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- EMDB-61095: Structure of photosynthetic LH1-RC complex from the purple bacter... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-61095
タイトルStructure of photosynthetic LH1-RC complex from the purple bacterium Blastochloris tepida
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試料
  • 複合体: Photosynthetic LH1-RC complex of Blastochloris tepida
    • タンパク質・ペプチド: x 8種
  • リガンド: x 14種
キーワードLH1-RC COMPLEX / PHOTOSYNTHESIS / PURPLE BACTERIA
機能・相同性
機能・相同性情報


organelle inner membrane / plasma membrane-derived chromatophore membrane / plasma membrane light-harvesting complex / bacteriochlorophyll binding / photosynthetic electron transport in photosystem II / photosynthesis, light reaction / : / endomembrane system / electron transfer activity / iron ion binding ...organelle inner membrane / plasma membrane-derived chromatophore membrane / plasma membrane light-harvesting complex / bacteriochlorophyll binding / photosynthetic electron transport in photosystem II / photosynthesis, light reaction / : / endomembrane system / electron transfer activity / iron ion binding / heme binding / metal ion binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Photosynthetic reaction centre, cytochrome c subunit / Multihaem cytochrome, PRC subunit superfamily / Photosynthetic reaction centre cytochrome C subunit / Antenna complex, beta subunit, conserved site / Antenna complexes beta subunits signature. / Antenna complex, alpha subunit / Antenna complex, alpha subunit conserved site / Antenna complexes alpha subunits signature. / Antenna complex, alpha/beta subunit / Light-harvesting protein B beta chain ...Photosynthetic reaction centre, cytochrome c subunit / Multihaem cytochrome, PRC subunit superfamily / Photosynthetic reaction centre cytochrome C subunit / Antenna complex, beta subunit, conserved site / Antenna complexes beta subunits signature. / Antenna complex, alpha subunit / Antenna complex, alpha subunit conserved site / Antenna complexes alpha subunits signature. / Antenna complex, alpha/beta subunit / Light-harvesting protein B beta chain / Antenna complex, beta domain superfamily / Antenna complex alpha/beta subunit / Light-harvesting complex / Photosynthetic reaction centre, H subunit / Bacterial photosynthetic reaction centre, H-chain, C-terminal / Photosynthetic reaction centre, M subunit / Photosynthetic reaction centre, H subunit, N-terminal / Photosynthetic reaction centre, H subunit, N-terminal domain superfamily / Photosynthetic reaction centre, H-chain N-terminal region / PRC-barrel domain / PRC-barrel domain / Photosynthetic reaction centre, L subunit / PRC-barrel-like superfamily / Multiheme cytochrome superfamily / : / Photosynthetic reaction centre, L/M / Photosystem II protein D1/D2 superfamily / Photosynthetic reaction centre protein / Photosynthetic reaction center proteins signature. / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Photosynthetic reaction center subunit H / Antenna complex alpha/beta subunit domain-containing protein / Antenna complex alpha/beta subunit domain-containing protein / Reaction center protein L chain / Reaction center protein M chain / Photosynthetic reaction center cytochrome c subunit / Uncharacterized protein / Light-harvesting protein B-1015 gamma chain
類似検索 - 構成要素
生物種Blastochloris tepida (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Kimura Y / Kanno R / Mori K / Matsuda Y / Seto R / Takenaka S / Mino H / Ohkubo T / Honda M / Sasaki YC ...Kimura Y / Kanno R / Mori K / Matsuda Y / Seto R / Takenaka S / Mino H / Ohkubo T / Honda M / Sasaki YC / Kishikawa J / Mitsuoka K / Mio K / Hall M / Purba ER / Mochizuki T / Mizoguchi A / Humbel BM / Madigan MT / Wang-Otomo Z-Y / Tani K
資金援助 日本, 6件
OrganizationGrant number国
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP21am0101118 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP21am0101116 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP16H04174 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP18H05153 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)20H05086 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)20H02856 日本
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2025
タイトル: The Thermal-Stable LH1-RC Complex of a Hot Spring Purple Bacterium Powers Photosynthesis with Extremely Low-Energy Near-Infrared Light.
著者: Yukihiro Kimura / Ryo Kanno / Kaisei Mori / Yoshiki Matsuda / Ryuta Seto / Shinji Takenaka / Hiroyuki Mino / Tatsunari Ohkubo / Mai Honda / Yuji C Sasaki / Jun-Ichi Kishikawa / Kaoru Mitsuoka ...著者: Yukihiro Kimura / Ryo Kanno / Kaisei Mori / Yoshiki Matsuda / Ryuta Seto / Shinji Takenaka / Hiroyuki Mino / Tatsunari Ohkubo / Mai Honda / Yuji C Sasaki / Jun-Ichi Kishikawa / Kaoru Mitsuoka / Kazuhiro Mio / Malgorzata Hall / Endang R Purba / Toshiaki Mochizuki / Akira Mizoguchi / Bruno M Humbel / Michael T Madigan / Zheng-Yu Wang-Otomo / Kazutoshi Tani /
要旨: is a hot spring purple nonsulfur phototrophic bacterium that contains bacteriochlorophyll (BChl) . Here, we present a 2.21 Å cryo-EM structure of the thermostable light-harvesting 1-reaction center ... is a hot spring purple nonsulfur phototrophic bacterium that contains bacteriochlorophyll (BChl) . Here, we present a 2.21 Å cryo-EM structure of the thermostable light-harvesting 1-reaction center (LH1-RC) complex from . The LH1 ring comprises 16 circularly arranged αβγ-subunits plus one αβ-subunit that surround the RC complex composed of C-, H-, L-, and M-subunits. In a comparative study, the LH1-RC showed numerous electrostatic and hydrophobic interactions both within the LH1 complex itself and between the LH1 and the RC complexes that are absent from the LH1-RC complex of its mesophilic counterpart, . These additional interactions result in a tightly packed LH1-RC architecture with a reduced accessible surface area per volume that enhances the thermal stability of the complex and allows the light reactions of photosynthesis to proceed at hot spring temperatures. Moreover, based on high-resolution structural information combined with spectroscopic evidence, the unique photosynthetic property of the LH1-RC─absorption of energy-poor near-infrared light beyond 1000 nm─can be attributed to strong hydrogen-bonding interactions between the C3-acetyl C═O of the LH1 BChl and two LH1 α-Trp residues, structural rigidity of the LH1, and the enhanced exciton coupling of the LH1 BChls of this thermophile.
履歴
登録2024年8月6日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年12月18日-
マップ公開2024年12月18日-
更新2025年4月23日-
現状2025年4月23日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_61095.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_61095.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
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投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
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その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.82 Å/pix.
x 400 pix.
= 328. Å		0.82 Å/pix.
x 400 pix.
= 328. Å		0.82 Å/pix.
x 400 pix.
= 328. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

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ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.82 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.045
最小 - 最大-0.1794026 - 0.43435553
平均 (標準偏差)0.000043824108 (±0.012096659)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 328.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: half even map

ファイルemd_61095_half_map_1.map
注釈half even map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half odd map

ファイルemd_61095_half_map_2.map
注釈half odd map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Photosynthetic LH1-RC complex of Blastochloris tepida

全体名称: Photosynthetic LH1-RC complex of Blastochloris tepida
要素
  • 複合体: Photosynthetic LH1-RC complex of Blastochloris tepida
    • タンパク質・ペプチド: Photosynthetic reaction center cytochrome c subunit
    • タンパク質・ペプチド: Reaction center protein L chain
    • タンパク質・ペプチド: Reaction center protein M chain
    • タンパク質・ペプチド: Photosynthetic reaction center subunit H
    • タンパク質・ペプチド: Antenna complex alpha/beta subunit domain-containing protein
    • タンパク質・ペプチド: Light-harvesting protein gamma1
    • タンパク質・ペプチド: Light-harvesting protein B-1015 gamma chain
    • タンパク質・ペプチド: Antenna complex alpha/beta subunit domain-containing protein
  • リガンド: HEME C
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: Ubiquinone-8
  • リガンド: DIACYL GLYCEROL
  • リガンド: BACTERIOCHLOROPHYLL B
  • リガンド: BACTERIOPHEOPHYTIN B
  • リガンド: CARDIOLIPIN
  • リガンド: FE (III) ION
  • リガンド: MENAQUINONE-7
  • リガンド: 15-cis-1,2-dihydroneurosporene
  • リガンド: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE
  • リガンド: (1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL (11E)-OCTADEC-11-ENOATE
  • リガンド: all-trans-1,2-dihydroneurosporene
  • リガンド: water

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超分子 #1: Photosynthetic LH1-RC complex of Blastochloris tepida

超分子名称: Photosynthetic LH1-RC complex of Blastochloris tepida
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5, #7-#8, #6
由来(天然)生物種: Blastochloris tepida (バクテリア)

+
分子 #1: Photosynthetic reaction center cytochrome c subunit

分子名称: Photosynthetic reaction center cytochrome c subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Blastochloris tepida (バクテリア)
分子量理論値: 39.181129 KDa
配列文字列: MKHMIAKSVA TVALASLVSG CFEPPPAIST QTGFRGLSMG EVLHPATVAA KKERDAQYPP ALPAVKAEGQ PVSKVYKNVK VLGDLTEPE FLRTMTAMTE WVSPKEGCTY CHDEADLSSE AKYPFKVARR MLEMTRHINT DWTSHVAQTG VTCYTCHRGR P VPPYIRYL ...文字列:
MKHMIAKSVA TVALASLVSG CFEPPPAIST QTGFRGLSMG EVLHPATVAA KKERDAQYPP ALPAVKAEGQ PVSKVYKNVK VLGDLTEPE FLRTMTAMTE WVSPKEGCTY CHDEADLSSE AKYPFKVARR MLEMTRHINT DWTSHVAQTG VTCYTCHRGR P VPPYIRYL EPRLPLDNAI KPTFVEADNS GHVVRLAKNT AYSALNYDPF AMFLANDKRE IRFVPQTALP PVGVSRGMER RP LSDAYAT FALMMFISDA IGTNCTFCHN PQTFESWGNK STPQRAIAWQ GIKMTRDLNM NFLSPLKPVY PANRLGAQGE APM ADCRTC HQGVTKPLFG ASRMKDYPEL GPVKAAAK

UniProtKB: Photosynthetic reaction center cytochrome c subunit

+
分子 #2: Reaction center protein L chain

分子名称: Reaction center protein L chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Blastochloris tepida (バクテリア)
分子量理論値: 30.406064 KDa
配列文字列: MALLSFERKY RVRGGTLIGG DLFDFWVGPF YVGFFGVSAI FFIFLGVSLI GYAASQGPSL DPFAISINPP DLKYGFAGAP LLEGGFWQA ITVCAIGAFI SWQLREVEIS RKLGMGWHVP IAFGVPIFMF LVLQVFRPIL MGGWGFAFPY GILSHLDWVN N FGFQYLNW ...文字列:
MALLSFERKY RVRGGTLIGG DLFDFWVGPF YVGFFGVSAI FFIFLGVSLI GYAASQGPSL DPFAISINPP DLKYGFAGAP LLEGGFWQA ITVCAIGAFI SWQLREVEIS RKLGMGWHVP IAFGVPIFMF LVLQVFRPIL MGGWGFAFPY GILSHLDWVN N FGFQYLNW HYNPGHMSSV SFLFANAMAL GLHGGLILSV ANPGDGDKVK TAEHENAYFR DVVGYSIGAL AIHRLGLFLA SN IFLTGAF GTIASGPFWT RGWPEWWGWW LDIPFWS

UniProtKB: Reaction center protein L chain

+
分子 #3: Reaction center protein M chain

分子名称: Reaction center protein M chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Blastochloris tepida (バクテリア)
分子量理論値: 37.06877 KDa
配列文字列: MADFQTIYTQ IQARGPDHFG PSGQWGDIDR VGKPIFIKWL GRIGDAQIGP VYLGASGVGG IAFGLTAILI IGFNMLAQVS FDPLQFFRQ FFWLGLYPPK AQYGMGIPPL NDGGWWLMAG LMMTLSLGCW WIRVYSRARA LGLGTHIAWN FAMAIFFVLC I GFFHPVLV ...文字列:
MADFQTIYTQ IQARGPDHFG PSGQWGDIDR VGKPIFIKWL GRIGDAQIGP VYLGASGVGG IAFGLTAILI IGFNMLAQVS FDPLQFFRQ FFWLGLYPPK AQYGMGIPPL NDGGWWLMAG LMMTLSLGCW WIRVYSRARA LGLGTHIAWN FAMAIFFVLC I GFFHPVLV GSWSEAVPFG IFPHLDWLTA FSMRYGNFYY CPWHGFSIGF AYGCGLLFAA HGATILAVAR FGGDREIEQI TD RGTAVER AALFWRWTMG FNATIESIHR WGWFFSFMVM FSASVGILLT GTFVDNWYLW CVKHGAAPDY PAFLPATPDP RAG TFDPRT LTGVPQ

UniProtKB: Reaction center protein M chain

+
分子 #4: Photosynthetic reaction center subunit H

分子名称: Photosynthetic reaction center subunit H / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Blastochloris tepida (バクテリア)
分子量理論値: 28.839578 KDa
配列文字列: (FME)YYGALANHL DIAQLAWYGH WLVIWTVVLF YLRREDRREG YPLVEPLGLV KLPSPDVQSG ELPYPKTFTL YHGGTV QAP NPNRRYETRE LKLAQTDGFE GAPLAPTGNP MVDGVGPASW AERSEVVDST FEGKAKIVPL RAAPEFYIAE GDLDPRG LP ...文字列:
(FME)YYGALANHL DIAQLAWYGH WLVIWTVVLF YLRREDRREG YPLVEPLGLV KLPSPDVQSG ELPYPKTFTL YHGGTV QAP NPNRRYETRE LKLAQTDGFE GAPLAPTGNP MVDGVGPASW AERSEVVDST FEGKAKIVPL RAAPEFYIAE GDLDPRG LP VFGADGIEAG TVTDLWVDRS EYYFRYLEIS VAGSARTALM PLGFASITKD GVKVQAILAS QFANVPRLQS RDQITLRE E DKVSAYYAGG LLYATPERAE PLL

UniProtKB: Photosynthetic reaction center subunit H

+
分子 #5: Antenna complex alpha/beta subunit domain-containing protein

分子名称: Antenna complex alpha/beta subunit domain-containing protein
タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 17 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Blastochloris tepida (バクテリア)
分子量理論値: 7.83426 KDa
配列文字列:
MANENPRSAS WKLWLILDPR RVLTALFIYL TVIALLIHFG LLSTNRLNWW EFQRGLPAAS LVVVPPAVG

UniProtKB: Antenna complex alpha/beta subunit domain-containing protein

+
分子 #6: Antenna complex alpha/beta subunit domain-containing protein

分子名称: Antenna complex alpha/beta subunit domain-containing protein
タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 17 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Blastochloris tepida (バクテリア)
分子量理論値: 7.653907 KDa
配列文字列:
MADLKPSLTG LTEEEAKEFH SVFVSSMVLY LATAVIVHYL VWTARPWIAP IPKGWVNLDG VTTALSYLV

UniProtKB: Antenna complex alpha/beta subunit domain-containing protein

+
分子 #7: Light-harvesting protein gamma1

分子名称: Light-harvesting protein gamma1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Blastochloris tepida (バクテリア)
分子量理論値: 5.927073 KDa
配列文字列:
MKLSFVIGAL SAILASTAAS AAMVNGVVQP SITDWNLWVP LGILGIPTIW IALLYR

UniProtKB: Uncharacterized protein

+
分子 #8: Light-harvesting protein B-1015 gamma chain

分子名称: Light-harvesting protein B-1015 gamma chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 15 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Blastochloris tepida (バクテリア)
分子量理論値: 5.93301 KDa
配列文字列:
MKLSAVIGAL SVVLTSTLAS AYFAADGSVV PSITDANLWV PLGILGIPTI WIALLYR

UniProtKB: Light-harvesting protein B-1015 gamma chain

+
分子 #9: HEME C

分子名称: HEME C / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 4 / 式: HEC
分子量理論値: 618.503 Da
Chemical component information

ChemComp-HEC:
HEME C

+
分子 #10: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 1 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

+
分子 #11: Ubiquinone-8

分子名称: Ubiquinone-8 / タイプ: ligand / ID: 11 / コピー数: 5 / 式: UQ8
分子量理論値: 727.109 Da
Chemical component information

ChemComp-UQ8:
Ubiquinone-8 / ユビキノン8

+
分子 #12: DIACYL GLYCEROL

分子名称: DIACYL GLYCEROL / タイプ: ligand / ID: 12 / コピー数: 1 / 式: DGA
分子量理論値: 625.018 Da
Chemical component information

ChemComp-DGA:
DIACYL GLYCEROL / 1-O,2-O-ジステアロイル-L-グリセロ-ル

+
分子 #13: BACTERIOCHLOROPHYLL B

分子名称: BACTERIOCHLOROPHYLL B / タイプ: ligand / ID: 13 / コピー数: 38 / 式: BCB
分子量理論値: 909.488 Da
Chemical component information

ChemComp-BCB:
BACTERIOCHLOROPHYLL B

+
分子 #14: BACTERIOPHEOPHYTIN B

分子名称: BACTERIOPHEOPHYTIN B / タイプ: ligand / ID: 14 / コピー数: 2 / 式: BPB
分子量理論値: 887.199 Da
Chemical component information

ChemComp-BPB:
BACTERIOPHEOPHYTIN B / (7R,7α)-31-オキソ-7-ヒドロ-81-デヒドロ-132(以下略)

+
分子 #15: CARDIOLIPIN

分子名称: CARDIOLIPIN / タイプ: ligand / ID: 15 / コピー数: 5 / 式: CDL
分子量理論値: 1.464043 KDa
Chemical component information

ChemComp-CDL:
CARDIOLIPIN / リン脂質*YM

+
分子 #16: FE (III) ION

分子名称: FE (III) ION / タイプ: ligand / ID: 16 / コピー数: 1 / 式: FE
分子量理論値: 55.845 Da

+
分子 #17: MENAQUINONE-7

分子名称: MENAQUINONE-7 / タイプ: ligand / ID: 17 / コピー数: 1 / 式: MQ7
分子量理論値: 648.999 Da
Chemical component information

ChemComp-MQ7:
MENAQUINONE-7 / 2-メチル-3-(3,7,11,15,19,23,27-ヘプタメチル-2,6,10,14,18,22,26-オクタコサ(以下略)

+
分子 #18: 15-cis-1,2-dihydroneurosporene

分子名称: 15-cis-1,2-dihydroneurosporene / タイプ: ligand / ID: 18 / コピー数: 1 / 式: NS5
分子量理論値: 540.904 Da
Chemical component information

ChemComp-NS5:
15-cis-1,2-dihydroneurosporene / 15,15′-cis-1,2-ジヒドロノイロスポレン

+
分子 #19: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE

分子名称: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / タイプ: ligand / ID: 19 / コピー数: 8 / 式: LMT
分子量理論値: 510.615 Da
Chemical component information

ChemComp-LMT:
DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシド / 可溶化剤*YM

+
分子 #20: (1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-...

分子名称: (1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL (11E)-OCTADEC-11-ENOATE
タイプ: ligand / ID: 20 / コピー数: 6 / 式: PGV
分子量理論値: 749.007 Da
Chemical component information

ChemComp-PGV:
(1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL (11E)-OCTADEC-11-ENOATE / リン脂質*YM

+
分子 #21: all-trans-1,2-dihydroneurosporene

分子名称: all-trans-1,2-dihydroneurosporene / タイプ: ligand / ID: 21 / コピー数: 16 / 式: NS0
分子量理論値: 540.904 Da
Chemical component information

ChemComp-NS0:
all-trans-1,2-dihydroneurosporene / 1,2-ジヒドロノイロスポレン

+
分子 #22: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 22 / コピー数: 423 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度3.8 mg/mL
緩衝液pH: 8.5
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.7 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.9 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 373104
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 294012
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-9j2f:
Structure of photosynthetic LH1-RC complex from the purple bacterium Blastochloris tepida

+
万見について

-
お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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