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万見
- EMDB-61136: Cryo-EM structure of ferric ion importer, FbpBC, from Thermus the... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-61136
タイトルCryo-EM structure of ferric ion importer, FbpBC, from Thermus thermophilus
マップデータmain map
試料
  • 複合体: TtFbpBC
    • タンパク質・ペプチド: Iron ABC transporter permease
    • タンパク質・ペプチド: Iron ABC transporter, ATP-binding protein
キーワードFe3+ ion transporter / ABC importer / ABC transporter / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


ABC-type ferric iron transporter activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / transmembrane transport / ATP hydrolysis activity / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
ABC transporter, ferric cation import, FbpC / : / Transport-associated OB, type 2 / TOBE domain / Molybdate/tungstate binding, C-terminal / ABC transporter type 1, transmembrane domain MetI-like / MetI-like superfamily / Binding-protein-dependent transport system inner membrane component / ABC transporter integral membrane type-1 domain profile. / ABC transporter-like, conserved site ...ABC transporter, ferric cation import, FbpC / : / Transport-associated OB, type 2 / TOBE domain / Molybdate/tungstate binding, C-terminal / ABC transporter type 1, transmembrane domain MetI-like / MetI-like superfamily / Binding-protein-dependent transport system inner membrane component / ABC transporter integral membrane type-1 domain profile. / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Iron ABC transporter permease / Iron ABC transporter, ATP-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.09 Å
データ登録者Lu P / Nagata K / Kise Y / Nureki O
資金援助 日本, 中国, 14件
OrganizationGrant number国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)20K22561 日本
Other privateJapan Science Society 2023-4016 日本
Other privateInnovation Center of Yangtze River Delta, Zhejiang University, Research Start-up Project 中国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)19H05771 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)17681026 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)18H02151 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)22K19263 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)22H02555 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)21H05037 日本
Japan Science and Technology20344981 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP21am0101001 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP23ama121002 日本
Japan Science and TechnologyJPMJSP2108 日本
Other privateThe Toyo Suisan Foundation, Scientific Research Grant 2024 日本
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM structure of ferric ion importer, FbpBC, from Thermus thermophilus HB8
著者: Lu P / Nagata K / Kise Y / Nureki O
履歴
登録2024年8月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年8月13日-
マップ公開2025年8月13日-
更新2025年8月13日-
現状2025年8月13日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_61136.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_61136.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 101 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈main map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1 Å/pix.
x 298 pix.
= 298.8 Å		1 Å/pix.
x 298 pix.
= 298.8 Å		1 Å/pix.
x 298 pix.
= 298.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.00268 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.5
最小 - 最大-4.456123 - 6.811709
平均 (標準偏差)-0.0020122128 (±0.11051709)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ298298298
Spacing298298298
セルA=B=C: 298.80002 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_61136_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map B

ファイルemd_61136_half_map_1.map
注釈half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: half map A

ファイルemd_61136_half_map_2.map
注釈half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : TtFbpBC

全体名称: TtFbpBC
要素
  • 複合体: TtFbpBC
    • タンパク質・ペプチド: Iron ABC transporter permease
    • タンパク質・ペプチド: Iron ABC transporter, ATP-binding protein

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超分子 #1: TtFbpBC

超分子名称: TtFbpBC / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: Ferric ion binding protein BC complex from Thermus thermophilus
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (バクテリア)

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分子 #1: Iron ABC transporter permease

分子名称: Iron ABC transporter permease / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (バクテリア)
分子量理論値: 53.043777 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: AGVLLPVAYL GVRALEADPL VLREILLRPK NLELLRNTLG LAAGVLGLAT LVALPAAYLT TRTDLRGKRL WATLLTLPLA VPGYVGAYV LLSATGPGGL LPLPRPEGYW GALLVLGLIT YPYLFLALRA AFLGVDPSVE EAARTLGHPP WRVFLRVTLP Q LLPAFLSG ...文字列:
AGVLLPVAYL GVRALEADPL VLREILLRPK NLELLRNTLG LAAGVLGLAT LVALPAAYLT TRTDLRGKRL WATLLTLPLA VPGYVGAYV LLSATGPGGL LPLPRPEGYW GALLVLGLIT YPYLFLALRA AFLGVDPSVE EAARTLGHPP WRVFLRVTLP Q LLPAFLSG YLVIALHVLG DFGTVSLLRY ETFSYAIYLQ YSAAFDRVYA AWLALFLLLL TGSLLLLEAA LLRRLSLGRT GR GAARTSP PARLGPLAPL AHLFLLLPFL LAVAFPLYAL LHLARRFPAS ATSGLAEALG HALLVALPVA FLSVGMALPI AYL ASRYPS AASRTLERLA YLAYAIPPLA YALAWIFFSL RTLPFLYGTL ALLVLALALH FLTESLGPVR SALAQVPPRL EEAA RTLGD TPTRAFFRVT FPLLWRGAAA GGSLAFIGAM KELPITLLLA PTGFSTLATR VFGYTQEAMF AEAAPFALLI VGLSA AFVG VLLWNERRF

UniProtKB: Iron ABC transporter permease

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分子 #2: Iron ABC transporter, ATP-binding protein

分子名称: Iron ABC transporter, ATP-binding protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus (バクテリア)
分子量理論値: 36.898641 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MERAPLLELK GIRKRFGELE VLRGVDLALY PGEILALLGP SGCGKTTLLR VVAGLEVPDA GRVFLEGRDI TALPPEKRGI GFVFQDYAL FPHLTALGNV AFGLKGKDRL ARARKALERV GMTLFQDRRP GELSGGQQQR VALARALAPG PKLVLLDEPF S SLDAGLRA ...文字列:
MERAPLLELK GIRKRFGELE VLRGVDLALY PGEILALLGP SGCGKTTLLR VVAGLEVPDA GRVFLEGRDI TALPPEKRGI GFVFQDYAL FPHLTALGNV AFGLKGKDRL ARARKALERV GMTLFQDRRP GELSGGQQQR VALARALAPG PKLVLLDEPF S SLDAGLRA ATREEVRKVL KETGTAALLV THDQEEALSF ADRLGVMRGG EILQVGTPEE VYLRPKTPFV AQFLGRTNLL PG EGRGRYA ETCLGRVPLA EAREGPLLLS LRPEALRLTP PGQGPQGEVV AREFKGHDLT YRVRLHGVQP EREVLVQEGP TCP FKVGDR VGLEVVGEGV ALEG

UniProtKB: Iron ABC transporter, ATP-binding protein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態2D array

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.6 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Alphafold2 prediction
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.09 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 1375345
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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