+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-6117 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | A molecular ruler determines the repeat length in eukaryotic cilia and flagella | |||||||||
マップデータ | FAP59-EL3/FAP172-EL3 axoneme | |||||||||
試料 |
| |||||||||
キーワード | cryo-electron tomography / cilia and flagella / molecular ruler / FAP59 / FAP172 / CCDC39 / CCDC40 | |||||||||
生物種 | Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) | |||||||||
手法 | サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 52.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Oda T / Yanagisawa H / Kamiya R / Kikkawa M | |||||||||
引用 | ジャーナル: Science / 年: 2014 タイトル: A molecular ruler determines the repeat length in eukaryotic cilia and flagella. 著者: Toshiyuki Oda / Haruaki Yanagisawa / Ritsu Kamiya / Masahide Kikkawa / 要旨: Existence of cellular structures with specific size raises a fundamental question in biology: How do cells measure length? One conceptual answer to this question is by a molecular ruler, but examples ...Existence of cellular structures with specific size raises a fundamental question in biology: How do cells measure length? One conceptual answer to this question is by a molecular ruler, but examples of such rulers in eukaryotes are lacking. In this work, we identified a molecular ruler in eukaryotic cilia and flagella. Using cryo-electron tomography, we found that FAP59 and FAP172 form a 96-nanometer (nm)-long complex in Chlamydomonas flagella and that the absence of the complex disrupted 96-nm repeats of axonemes. Furthermore, lengthening of the FAP59/172 complex by domain duplication resulted in extension of the repeats up to 128 nm, as well as duplication of specific axonemal components. Thus, the FAP59/172 complex is the molecular ruler that determines the 96-nm repeat length and arrangements of components in cilia and flagella. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_6117.map.gz | 44 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-6117-v30.xml emd-6117.xml | 8.4 KB 8.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | 400_6117.gif 80_6117.gif | 39.6 KB 3.1 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-6117 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-6117 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_6117_validation.pdf.gz | 78 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | emd_6117_full_validation.pdf.gz | 77.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_6117_validation.xml.gz | 494 B | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-6117 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-6117 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_6117.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 48.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | FAP59-EL3/FAP172-EL3 axoneme | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 これらの図は立方格子座標系で作成されたものです | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 6.07 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : FAP59-EL3/FAP172-EL3 axoneme
全体 | 名称: FAP59-EL3/FAP172-EL3 axoneme |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1000: FAP59-EL3/FAP172-EL3 axoneme
超分子 | 名称: FAP59-EL3/FAP172-EL3 axoneme / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 1 |
---|
-超分子 #1: axoneme
超分子 | 名称: axoneme / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 組換発現: No / データベース: NCBI |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) Organelle: Flagella |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | サブトモグラム平均法 |
試料の集合状態 | cell |
-試料調製
濃度 | 0.01 mg/mL |
---|---|
緩衝液 | pH: 7.2 詳細: 30 mM Hepes-NaOH, 5 mM MgCl2, 1 mM DTT, 1 mM EGTA, 50 mM NaCl |
グリッド | 詳細: 300 mesh copper grid with holey carbon support, glow discharged in the air |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 98 % / チャンバー内温度: 93 K / 装置: LEICA EM GP / 手法: Blot for 5 seconds before plunging |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | JEOL 3100FFC |
---|---|
特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: Omega エネルギーフィルター - エネルギー下限: 0.0 eV エネルギーフィルター - エネルギー上限: 20.0 eV |
日付 | 2014年6月26日 |
撮影 | カテゴリ: CCD フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k) 平均電子線量: 100 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 7.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 6.0 µm / 倍率(公称値): 25700 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN / Tilt series - Axis1 - Min angle: -65 ° / Tilt series - Axis1 - Max angle: 65 ° |
-画像解析
詳細 | Number of tilts (projections) used in 3D reconstruction: 65 Tomographic tilt angle increment: 2 |
---|---|
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 52.0 Å / 解像度の算出法: OTHER |