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万見
- EMDB-61114: Cryo-EM structure of TMexCD1-TOprJ1 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-61114
タイトルCryo-EM structure of TMexCD1-TOprJ1
マップデータ
試料
  • 複合体: TMexCD1-TOprJ1
    • タンパク質・ペプチド: RND efflux system, OprJ-like protein
    • タンパク質・ペプチド: RND efflux system, MexC-like protein
    • タンパク質・ペプチド: Efflux pump membrane transporter
キーワードefflux pump / transporter / antibiotics / antimicrobial resistance / TRANSPORT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


efflux transmembrane transporter activity / xenobiotic transmembrane transporter activity / transmembrane transporter activity / response to toxic substance / cell outer membrane / response to antibiotic / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT / : / Cation efflux system protein CusB, domain 1 / Cation efflux system protein CusB domain 1 / RND efflux pump, membrane fusion protein / RND efflux pump, membrane fusion protein, barrel-sandwich domain / Barrel-sandwich domain of CusB or HlyD membrane-fusion / Outer membrane efflux protein / Outer membrane efflux protein ...: / RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT / : / Cation efflux system protein CusB, domain 1 / Cation efflux system protein CusB domain 1 / RND efflux pump, membrane fusion protein / RND efflux pump, membrane fusion protein, barrel-sandwich domain / Barrel-sandwich domain of CusB or HlyD membrane-fusion / Outer membrane efflux protein / Outer membrane efflux protein / Hydrophobe/amphiphile efflux-1 HAE1 / Multidrug efflux transporter AcrB TolC docking domain, DN/DC subdomains / Acriflavin resistance protein / AcrB/AcrD/AcrF family / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
RND efflux system, MexC-like protein / Efflux pump membrane transporter / RND efflux system, OprJ-like protein
類似検索 - 構成要素
生物種Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.97 Å
データ登録者Shi Y / Feng Y
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM structure of TMexCD1-TOprJ1
著者: Shi Y / Feng Y
履歴
登録2024年8月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年8月13日-
マップ公開2025年8月13日-
更新2025年8月13日-
現状2025年8月13日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_61114.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_61114.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 824 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.93 Å/pix.
x 600 pix.
= 558. Å		0.93 Å/pix.
x 600 pix.
= 558. Å		0.93 Å/pix.
x 600 pix.
= 558. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.93 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.3
最小 - 最大-0.69073856 - 1.2340565
平均 (標準偏差)0.0053164894 (±0.032255612)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ600600600
Spacing600600600
セルA=B=C: 558.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_61114_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_61114_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : TMexCD1-TOprJ1

全体名称: TMexCD1-TOprJ1
要素
  • 複合体: TMexCD1-TOprJ1
    • タンパク質・ペプチド: RND efflux system, OprJ-like protein
    • タンパク質・ペプチド: RND efflux system, MexC-like protein
    • タンパク質・ペプチド: Efflux pump membrane transporter

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超分子 #1: TMexCD1-TOprJ1

超分子名称: TMexCD1-TOprJ1 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)

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分子 #1: RND efflux system, OprJ-like protein

分子名称: RND efflux system, OprJ-like protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
分子量理論値: 52.397453 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MTSHFMLRRA LLPLAIAALA GCSLAPTYER PQAPVASHWQ AADAEGARAQ ALDWQTFIVD ADLRRAVDTA LSNNRSLRQA LLDIEAARA QYRIQRADRL PSINANASGN RQRLPADLSQ TGRSEVTSNY QVGLGLAEYE VDLFGRVRNL SEAALETYLA T EEATRATQ ...文字列:
MTSHFMLRRA LLPLAIAALA GCSLAPTYER PQAPVASHWQ AADAEGARAQ ALDWQTFIVD ADLRRAVDTA LSNNRSLRQA LLDIEAARA QYRIQRADRL PSINANASGN RQRLPADLSQ TGRSEVTSNY QVGLGLAEYE VDLFGRVRNL SEAALETYLA T EEATRATQ ISLVAEVIQA YLTRDGALRR MALVEQTLDS RMASLELVSQ RRAAGAATAL DYQEAVGLAE QARAERESTE RQ LRQADNA LVLLLGTPDA ARLLPATPRD DLMVLQDIAP GTSSELIERR PDILASEHRL KARNADIGAA RAAFFPRISL TGS VGSSSA ELSGLFDGGS RAWSFAPTLS LPIFAGGRNR ANLDLAEVRQ DAAVADYEGT IQTAFREVAD ALAATDTLRR EEAA RQALA GSSEAAMALA KARYEGGVDD YLRYLDAQRS TFSNQTTLIQ ISTERQIALV DLFRSLGGGW GQTEPMAGIG AEHHH HHH

UniProtKB: RND efflux system, OprJ-like protein

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分子 #2: RND efflux system, MexC-like protein

分子名称: RND efflux system, MexC-like protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
分子量理論値: 42.678289 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MNKFREWITF SVISCLVAVT LVGCDKPEEQ REEAPAREVD VLSVKTEPFT VFAELPGRIE PVRVAEVRAR VAGIVLKRTF EEGADVKAG DVLFQIDPAP FKAALSRAQG ELARAEAQLF QAQAMVRRYE PLVKIDAVSQ QDFDNAMAAL QSAQADKRSA Q ANVETARL ...文字列:
MNKFREWITF SVISCLVAVT LVGCDKPEEQ REEAPAREVD VLSVKTEPFT VFAELPGRIE PVRVAEVRAR VAGIVLKRTF EEGADVKAG DVLFQIDPAP FKAALSRAQG ELARAEAQLF QAQAMVRRYE PLVKIDAVSQ QDFDNAMAAL QSAQADKRSA Q ANVETARL DLGYAEVRAP IAGRIGRAQV TEGALVGQGE ATLLARIQQL DPVYADFTQP AADALRLRAA IAEGKVAGAS DQ PLSLRVD GTDIERKGTL LFTDISVDRS TGQIALRGQF DNPEGVLLPG MYVRVRTPQG LNQNAILVPQ RAVQRSADGQ ASV MLLGEG DTVEVRQVTT GAMQGSRWQI SEGLQAGDKV ITSSLAAIRP GAKVIPREQG AAEKAPQSQA QWSHPQFEK

UniProtKB: RND efflux system, MexC-like protein

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分子 #3: Efflux pump membrane transporter

分子名称: Efflux pump membrane transporter / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
分子量理論値: 112.289445 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MPLFFIRRPN FAWVVALFIS LGGLLVIPFL PVAQYPNVAP PQITVTATYP GASAQVLTDS VTSVIEEELN GAKNLLYFES TSNANGIAE ITVTFQPGTD PELAQVDVQN RLKKAEARMP QAVLTLGIQT EQATAGFLLI YSLRYKDGDK NANTTALADY A VRNVNNEI ...文字列:
MPLFFIRRPN FAWVVALFIS LGGLLVIPFL PVAQYPNVAP PQITVTATYP GASAQVLTDS VTSVIEEELN GAKNLLYFES TSNANGIAE ITVTFQPGTD PELAQVDVQN RLKKAEARMP QAVLTLGIQT EQATAGFLLI YSLRYKDGDK NANTTALADY A VRNVNNEI RRLPGVGKLQ FFDSEAAMRV WIDPQKLVGY GLSIDDVNNA IRTQNVQVPA GAFGSTPGSS EQELTATLTV KG TLDNPEE FAAIVLRANQ DGSRLTLGDV ARIEVGSQDY NFGSRQDGKP AVAAAVQLSP GANAIQTAEA VKQRLTELSA NFP DNVEFS VPYDTSRFVD VAIDKVIMTL IEAMVLVFLV MFLFLQNVRY TLIPSIVVPV CLLGTLTFMY LLGFSVNMMT MFGM VLAIG ILVDDAIVVV ENVERIMAEE GLAPVPATIK AMGQVSGAII GITLVLSAVF LPLAFMAGSV GVIYQQFSLS LAVSI LFSG FLALTFTPAL CATLLKPIPV GHHEKTGFFG WFNRKFTSLT SRYTKLNDKL VPRAGRVMFI YLGVVVLMGF LYMRLP ESF VPVEDQGYMI VDIQLPPGAT RERTSAAGGE LESFLMAREA VQTTFLVLGF SFSGMGENAA IAFPLLKDWS ERDSSQS PE AESAAVNQHF ANLDDGAIMA VPPPPVEGLG NSGGFALRLQ DRAGLGRDAL LAARDEVLGK VNGNPKFLYA MMEGLAEA P QLRLVIDREQ ARTLGVSFEA ISSALSTAFG SSVINDFANA GRQQRVVVQA EQAERMTPES VLRLHVPNDS GSLVPLSAF VTTSWEEGPV QVARYNGYPS IRIAGDAAPG VSTGEAMLEL ERIAAELPEG IGYEWTGLSY QERVASGQAT MLFALAITVV FLLLVALYE SWAIPLTVML IVPVGALGAV LAVTAIGLPN DVYFKVGLIT VIGLAAKNAI LIVEFAKDLW EDGYSLRDAA V EAARLRFR PIIMTSMAFM LGVVPLAIAT GAGAASQRAL GTGVLGGMLS ATMLGVIFVP IFFVWVLSLL RTKPQQTDNH PL HKAE

UniProtKB: Efflux pump membrane transporter

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.97 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 41168
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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