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万見
- EMDB-6109: A molecular ruler determines the repeat length in eukaryotic cili... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-6109
タイトルA molecular ruler determines the repeat length in eukaryotic cilia and flagella
マップデータFAP59-N-BCCP axoneme
試料
  • 試料: FAP59-N-BCCP axoneme labeled with streptavidin
  • 細胞器官・細胞要素: axoneme
キーワードcryo-electron tomography / cilia and flagella / molecular ruler / FAP59 / FAP172 / CCDC39 / CCDC40
生物種Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 49.0 Å
データ登録者Oda T / Yanagisawa H / Kamiya R / Kikkawa M
引用ジャーナル: Science / 年: 2014
タイトル: A molecular ruler determines the repeat length in eukaryotic cilia and flagella.
著者: Toshiyuki Oda / Haruaki Yanagisawa / Ritsu Kamiya / Masahide Kikkawa /
要旨: Existence of cellular structures with specific size raises a fundamental question in biology: How do cells measure length? One conceptual answer to this question is by a molecular ruler, but examples ...Existence of cellular structures with specific size raises a fundamental question in biology: How do cells measure length? One conceptual answer to this question is by a molecular ruler, but examples of such rulers in eukaryotes are lacking. In this work, we identified a molecular ruler in eukaryotic cilia and flagella. Using cryo-electron tomography, we found that FAP59 and FAP172 form a 96-nanometer (nm)-long complex in Chlamydomonas flagella and that the absence of the complex disrupted 96-nm repeats of axonemes. Furthermore, lengthening of the FAP59/172 complex by domain duplication resulted in extension of the repeats up to 128 nm, as well as duplication of specific axonemal components. Thus, the FAP59/172 complex is the molecular ruler that determines the 96-nm repeat length and arrangements of components in cilia and flagella.
履歴
登録2014年9月30日-
ヘッダ(付随情報) 公開2014年10月15日-
マップ公開2014年11月26日-
更新2015年6月17日-
現状2015年6月17日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 163
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 163
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

400_6109.gif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_6109.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 24.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈FAP59-N-BCCP axoneme
ボクセルのサイズX=Y=Z: 6.07 Å
密度
表面レベル登録者による: 163.0 / ムービー #1: 163
最小 - 最大0.0 - 328.910491939999986
平均 (標準偏差)63.76289749 (±77.76596069)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ200180180
Spacing200180180
セルA: 1092.6 Å / B: 1214.0 Å / C: 1092.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z6.076.076.07
M x/y/z180200180
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z1092.6001214.0001092.600
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-24-24-24
NX/NY/NZ494949
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS180200180
D min/max/mean0.000328.91063.763

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : FAP59-N-BCCP axoneme labeled with streptavidin

全体名称: FAP59-N-BCCP axoneme labeled with streptavidin
要素
  • 試料: FAP59-N-BCCP axoneme labeled with streptavidin
  • 細胞器官・細胞要素: axoneme

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超分子 #1000: FAP59-N-BCCP axoneme labeled with streptavidin

超分子名称: FAP59-N-BCCP axoneme labeled with streptavidin / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 1

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超分子 #1: axoneme

超分子名称: axoneme / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 組換発現: No / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
Organelle: Flagella

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態cell

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試料調製

濃度0.01 mg/mL
緩衝液pH: 7.2
詳細: 30 mM Hepes-NaOH, 5 mM MgCl2, 1 mM DTT, 1 mM EGTA, 50 mM NaCl
グリッド詳細: 300 mesh copper grid with holey carbon support, glow discharged in the air
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 98 % / チャンバー内温度: 93 K / 装置: LEICA EM GP / 手法: Blot for 5 seconds before plunging

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 3100FFC
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: Omega
エネルギーフィルター - エネルギー下限: 0.0 eV
エネルギーフィルター - エネルギー上限: 20.0 eV
日付2014年3月29日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k)
平均電子線量: 100 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 7.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 6.0 µm / 倍率（公称値）: 25700
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN / Tilt series - Axis1 - Min angle: -65 ° / Tilt series - Axis1 - Max angle: 65 °

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画像解析

詳細Number of tilts (projections) used in 3D reconstruction: 65 Tomographic tilt angle increment: 2
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 49.0 Å / 解像度の算出法: OTHER

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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