNA complex. The AUA-rich motif between the 5'-short stem-loop and the telestem of U6 snRNA is clamped by the N-terminal zinc finger (ZF)-RNA recognition motif and the catalytic Palm of TUT1, and the telestem is gripped by the N-terminal ZF and the Fingers, positioning the 3'-end of the telestem in the catalytic pocket. The internal stem-loop in the 3'-stem-loop of U6 snRNA is anchored by the C-terminal kinase-associated 1 domain, preventing U6 snRNA from dislodging on the TUT1 surface during oligo-uridylylation. TUT1 recognizes the sequence and structural features of U6 snRNA, and holds the entire U6 snRNA body using multiple domains to ensure oligo-uridylylation. This highlights the specificity of TUT1 as a U6 snRNA-targeting TUTase.
履歴
登録2024年8月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年1月1日-
マップ公開2025年1月1日-
更新2025年2月5日-
現状2025年2月5日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_61237.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_61237.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.25 Å/pix.
x 128 pix.
= 159.36 Å		1.25 Å/pix.
x 128 pix.
= 159.36 Å		1.25 Å/pix.
x 128 pix.
= 159.36 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.245 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1.0
最小 - 最大0.0 - 13.990384000000001
平均 (標準偏差)0.10665803 (±0.7029009)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ128128128
Spacing128128128
セルA=B=C: 159.36 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Complex of human TUT1 and U6 snRNA

全体名称: Complex of human TUT1 and U6 snRNA
要素
  • 複合体: Complex of human TUT1 and U6 snRNA
    • タンパク質・ペプチド: Speckle targeted PIP5K1A-regulated poly(A) polymerase
    • RNA: U6 snRNA
  • リガンド: ZINC ION

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超分子 #1: Complex of human TUT1 and U6 snRNA

超分子名称: Complex of human TUT1 and U6 snRNA / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Speckle targeted PIP5K1A-regulated poly(A) polymerase

分子名称: Speckle targeted PIP5K1A-regulated poly(A) polymerase
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: hTUT1 (1-874 and expression tag of pET22b) / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: polynucleotide adenylyltransferase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 95.026133 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MAAVDSDVES LPRGGFRCCL CHVTTANRPS LDAHLGGRKH RHLVELRAAR KAQGLRSVFV SGFPRDVDSA QLSEYFLAFG PVASVVMDK DKGVFAIVEM GDVGAREAVL SQSQHSLGGH RLRVRPREQK EFQSPASKSP KGAAPDSHQL AKALAEAADV G AQMIKLVG ...文字列:
MAAVDSDVES LPRGGFRCCL CHVTTANRPS LDAHLGGRKH RHLVELRAAR KAQGLRSVFV SGFPRDVDSA QLSEYFLAFG PVASVVMDK DKGVFAIVEM GDVGAREAVL SQSQHSLGGH RLRVRPREQK EFQSPASKSP KGAAPDSHQL AKALAEAADV G AQMIKLVG LRELSEAERQ LRSLVVALMQ EVFTEFFPGC VVHPFGSSIN SFDVHGCDLD LFLDLGDLEE PQPVPKAPES PS LDSALAS PLDPQALACT PASPPDSQPP ASPQDSEALD FETPSSSLAP QTPDSALASE TLASPQSLPP ASPLLEDREE GDL GKASEL AETPKEEKAE GAAMLELVGS ILRGCVPGVY RVQTVPSARR PVVKFCHRPS GLHGDVSLSN RLALHNSRFL SLCS ELDGR VRPLVYTLRC WAQGRGLSGS GPLLSNYALT LLVIYFLQTR DPPVLPTVSQ LTQKAGEGEQ VEVDGWDCSF PRDAS RLEP SINVEPLSSL LAQFFSCVSC WDLRGSLLSL REGQALPVAG GLPSNLWEGL RLGPLNLQDP FDLSHNVAAN VTSRVA GRL QNCCRAAANY CRSLQYQRRS SRGRDWGLLP LLQPSSPSSL LSATPIPLPL APFTQLTAAL VQVFREALGC HIEQATK RT RSEGGGTGES SQGGTSKRLK VDGQKNCCEE GKEEQQGCAG DGGEDRVEEM VIEVGEMVQD WAMQSPGQPG DLPLTTGK H GAPGEEGQPS HAALAERGPK GHEAAQEWSQ GEAGKGASLP SSASWRCALW HRVWQGRRRA RRRLQQQTKE GAGGGAGTR AGWLATEAQV TQELKGLSGG EERPETEPLL SFVASVSPAD RMLTVTPLQD PQGLFPDLHH FLQVFLPQAI RHLKLEHHHH HH

UniProtKB: Speckle targeted PIP5K1A-regulated poly(A) polymerase

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分子 #2: U6 snRNA

分子名称: U6 snRNA / タイプ: rna / ID: 2 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 34.09827 KDa
配列文字列:
GUGCUCGCUU CGGCAGCACA UAUACUAAAA UUGGAACGAU ACAGAGAAGA UUAGCAUGGC CCCUGCGCAA GGAUGACACG CAAAUUCGU GAAGCGUUCC AUAUUUU

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分子 #3: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.5 mg/mL
緩衝液pH: 7
グリッドモデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 %

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影#0 - Image recording ID: 1
#0 - フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
#0 - 撮影したグリッド数: 1 / #0 - 実像数: 5903 / #0 - 平均電子線量: 50.0 e/Å2 / #1 - Image recording ID: 2
#1 - フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
#1 - 撮影したグリッド数: 1 / #1 - 実像数: 9967 / #1 - 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

Image recording ID1
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.21 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF
詳細: This map (1300050518) is a composite map prepared with 1300050515, 1300050516, and 1300050517.
使用した粒子像数: 263158
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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